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{{Huge|Glycerolipid (グリセロ脂質)}}
{{Huge|{{Bilingual|グリセロ脂質|Glycerolipid}} }}
{{LB/Header}}
{{Hierarchy|{{PAGENAME}}}}
{{Hierarchy|{{PAGENAME}}}}
{| style="float:right"
|__TOC__
|}
==Class Overview==
{{Twocolumn|
Complex lipid is the major structural component of biological membranes (lipid bilayer), and is broadly classified into glycerolipid containing glycerol and sphingolipid containing sphingoid. The glycerolipid category (LBG) includes glycoglycerolipid and phosphoglycerolipid.
|
リン酸や糖などを含む脂質は複合脂質と呼ばれ、細胞膜の脂質二重層の主要な構成要素です。複合脂質は、一般的にグリセロールを含む脂質 (グリセロ脂質) とスフィンゴイドを含む脂質 (スフィンゴ脂質) に大別されます。グリセロ脂質 (LBG) には、グリセロ糖脂質 (glycoglycerolipid) とグリセロリン脂質 (glycerophospholipid) が含まれます。
}}
={{Bilingual|略称の記載法|Common Nomenclature}}=
{{Twocolumn|
[https://lipidmaps.org LipidMaps Consortium] in the US defines the standard way of structure description (nomenclature). Please follow this standard especially when exact structure is not determined due to experimental procedures.
|
米国の[https://lipidmaps.org LipidMaps コンソーシアム]では、構造の標準的な表記法を定めています(命名系)。とりわけ分析法により構造に曖昧な部分が残る場合は、以下の表記法を踏襲してください。
}}
Reference: "Update on LIPID MAPS classification, nomenclature, and shorthand notation for MS-derived lipid structures" [https://www.jlr.org/article/S0022-2275(20)60017-7/fulltext <i>J Lipid Res</i> 61(12), 1539-1555, 2020]


==Class Overview==
==GlyceroLipid==


{{Twocolumn|
{{Twocolumn|
Complex lipid is the main structural component of biological membrane, is a form of lipid bilayer, and broadly classified into Glycerolipid and Sphingolipid. The Glycerolipid category (LBG) includes Glycerophospholipid and Glyceroglycolipid.
Glycerolipid is referred to as mono-, di-, and triglycerides depending on the number of acyl chains (fatty acids). When sugars are attached, the modification comes before the backbone name; SQ, MG, and DG indicate Sulfoquinovose, single hexose, and double hexoses, respectively.Hexose is commonly galactose, and MG and DG may refer to mono- and digalactose.
|
|
リン酸や糖などを含む脂質は複合脂質と呼ばれ、細胞膜の脂質二重層の主要な構成要素です。
配位するアシル基(脂肪酸)の数により、モノ・ジ・トリアシルグリセロール(それぞれ MG, DG, TG)と呼ばれます。グリセロール骨格に糖鎖が付く場合は MG や DG の前に SQ (Sulfoquinovosyl)、MG (Monoglycosyl)、DG (Diglycosyl) をつけます。MGやDGの略称はガラクトースの意味で使われる場合もあります。
複合脂質は、一般的にグリセロールを含む脂質(グリセロ脂質)とスフィンゴイドを含む脂質(スフィンゴ脂質)に大別されます。
<br>グリセロ脂質カテゴリー(LBG)には、グリセロリン脂質 (Glycerophospholipid) 、グリセロ糖脂質 (Glyceroglycolipid) などの、グリセロール骨格を共通構造とする分子が含まれています。
}}
}}


===Common Abbreviations <small>よく使う略称</small>===
{| class="wikitable" cellpadding="4"
{|
|-
!  ||  || Monoglycosyl (単糖) || Diglycosyl (二糖) || Sulfoquinovosyl (スルホキノボース)
|-
| MG : || Monoacylglycerol <br/>(モノアシルグリセロール) || MGMG || DGMG || SQMG
|-
| DG : || Diacylglycerol <br/>(ジアシルグリセロール) || MGDG || DGDG || SQDG
|-
| TG : || Triacylglycerol <br/>(トリアシルグリセロール)
|colspan="3" align="center"| n.a. (該当なし)
|}
 
==Glycerophospholipid==
{{Twocolmn|
 
|
グリセロリン脂質は生体膜の主要成分であり、グリセロールに2つの脂肪酸とリン酸を含む極性基が結合しています。
 
}}
{| class="wikitable"
|-
| Phosphatidic acid<br/>ホスファチジン酸 || PA, Ptd
|-
|-
| PC || PhosphatidylCholine || ホスファチジルコリン
| Phosphatidylcholine<br/>ホスファチジルコリン || PC, PtdCho
|-
|-
| PS || Phosphatidylserine || ホスファチジルセリン
| Phosphatidylethanolamine<br/>ホスファチジルエタノールアミン || PE, PtdEtn
|-
|-
| PI || Phosphatidylinositol || ホスファチジルイノシトール
| Phosphatidylserine<br/>ホスファチジルセリン || PS, PtdSer
|-
| Phosphatidylinositol<br/>ホスファチジルイノシトール ||  PI, PtdIns
|-
| Phosphatidylinositol-mannoside<br/>ホスファチジルイノシトールマンノシド || PIM
|-
| Phosphatidylglycerol<br/>ホスファチジルグリセロール || PG, PtdGro
|-
| Phosphatidylglycerolphosphate<br/>ホスファチジルグリセロールリン酸 || PGP
|-
| Cardiolipin<br/>カルジオリピン || CL, Ptd2Gro
|-
| Bis[monoacylglycero]phosphates<br/>ビス(モノアシルグリセロ)リン酸 || BMP
|}
 
 
<!----
=={{Bilingual|分類|Classification}}==
==={{Bilingual|糖の個数もしくは極性基|By the Number of Sugars or the Head Group}}===
 
 
{{Twocolumn|
For glycoglycerolipid, 2 digits indicate the number of sugars. For  phosphoglycerolipid, common abbreviations such as PS (phosphatidylserine)or PE (phosphatidylethanolamine).
|
グリセロ糖脂質は結合している糖の総数を、グリセロリン脂質の場合はPS(ホスファチジルセリン)やPE(ホスファチジルエタノールアミン)等の記号を2桁で示しています。
}}
 
 
 
{| class="wikitable"
|-
! colspan="3" | Glycerolipid Overview
|-
| align="center" style="vertical-align:top" width=33%|
Glycoglycerolipid<br><small>グリセロ糖脂質</small>: LBGnn
<br>[[Image:LBGnn.png]]<br>
| align="center" style="vertical-align:top" width=33%|
Phosphoglycerolipid<br><small>グリセロリン脂質</small>: LBGPn
<br>[[Image:LBGPn.png]]<br>
|}
</center>
 
<center>
{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
|+ Table 1. Classification by number of sugars or polar head group
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPA|LBGPA: <br>Ptd acid <br>ホスファチジン酸<br>}}<br>[[Image:LBGPA.png|90px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPC|LBGPC: <br>Ptd-choline<br>ホスファチジルコリン<br>}}<br>[[Image:LBGPC.png|155px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPE|LBGPE: <br>Ptd-ethanolamine<br>ホスファチジルエタノールアミン<br>}}<br>[[Image:LBGPE.png|135px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPG|LBGPG: <br>Ptd-glycerol <br>ホスファチジルグリセロール<br>}}<br>[[Image:LBGPG.png|130px]]
 
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPI|LBGPI: <br>Ptd-inositol<br>ホスファチジルイノシトール<br>}}<br>[[Image:LBGPI.png|110px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPS|LBGPS: <br>Ptd-serine<br>ホスファチジルセリン<br>}}<br>[[Image:LBGPS.png|150px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPx|LBGPx: <br>other <br>その他リン脂質<br>}}<br>[[Image:LBGPx.png|95px]]
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGMG|LBGMG: <br>Monoacyl G<br>モノグリセリド<br>}}<br>[[Image:LBGMG.png]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGDG|LBGDG: <br>Diacyl G<br>ジグリセリド<br>}}<br>[[Image:LBGDG.png]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGTG|LBGTG: <br>Triacyl G<br>トリグリセリド<br>}}<br>[[Image:LBGTG.png]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG00|LBG00: <br>Alkyl-type G<br>含アルキル, アルケニル型<br>}}
|-
|-
| PE || Phosphatidylethanolamine || ホスファチジルエタノールアミン
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG01|LBG01: <br>1 sugar<br>糖の数1<br>}}
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG02|LBG02: <br>2 sugars<br>糖の数2<br>}}
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG03|LBG03: <br>3 sugars<br>糖の数3<br>}}
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG04|LBG04: <br>4 sugars<br>糖の数4<br>}}
 
|}
|}
</center>
==={{Bilingual|その他の分類|Other Classification Charts}}===


* {{#volatile:ClassMatrix|Head Group v.s. Length:Unsaturation of R1 <br>(極性基 対 R1の脂肪酸長:不飽和度)|LBG.....:.........:.........|10|12|4|5|Head_Group|Fatty_Acid_Length(R1)}}
* {{#volatile:ClassMatrix|Head Group v.s. Length:Unsaturation of R2 <br>(極性基 対 R2の脂肪酸長:不飽和度)|LBG.....:.........:.........|20|22|4|5|Head_Group|Fatty_Acid_Length(R2)}}
* {{#volatile:ClassMatrix|Length:Unsaturation of R1 v.s. Length:Unsaturation of R2 <br>(R2の脂肪酸長:不飽和度 対 R2の脂肪酸長:不飽和度)|LBG.....:.........:.........|10|12|20|22|Fatty_Acid_Length(R1)|Fatty_Acid_Length(R2)}}


==Design of Glycerolipid identifiers <small>ID番号の設計</small>==
=={{Bilingual|ID番号の設計|Design of Glycerolipid Identifiers}}==
<center>
<center>
26-DIGIT(6+9+9+2)
28-DIGIT(8+9+9+2)
<table border=1>
<table border=1>
<tr>
<tr>
Line 33: Line 139:
<td style="background-color:yellowgreen;" width=15px align="center"><big>B</big>
<td style="background-color:yellowgreen;" width=15px align="center"><big>B</big>
<td style="background-color:darkseagreen;" width=15px align="center"><big>G</big>
<td style="background-color:darkseagreen;" width=15px align="center"><big>G</big>
<td style="background-color:Blue; color:white" width=15px align="center"><big>''n''</big>
<td style="background-color:Blue; color:white" width=15px align="center"><big>''a''</big>
<td style="background-color:Blue; color:white" width=15px align="center"><big>''n''</big>
<td style="background-color:Blue; color:white" width=15px align="center"><big>''a''</big>
<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b1''</big>
<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b1''</big>
<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b2''</big>
<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b2''</big>
<td style="background-color:gray;" width=15px align="center"><big>'':''</big>
<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b3''</big>
<td style="background-color:gray;" width=15px align="center"><big>:</big>
<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x1''</big>
<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x1''</big>
<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x1''</big>
<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x1''</big>
Line 47: Line 154:
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c1''</big>
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c1''</big>
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c1''</big>
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c1''</big>
<td style="background-color:gray;" width=15px align="center"><big>'':''</big>
<td style="background-color:gray;" width=15px align="center"><big>:</big>
<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x2''</big>
<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x2''</big>
<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x2''</big>
<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x2''</big>
Line 57: Line 164:
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c2''</big>
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c2''</big>
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c2''</big>
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c2''</big>
<td> (R3 if exists) </td>
</tr>
</tr>
</table>
</table>
</center>
</center>
{{Twocolumn|
{{Twocolumn|
* ''n'' ... code of pola head group(Glycerophospholipid) or number of attached sugars(Glyceroglycolipid)
* ''a'' ... the number of attached sugars (glycoglycerolipid) or the code of polar head group(phosphoglycerolipid)
* ''b1'' ... type of binding to Fatty acyl-1(LBF1)
* ''b'' ... type of binding to fatty acid-1 through 3
* ''b2'' ... type of binding to Fatty acyl-2(LBF2)
 
* ''x1'' ... carbon chain length(LBF1)
* ''y1'' ... degree of unsaturation(LBF1)
* ''z1'' ... position of n-''z'' (n minus z; also ω-z or omega-z) nomenclature(LBF1)
* ''w1'' ... structure type(LBF1)
* ''c1'' ... serial number(LBF1)


* ''x2'' ... carbon chain length(LBF2)
* ''x'' ... carbon chain length (fatty acid-1 through 3)
* ''y2'' ... degree of unsaturation(LBF2)
* ''y'' ... degree of unsaturation (fatty acid-1 through 3)
* ''z2'' ... position of n-''z'' (n minus z; also ω-z or omega-z) nomenclature(LBF2)
* ''z'' ... position of n-''z'' (n minus z; also ω-z or omega-z) nomenclature (fatty acid-1 through 3)
* ''w2'' ... structure type(LBF2)
* ''w'' ... structure type (fatty acid-1 through 3)
* ''c2'' ... serial number(LBF2)
* ''c'' ... serial number (fatty acid-1 through 3)
|
|
* ''n'' ... ポーラヘッドグループの記号(Glycerophospholipid) 、もしくは修飾する糖の個数 (Glyceroglycolipid)  
* ''a'' ... 修飾する糖の個数 (グリセロ糖脂質) もしくは極性基を示す略号 (グリセロリン脂質)
* ''b1'' ... 脂肪酸1(LBF1)の結合のタイプ
* ''b'' ... 脂肪酸1および2の結合のタイプ
* ''b2'' ... 脂肪酸2(LBF2)の結合のタイプ
 
* ''x1'' ... 炭素鎖長(LBF1)
* ''y1'' ... 不飽和度(LBF1)
* ''z1'' ... n-''z'' (またはω-zやomega-z) における数(LBF1)
* ''w1'' ... 骨格のタイプ(LBF1)
* ''c1'' ... 通し番号(LBF1)
 
* ''x2'' ... 炭素鎖長(LBF2)
* ''y2'' ... 不飽和度(LBF2)
* ''z2'' ... n-''z'' (またはω-zやomega-z) における数(LBF2)
* ''w2'' ... 骨格のタイプ(LBF2)
* ''c2'' ... 通し番号(LBF2)
}}


 
* ''x'' ... 炭素鎖長 (脂肪酸1から3)
==Classification by pola head group or number of sugars <small>ポーラヘッドグループもしくは糖の個数による分類</small>==
* ''y'' ... 不飽和度 (脂肪酸1から3)
{{Twocolumn|
* ''z'' ... n-''z'' (またはω-zやomega-z) における数 (脂肪酸1から3)
There are 2 digit of code of pola head group (Glycerophospholipid) or number of attached sugars (Glyceroglycolipid).
* ''w'' ... 骨格のタイプ (脂肪酸1から3)
Phosphatidylinositol is treated as Glycerophospholipid.
* ''c'' ... 通し番号 (脂肪酸1から3)
|
Glycerophospholipidに関してはポーラヘッドグループを2桁の記号でGlyceroglycolipidに関しては結合している糖の総数を2桁の数字で、記載してあります。
なお、Phosphatidylinositolについては、糖脂質ではありますがGlycerophospholipidとしての扱いとなるため、PIの記号が入ってます。
}}
}}
<center>
{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
|+ Table 1. Classification by pola head group or number of sugars
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPC|PC: Phosphocholine<br>}}<br>[[Image:LBGPC.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPS|PS: Phosphatidylserine<br>}}<br>[[Image:LBGPS.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPI|PI: Phosphatidylinositol<br>}}<br>[[Image:LBGPI.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPE|PE: Phosphatidylethanolamine<br>}}<br>[[Image:LBGPE.png|200px]]
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPx|Px: other Glycerophospholipid<br>}}<br>[[Image:LBGPx.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG01|01: 糖の数1<br>}}<br>[[Image:LBG01.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG02|02: 糖の数2<br>}}<br>[[Image:LBG02.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG03|03: 糖の数3<br>}}<br>[[Image:LBG03.png|200px]]
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG04|04: 糖の数4<br>}}<br>[[Image:LBG04.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG05|05: 糖の数5<br>}}<br>[[Image:LBG05.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG06|06: 糖の数6<br>}}<br>[[Image:LBG06.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG25|25: 糖の数25<br>}}<br>[[Image:LBG25.png|200px]]
|}
</center>


 
---->
==Classification by type of binding to Fatty acyl-1 <small>脂肪酸1の結合のタイプによる分類</small>==
{{Twocolumn|
 
|
 
}}
 
<center>
{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
|+ Table 2. Classification by type of binding to Fatty acyl-1
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..C|C: Acyl group<br>}}<br>[[Image:LBG--C.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..K|K: Alkyl group<br>}}<br>[[Image:LBG--K.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..N|N: Alkenyl group<br>}}<br>[[Image:LBG--N.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..G|G: Glycosyl group<br>}}<br>[[Image:LBG--G.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..P|P: Phosphoryl group<br>}}<br>[[Image:LBG--P.png|200px]]
|}
</center>
 
 
==Classification by type of binding to Fatty acyl-2 <small>脂肪酸2の結合のタイプによる分類</small>==
{{Twocolumn|
 
|
 
}}
 
<center>
{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
|+ Table 3. Classification by type of binding to Fatty acyl-2
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...C|C: Acyl group<br>}}<br>[[Image:LBG---C.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...K|K: Alkyl group<br>}}<br>[[Image:LBG---K.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...N|N: Alkenyl group<br>}}<br>[[Image:LBG---N.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...G|G: Glycosyl group<br>}}<br>[[Image:LBG---G.png|200px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...P|P: Phosphoryl group<br>}}<br>[[Image:LBG---P.png|200px]]
|}
</center>

Latest revision as of 01:05, 30 November 2023

Glycerolipid


Upper classes: LB

Class Overview

Complex lipid is the major structural component of biological membranes (lipid bilayer), and is broadly classified into glycerolipid containing glycerol and sphingolipid containing sphingoid. The glycerolipid category (LBG) includes glycoglycerolipid and phosphoglycerolipid.

リン酸や糖などを含む脂質は複合脂質と呼ばれ、細胞膜の脂質二重層の主要な構成要素です。複合脂質は、一般的にグリセロールを含む脂質 (グリセロ脂質) とスフィンゴイドを含む脂質 (スフィンゴ脂質) に大別されます。グリセロ脂質 (LBG) には、グリセロ糖脂質 (glycoglycerolipid) とグリセロリン脂質 (glycerophospholipid) が含まれます。

Common Nomenclature

LipidMaps Consortium in the US defines the standard way of structure description (nomenclature). Please follow this standard especially when exact structure is not determined due to experimental procedures.

米国のLipidMaps コンソーシアムでは、構造の標準的な表記法を定めています(命名系)。とりわけ分析法により構造に曖昧な部分が残る場合は、以下の表記法を踏襲してください。

Reference: "Update on LIPID MAPS classification, nomenclature, and shorthand notation for MS-derived lipid structures" J Lipid Res 61(12), 1539-1555, 2020

GlyceroLipid

Glycerolipid is referred to as mono-, di-, and triglycerides depending on the number of acyl chains (fatty acids). When sugars are attached, the modification comes before the backbone name; SQ, MG, and DG indicate Sulfoquinovose, single hexose, and double hexoses, respectively.Hexose is commonly galactose, and MG and DG may refer to mono- and digalactose.

配位するアシル基(脂肪酸)の数により、モノ・ジ・トリアシルグリセロール(それぞれ MG, DG, TG)と呼ばれます。グリセロール骨格に糖鎖が付く場合は MG や DG の前に SQ (Sulfoquinovosyl)、MG (Monoglycosyl)、DG (Diglycosyl) をつけます。MGやDGの略称はガラクトースの意味で使われる場合もあります。

Monoglycosyl (単糖) Diglycosyl (二糖) Sulfoquinovosyl (スルホキノボース)
MG : Monoacylglycerol
(モノアシルグリセロール)
MGMG DGMG SQMG
DG : Diacylglycerol
(ジアシルグリセロール)
MGDG DGDG SQDG
TG : Triacylglycerol
(トリアシルグリセロール)
n.a. (該当なし)

Glycerophospholipid

Template:Twocolmn

Phosphatidic acid
ホスファチジン酸
PA, Ptd
Phosphatidylcholine
ホスファチジルコリン
PC, PtdCho
Phosphatidylethanolamine
ホスファチジルエタノールアミン
PE, PtdEtn
Phosphatidylserine
ホスファチジルセリン
PS, PtdSer
Phosphatidylinositol
ホスファチジルイノシトール
PI, PtdIns
Phosphatidylinositol-mannoside
ホスファチジルイノシトールマンノシド
PIM
Phosphatidylglycerol
ホスファチジルグリセロール
PG, PtdGro
Phosphatidylglycerolphosphate
ホスファチジルグリセロールリン酸
PGP
Cardiolipin
カルジオリピン
CL, Ptd2Gro
Bis[monoacylglycero]phosphates
ビス(モノアシルグリセロ)リン酸
BMP


Subcategories

This category has only the following subcategory.