Category:LBG: Difference between revisions

 
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{{Huge|Glycerolipid (グリセロ脂質)}}
{{Huge|{{Bilingual|グリセロ脂質|Glycerolipid}} }}
{{LB/Header}}
{{Hierarchy|{{PAGENAME}}}}
{{Hierarchy|{{PAGENAME}}}}
 
{| style="float:right"
|__TOC__
|}
==Class Overview==
==Class Overview==


Line 7: Line 10:
Complex lipid is the major structural component of biological membranes (lipid bilayer), and is broadly classified into glycerolipid containing glycerol and sphingolipid containing sphingoid. The glycerolipid category (LBG) includes glycoglycerolipid and phosphoglycerolipid.
Complex lipid is the major structural component of biological membranes (lipid bilayer), and is broadly classified into glycerolipid containing glycerol and sphingolipid containing sphingoid. The glycerolipid category (LBG) includes glycoglycerolipid and phosphoglycerolipid.
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リン酸や糖などを含む脂質は複合脂質と呼ばれ、細胞膜の脂質二重層の主要な構成要素です。複合脂質は、一般的にグリセロールを含む脂質(グリセロ脂質)とスフィンゴイドを含む脂質(スフィンゴ脂質)に大別されます。
リン酸や糖などを含む脂質は複合脂質と呼ばれ、細胞膜の脂質二重層の主要な構成要素です。複合脂質は、一般的にグリセロールを含む脂質 (グリセロ脂質) とスフィンゴイドを含む脂質 (スフィンゴ脂質) に大別されます。グリセロ脂質 (LBG) には、グリセロ糖脂質 (glycoglycerolipid) とグリセロリン脂質 (glycerophospholipid) が含まれます。
<br>グリセロ脂質(LBG)には、グリセロ糖脂質 (glycoglycerolipid)とグリセロリン脂質 (phosphoglycerolipid) が含まれます。
}}
 
={{Bilingual|略称の記載法|Common Nomenclature}}=
{{Twocolumn|
[https://lipidmaps.org LipidMaps Consortium] in the US defines the standard way of structure description (nomenclature). Please follow this standard especially when exact structure is not determined due to experimental procedures.
|
米国の[https://lipidmaps.org LipidMaps コンソーシアム]では、構造の標準的な表記法を定めています(命名系)。とりわけ分析法により構造に曖昧な部分が残る場合は、以下の表記法を踏襲してください。
}}
}}
Reference: "Update on LIPID MAPS classification, nomenclature, and shorthand notation for MS-derived lipid structures" [https://www.jlr.org/article/S0022-2275(20)60017-7/fulltext <i>J Lipid Res</i> 61(12), 1539-1555, 2020]


===Common Abbreviations <small>よく使う略称</small>===
==GlyceroLipid==
{|
 
{{Twocolumn|
Glycerolipid is referred to as mono-, di-, and triglycerides depending on the number of acyl chains (fatty acids). When sugars are attached, the modification comes before the backbone name; SQ, MG, and DG indicate Sulfoquinovose, single hexose, and double hexoses, respectively.Hexose is commonly galactose, and MG and DG may refer to mono- and digalactose.
|
配位するアシル基(脂肪酸)の数により、モノ・ジ・トリアシルグリセロール(それぞれ MG, DG, TG)と呼ばれます。グリセロール骨格に糖鎖が付く場合は MG や DG の前に SQ (Sulfoquinovosyl)、MG (Monoglycosyl)、DG (Diglycosyl) をつけます。MGやDGの略称はガラクトースの意味で使われる場合もあります。
}}
 
{| class="wikitable" cellpadding="4"
|-
!  ||  || Monoglycosyl (単糖) || Diglycosyl (二糖) || Sulfoquinovosyl (スルホキノボース)
|-
| MG : || Monoacylglycerol <br/>(モノアシルグリセロール) || MGMG || DGMG || SQMG
|-
| DG : || Diacylglycerol <br/>(ジアシルグリセロール) || MGDG || DGDG || SQDG
|-
| TG : || Triacylglycerol <br/>(トリアシルグリセロール)
|colspan="3" align="center"| n.a. (該当なし)
|}
 
==Glycerophospholipid==
{{Twocolmn|
 
|
グリセロリン脂質は生体膜の主要成分であり、グリセロールに2つの脂肪酸とリン酸を含む極性基が結合しています。
 
}}
{| class="wikitable"
|-
| Phosphatidic acid<br/>ホスファチジン酸 || PA, Ptd
|-
| Phosphatidylcholine<br/>ホスファチジルコリン ||  PC, PtdCho
|-
| Phosphatidylethanolamine<br/>ホスファチジルエタノールアミン || PE, PtdEtn
|-
| Phosphatidylserine<br/>ホスファチジルセリン || PS, PtdSer
|-
|-
| PA || Phosphatidic acid || ホスファチジン酸
| Phosphatidylinositol<br/>ホスファチジルイノシトール || PI, PtdIns
|-
|-
| PC || Phosphatidylcholine || ホスファチジルコリン
| Phosphatidylinositol-mannoside<br/>ホスファチジルイノシトールマンノシド || PIM
|-
|-
| PE || Phosphatidylethanolamine || ホスファチジルエタノールアミン
| Phosphatidylglycerol<br/>ホスファチジルグリセロール || PG, PtdGro
|-
|-
| PG || Phosphatidylglycerol || ホスファチジルグリセロール
| Phosphatidylglycerolphosphate<br/>ホスファチジルグリセロールリン酸 || PGP
|-
|-
| PI || Phosphatidylinositol || ホスファチジルイノシトール
| Cardiolipin<br/>カルジオリピン || CL, Ptd2Gro
|-
| Bis[monoacylglycero]phosphates<br/>ビス(モノアシルグリセロ)リン酸 || BMP
|}
 
 
<!----
=={{Bilingual|分類|Classification}}==
==={{Bilingual|糖の個数もしくは極性基|By the Number of Sugars or the Head Group}}===
 
 
{{Twocolumn|
For glycoglycerolipid, 2 digits indicate the number of sugars. For  phosphoglycerolipid, common abbreviations such as PS (phosphatidylserine)or PE (phosphatidylethanolamine).
|
グリセロ糖脂質は結合している糖の総数を、グリセロリン脂質の場合はPS(ホスファチジルセリン)やPE(ホスファチジルエタノールアミン)等の記号を2桁で示しています。
}}
 
 
 
{| class="wikitable"
|-
! colspan="3" | Glycerolipid Overview
|-
| align="center" style="vertical-align:top" width=33%|
Glycoglycerolipid<br><small>グリセロ糖脂質</small>: LBGnn
<br>[[Image:LBGnn.png]]<br>
| align="center" style="vertical-align:top" width=33%|
Phosphoglycerolipid<br><small>グリセロリン脂質</small>: LBGPn
<br>[[Image:LBGPn.png]]<br>
|}
</center>
 
<center>
{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
|+ Table 1. Classification by number of sugars or polar head group
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPA|LBGPA: <br>Ptd acid <br>ホスファチジン酸<br>}}<br>[[Image:LBGPA.png|90px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPC|LBGPC: <br>Ptd-choline<br>ホスファチジルコリン<br>}}<br>[[Image:LBGPC.png|155px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPE|LBGPE: <br>Ptd-ethanolamine<br>ホスファチジルエタノールアミン<br>}}<br>[[Image:LBGPE.png|135px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPG|LBGPG: <br>Ptd-glycerol <br>ホスファチジルグリセロール<br>}}<br>[[Image:LBGPG.png|130px]]
 
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPI|LBGPI: <br>Ptd-inositol<br>ホスファチジルイノシトール<br>}}<br>[[Image:LBGPI.png|110px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPS|LBGPS: <br>Ptd-serine<br>ホスファチジルセリン<br>}}<br>[[Image:LBGPS.png|150px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPx|LBGPx: <br>other <br>その他リン脂質<br>}}<br>[[Image:LBGPx.png|95px]]
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGMG|LBGMG: <br>Monoacyl G<br>モノグリセリド<br>}}<br>[[Image:LBGMG.png]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGDG|LBGDG: <br>Diacyl G<br>ジグリセリド<br>}}<br>[[Image:LBGDG.png]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGTG|LBGTG: <br>Triacyl G<br>トリグリセリド<br>}}<br>[[Image:LBGTG.png]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG00|LBG00: <br>Alkyl-type G<br>含アルキル, アルケニル型<br>}}
|-
|-
| PS || Phosphatidylserine || ホスファチジルセリン
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG01|LBG01: <br>1 sugar<br>糖の数1<br>}}
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG02|LBG02: <br>2 sugars<br>糖の数2<br>}}
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG03|LBG03: <br>3 sugars<br>糖の数3<br>}}
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG04|LBG04: <br>4 sugars<br>糖の数4<br>}}
 
|}
|}
</center>


==={{Bilingual|その他の分類|Other Classification Charts}}===


==Design of Glycerolipid Identifiers <small>ID番号の設計</small>==
* {{#volatile:ClassMatrix|Head Group v.s. Length:Unsaturation of R1 <br>(極性基 対 R1の脂肪酸長:不飽和度)|LBG.....:.........:.........|10|12|4|5|Head_Group|Fatty_Acid_Length(R1)}}
* {{#volatile:ClassMatrix|Head Group v.s. Length:Unsaturation of R2 <br>(極性基 対 R2の脂肪酸長:不飽和度)|LBG.....:.........:.........|20|22|4|5|Head_Group|Fatty_Acid_Length(R2)}}
* {{#volatile:ClassMatrix|Length:Unsaturation of R1 v.s. Length:Unsaturation of R2 <br>(R2の脂肪酸長:不飽和度 対 R2の脂肪酸長:不飽和度)|LBG.....:.........:.........|10|12|20|22|Fatty_Acid_Length(R1)|Fatty_Acid_Length(R2)}}
 
=={{Bilingual|ID番号の設計|Design of Glycerolipid Identifiers}}==
<center>
<center>
27-DIGIT(7+9+9+2)
28-DIGIT(8+9+9+2)
<table border=1>
<table border=1>
<tr>
<tr>
Line 40: Line 143:
<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b1''</big>
<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b1''</big>
<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b2''</big>
<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b2''</big>
<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b3''</big>
<td style="background-color:gray;" width=15px align="center"><big>:</big>
<td style="background-color:gray;" width=15px align="center"><big>:</big>
<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x1''</big>
<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x1''</big>
Line 60: Line 164:
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c2''</big>
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c2''</big>
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c2''</big>
<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c2''</big>
<td> (R3 if exists) </td>
</tr>
</tr>
</table>
</table>
Line 65: Line 170:
{{Twocolumn|
{{Twocolumn|
* ''a'' ... the number of attached sugars (glycoglycerolipid) or the code of polar head group(phosphoglycerolipid)
* ''a'' ... the number of attached sugars (glycoglycerolipid) or the code of polar head group(phosphoglycerolipid)
* ''b'' ... type of binding to fatty acid-1 and 2
* ''b'' ... type of binding to fatty acid-1 through 3


* ''x'' ... carbon chain length (fatty acid-1 and 2)
* ''x'' ... carbon chain length (fatty acid-1 through 3)
* ''y'' ... degree of unsaturation (fatty acid-1 and 2)
* ''y'' ... degree of unsaturation (fatty acid-1 through 3)
* ''z'' ... position of n-''z'' (n minus z; also ω-z or omega-z) nomenclature (fatty acid-1 and 2)
* ''z'' ... position of n-''z'' (n minus z; also ω-z or omega-z) nomenclature (fatty acid-1 through 3)
* ''w'' ... structure type (fatty acid-1 and 2)
* ''w'' ... structure type (fatty acid-1 through 3)
* ''c'' ... serial number (fatty acid-1 and 2)
* ''c'' ... serial number (fatty acid-1 through 3)
|
|
* ''a'' ... 修飾する糖の個数 (グリセロ糖脂質) もしくは極性基を示す略号 (グリセロリン脂質)
* ''a'' ... 修飾する糖の個数 (グリセロ糖脂質) もしくは極性基を示す略号 (グリセロリン脂質)
* ''b'' ... 脂肪酸1および2の結合のタイプ
* ''b'' ... 脂肪酸1および2の結合のタイプ


* ''x'' ... 炭素鎖長 (脂肪酸1および2)
* ''x'' ... 炭素鎖長 (脂肪酸1から3)
* ''y'' ... 不飽和度 (脂肪酸1および2)
* ''y'' ... 不飽和度 (脂肪酸1から3)
* ''z'' ... n-''z'' (またはω-zやomega-z) における数 (脂肪酸1および2)
* ''z'' ... n-''z'' (またはω-zやomega-z) における数 (脂肪酸1から3)
* ''w'' ... 骨格のタイプ (脂肪酸1および2)
* ''w'' ... 骨格のタイプ (脂肪酸1から3)
* ''c'' ... 通し番号 (脂肪酸1および2)
* ''c'' ... 通し番号 (脂肪酸1から3)
}}
}}


 
---->
 
==Classification 分類==
===By the Number of Sugars or the Head Group <small>糖の個数もしくは極性基</small>===
 
{{Twocolumn|
For glycoglycerolipid, 2 digits indicate the number of sugars. For  phosphoglycerolipid, common abbreviations such as PS (phosphatidylserine)or PE (phosphatidylethanolamine). Although inositol is a sugar, phosphatidylinositol is registered as PI, not 01.
|
グリセロ糖脂質は結合している糖の総数を、グリセロリン脂質の場合はPS(ホスファチジルセリン)やPE(ホスファチジルエタノールアミン)等の記号を2桁で示しています。
ホスファチジルイノシトールはグリセロ糖脂質でもありますが01ではなくPIに分類しています。
}}
<center>
{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
|+ Table 1. Classification by number of sugars or pola head group
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG01|LBG01: 1 sugar<br>糖の数1<br>}}
<br>[[Image:LBG01.png|80px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG02|LBG02: 2 sugars<br>糖の数2<br>}}
<br>[[Image:LBG02.png|90px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG03|LBG03: 3 sugars<br>糖の数3<br>}}
<br>[[Image:LBG03.png|90px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG04|LBG04: 4 sugars<br>糖の数4<br>}}
<br>[[Image:LBG04.png|90px]]
 
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG05|LBG05: 5 sugars<br>糖の数5<br>}}<br>[[Image:LBG05.png|100px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG06|LBG06: 6 sugars<br>糖の数6<br>}}<br>[[Image:LBG06.png|100px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG25|LBG25: 25 sugars<br>糖の数25<br>}}
<br><br>[[Image:LBG25.png|100px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG00|LBG00: 0 sugar<br>糖の数0, others <br>Glycerolipid<br>}}
<br>[[Image:LBG00.png|80px]]
 
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPC|LBGPC: Ptd-choline<br>ホ-コリン<br>}}
<br>[[Image:LBGPC.png|120px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPS|LBGPS: <br>Ptd-serine<br>ホ-セリン<br>}}
<br>[[Image:LBGPS.png|120px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPI|LBGPI: <br>Ptd-inositol<br>ホ-イノシトール<br>}}
<br>[[Image:LBGPI.png|100px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPE|LBGPE: <br>Ptd-ethanolamine<br>ホ-エタノールアミン<br>}}
<br>[[Image:LBGPE.png|120px]]
 
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPA|LBGPA: Ptd acid <br>ホスファチジン酸<br>}}<br>[[Image:LBGPA.png|80px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPG|LBGPG: Ptd-glycerol <br>ホ-グリセロール<br>}}<br>[[Image:LBGPG.png|80px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPx|LBGPx: other <br>その他<br>}}<br>[[Image:LBGPx.png|80px]]
 
|}
</center>
 
==この分類は削除==
<center>
{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
|+ Table 2. Classification by type of binding to fatty acid-1
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..C|C: Acyl <br>group<br>}}<br><br>[[Image:LBG--C.png|110px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..K|K: Alkyl <br>group<br>}}<br><br>[[Image:LBG--K.png|110px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..N|N: Alkenyl <br>group<br>}}<br><br>[[Image:LBG--N.png|110px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..G|G: Glycosyl <br>group<br>}}<br><br>[[Image:LBG--G.png|100px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..P|P: Phosphoryl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG--P.png|140px]]
|}
</center>
 
==この分類は削除==
 
<center>
{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
|+ Table 3. Classification by type of binding to fatty acid-2
|- valign="top"
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...C|C: Acyl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG---C.png|110px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...K|K: Alkyl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG---K.png|110px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...N|N: Alkenyl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG---N.png|110px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...G|G: Glycosyl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG---G.png|100px]]
|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...P|P: Phosphoryl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG---P.png|140px]]
|}
</center>

Latest revision as of 01:05, 30 November 2023

Glycerolipid


Upper classes: LB

Class Overview

Complex lipid is the major structural component of biological membranes (lipid bilayer), and is broadly classified into glycerolipid containing glycerol and sphingolipid containing sphingoid. The glycerolipid category (LBG) includes glycoglycerolipid and phosphoglycerolipid.

リン酸や糖などを含む脂質は複合脂質と呼ばれ、細胞膜の脂質二重層の主要な構成要素です。複合脂質は、一般的にグリセロールを含む脂質 (グリセロ脂質) とスフィンゴイドを含む脂質 (スフィンゴ脂質) に大別されます。グリセロ脂質 (LBG) には、グリセロ糖脂質 (glycoglycerolipid) とグリセロリン脂質 (glycerophospholipid) が含まれます。

Common Nomenclature

LipidMaps Consortium in the US defines the standard way of structure description (nomenclature). Please follow this standard especially when exact structure is not determined due to experimental procedures.

米国のLipidMaps コンソーシアムでは、構造の標準的な表記法を定めています(命名系)。とりわけ分析法により構造に曖昧な部分が残る場合は、以下の表記法を踏襲してください。

Reference: "Update on LIPID MAPS classification, nomenclature, and shorthand notation for MS-derived lipid structures" J Lipid Res 61(12), 1539-1555, 2020

GlyceroLipid

Glycerolipid is referred to as mono-, di-, and triglycerides depending on the number of acyl chains (fatty acids). When sugars are attached, the modification comes before the backbone name; SQ, MG, and DG indicate Sulfoquinovose, single hexose, and double hexoses, respectively.Hexose is commonly galactose, and MG and DG may refer to mono- and digalactose.

配位するアシル基(脂肪酸)の数により、モノ・ジ・トリアシルグリセロール(それぞれ MG, DG, TG)と呼ばれます。グリセロール骨格に糖鎖が付く場合は MG や DG の前に SQ (Sulfoquinovosyl)、MG (Monoglycosyl)、DG (Diglycosyl) をつけます。MGやDGの略称はガラクトースの意味で使われる場合もあります。

Monoglycosyl (単糖) Diglycosyl (二糖) Sulfoquinovosyl (スルホキノボース)
MG : Monoacylglycerol
(モノアシルグリセロール)
MGMG DGMG SQMG
DG : Diacylglycerol
(ジアシルグリセロール)
MGDG DGDG SQDG
TG : Triacylglycerol
(トリアシルグリセロール)
n.a. (該当なし)

Glycerophospholipid

Template:Twocolmn

Phosphatidic acid
ホスファチジン酸
PA, Ptd
Phosphatidylcholine
ホスファチジルコリン
PC, PtdCho
Phosphatidylethanolamine
ホスファチジルエタノールアミン
PE, PtdEtn
Phosphatidylserine
ホスファチジルセリン
PS, PtdSer
Phosphatidylinositol
ホスファチジルイノシトール
PI, PtdIns
Phosphatidylinositol-mannoside
ホスファチジルイノシトールマンノシド
PIM
Phosphatidylglycerol
ホスファチジルグリセロール
PG, PtdGro
Phosphatidylglycerolphosphate
ホスファチジルグリセロールリン酸
PGP
Cardiolipin
カルジオリピン
CL, Ptd2Gro
Bis[monoacylglycero]phosphates
ビス(モノアシルグリセロ)リン酸
BMP


Subcategories

This category has only the following subcategory.