Category:LBS

Sphingolipid

Class Overview

Sphingosine & Ceramide

Sphingosine is synthesized from decarboxylating condensation of palmitoyl CoA with serine. It is a 18-carbon amino alcohol (16 carbons from palmitic acid and 2 from serine) with one unsaturated bond (2-amino-4-octadecene-1,3-diol). Sphingosine is further acylated to form ceramide, an important component of cell membranes.
The Sphingolipid category (LBS) in this database includes glycosphingolipid, phosphosphingolipid, and ceramide.

スフィンゴシンはパルミトイルCoAがアミノ酸セリンと脱炭酸縮合して生成します。炭素を18個含むアミノアルコール(16個がパルミチン酸、2個がセリン由来)で不飽和結合を1つ含んでいます (2-amino-4-octadecene-1,3-diol)。 スフィンゴシンがアシル化したものが、細胞膜の重要な成分であるセラミドです。
このデータベースにおけるスフィンゴ脂質カテゴリー (LBS) には、スフィンゴ糖脂質 (glycosphingolipid)、スフィンゴリン脂質 (phosphosphingolipid) 、セラミド (ceramide) が含まれています。

Abbreviations

Design of Page Titles for Sphingolipid

L B S V/I s1 s2 s3 n1 n2 y c1 c2

  • V for vertebrates and I for invertebrates
  • s1 ∼ s3 ... Structure code
The 1st letter s1:
Z for Galβ1-4Glcβ1-1bCer
Y (Arthro) for GlcNAcβ1-3Manβ1-4Glcβ1-1Cer
For others, 0Q of the 1st sugar
The 2nd and 3rd letters s2 and s3:
0 to Q for the 3rd and 4th sugars for Z class
0 to Q for the 4th and 5th sugars for Y class
0 to Q for the 2nd and 3rd sugars for others
  • n1, n2 ... the number of sugars
  • y ... the number of sialic acids
  • c1, c2 ... serial numbers

  • x ... 脊椎動物は V 無脊椎動物は I
  • s1 ∼ s3 ... 構造コード
最初の文字 s1:
ZGalβ1-4Glcβ1-1bCer
Y (Arthro型) は GlcNAcβ1-3Manβ1-4Glcβ1-1Cer
それ以外は最初の糖タイプにより 0Q
2番目、3番目の文字 s2 and s3:
Zクラスの場合、3,4番目の糖タイプにより 0 to Q
Yクラスの場合、4,5番目の糖タイプにより 0 to Q
それ以外の場合、2,3番目の糖タイプにより 0 to Q
  • n1, n2 ... 糖の数
  • y ... シアル酸の数
  • c1, c2 ... 通し番号

Sugar Code

"I" and "O" are not used to avoid confusion with "1" or "0".

code sugar code sugar code sugar
0 no sugar A other Galactose (Gal)
including methylation
L Rhamnose (Rha) or pentose sugars (Ara, Xyl)
1 Galα1-3 B Other N-acetyl galactosamine (GalNAc) or
glucosamine (GlcNAc)
M Mannose (Man)
2 Galα1-4 C Galactosamine (GalN) or
Glucosamine (GlcN)
N Neuraminic acids (NeuAc, NeuGc, NeuNH, KDN)
3 Galα1-6 D GlcNAcβ1-3 P phosphocholine (PC), phosphate (HPO3), sulphate (HSO3), and ethylene (2C=CH)
4 Galβ1-3 E GlcNAcβ1-4 Q Aminoethylphosphate (AEPn, MAEPr, EtnP)
5 Galβ1-4 F GlcNAcβ1-6
6 Galβ1-6 G Other Glucose (Glc)
7 GalNAcβ1-3 H Glucuronic acid (GlcA)
8 GalNAcβ1-4 J Inositol (Ins) Y GlcNAcβ1-3Manβ1-4Glcβ1-1Cer
9 GalNAcβ1-6 K Fucose (Fuc) Z Galβ1-4Glcβ1-1bCer

Polysaccharide Chain

Table 1. Common Categories
Common Name Sequence LipidBank ID
By GalCer Synthase (EC 2.4.1.62)
Gala 0 Galα1-4Galβ1-Cer
Spirometo 0 Galβ1-4Glcβ1-3Galβ1-Cer
By GlcCer Synthase (EC 2.4.1.80)
Ganglio 0 GalNAcβ1-4Galβ1-4Glcβ1-Cer
Isoganglio 0 GalNAcβ1-3Galβ1-4Glcβ1-Cer
Globo 0 Galα1-4Galβ1-4Glcβ1-Cer
Isoglobo 0 Galα1-3Galβ1-4Glcβ1-Cer
Lacto 0 Galβ1-3GlcNAcβ1-3Galβ1-4Glcβ1-Cer
NeoLacto 0 Galβ1-4GlcNAcβ1-3Galβ1-4Glcβ1-Cer
Muco 0 Galβ1-4Galβ1-4Glcβ1-Cer
With Mannose
Arthro 0 GlcNAcβ1-3Manβ1-4Glcβ1-Cer
Mollu 0 Manα1-3Manβ1-4Glcβ1-Cer

Classification

By the Number of Sugars 糖の個数

For glycosphingolipid, 2 digits following LBS stand for the number of attached sugars. For phosphosphingolipid, the code of phosphorylation, PP.

スフィンゴ糖脂質は結合している糖の総数をLBSに続く2桁の数字で、スフィンゴリン脂質は数字の代わりにリン酸化修飾を示す記号PPで分類しています。

Sphingolipid Overview

Glycosphingolipid
スフィンゴ糖脂質: LBSnn
LBSnn.png

Phosphosphingolipid
スフィンゴリン脂質: LBSPP
LBSPP.png

Table 1. Classification by the Number of Sugars
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)
 
(0 pages)

Subcategories

This category has the following 4 subcategories, out of 4 total.