JCBL:DBmeeting: Difference between revisions

Latest revision as of 05:03, 1 December 2023

About LipidBank

"LipidBank" is an open, publicly free database of natural lipids including fatty acids, glycerolipids, sphingolipids, steroids, and various vitamins.

The database contains more than 6000 unique molecular structures (ChemDraw cdx format, MDL MOL format), their lipid names (common name, IUPAC), spectral information (mass, UV, IR, NMR and others), and most importantly, literature information.

The database lists natural lipids only, and all molecular information is manually curated and approved by experts in lipid research (see Informant in each record).

LipidBank is the official database of the Japanese Conference on the Biochemistry of Lipids (JCBL).

Reference:
Watanabe K., Yasugi E. and Oshima M. "How to search the glycolipid data in LIPIDBANK for Web: the newly developed lipid database in Japan" Trend Glycosci. and Glycotechnol. 12, 175-184, 2000. (PDF)

LipidBankは、脂肪酸、グリセロ脂質、スフィンゴ脂質、ステロイド、各種ビタミンを含む天然脂質の公開データベースです。

現在6000以上の天然物構造（ChemDraw cdx形式、MDL MOL形式）について、物質名（慣用名とIUPAC）、スペクトル情報（質量、UV, IR, NMRほか）に加えて、文献情報も掲載しています。

このデータベースは天然物を対象としており、全データについて監修者がチェックしています。LipidBankは日本脂質生化学会の公式データベースです。

文献：
渡辺清博、八杉悦子、大島美恵子「糖脂質データを日本で新しく作成された生理活性脂質データベース[LIPIDBANK for Web]で検索してみよう」Trend Glycosci. and Glycotechnol. 12, 175-184, 2000.（PDF）

Bylaws

日本脂質生化学会脂質データベース構築委員会　規約

（名称）
第1条　本会を日本脂質生化学会脂質データベース構築委員会（以下、委員会という。）と称する。
（設置）
第2条　委員会は、日本脂質生化学会が設置する。
（目的）
第3条　委員会は、脂質データベース“LipidBank”の構築・維持・更新を目的とし、脂質データの集積・更新、データベースシステムの構築・維持、
ならびにこれらに関連する業務をおこなう。
（委員会）
第4条　委員会の委員は、脂質・バイオインフォマティクスに造詣の深い日本脂質生化学会会員で構成され、日本脂質生化学会会長が任命する。
　２　委員会には委員長を置くこととし、原則として日本脂質生化学会会長が兼務するが、委員の中から任命することができる。
　３　委員会に副委員長を置くことができ、日本脂質生化学会会長が任命する。
　４　委員会に顧問を置くことができ、日本脂質生化学会会長が任命する。
　５　顧問は委員会に出席し、意見を述べることができる。
（事務局）
第5条　委員会に、会務に関する事務をおこなうために事務局を置く。事務局長は委員長が指名する。
（雑則）
第6条　この規約に定めるもののほか、必要な事項は別に定める。

附則
本規約は、総会の承認を経て変更することができる。

（平成17年10月1日制定）
（平成29年6月15日改訂）

History (歴史)

LIPID INFORMATION SERVICE (LIPIDBANK) (1984? - 1997)

The project was started as a database in Japanese around 1984 with Grant-in-Aid for scientific research publication (Akira Hayashi). This database was succeeded in 1989 under the committee of lipid information (President: Yoshitaka Nagai), organized by the members of The Japanese Conference on the Biochemistry of Lipids (JCBL). The actual construction of the database was managed by the JCBL committee of database construction (President: Akira Hayashi, Vice-president: Nobuo Ueta, Secretary: Kiyohiro Watanabe).

The database included 16 lipid classes: fatty acid, long chain aldehyde, long chain alcohol, long chain base, bile acid, glyceride, phospholipid, glycolipid, lipoprotein, lipopolysaccharide, steroid, prostanoid, ether type lipid, mycolic acid and wax.

Each record contained lipid name, biological activity, source, references, structure and spectra. About 2,700 records were collected and saved on floppy discs.

脂質情報データベース (1984? - 1997)

LipidBankの淵源は、1984年頃に獲得された科学研究費補助金（研究成果刊行費、代表者：林陽）により構築が開始された日本語のデータベース「脂質情報データベース」である。1989年に、このデータベースは日本脂質生化学会（JCBL）により構成された脂質情報作成委員会（委員長：永井克孝）が立ち上げたプロジェクトに引き継がれ、構築が本格化した。実務は脂質情報データベース構築委員会（委員長：林陽、副委員長：植田伸夫、システム構築と入力：渡邊清博）が担った。

このデータベースは、脂質を16種類に分類して集積された（脂肪酸、長鎖アルデヒド、長鎖アルコール、長鎖塩基、胆汁酸、グリセリド、リン脂質、糖脂質、リポタンパク質、リポ多糖、ステロイド、プロスタノイド、エーテル型脂質、ミコール酸、ワックスなど）。

各脂質の名称、生理活性、分布、文献、化学構造、スペクトルデータなどの情報が記載された。約2,700件のデータが集積され、フロッピーディスクで配布された。

LIPIDBANK for Web (1996 - 1999)

The initial three-year project started as a joint research between the International Medical Center of Japan (current National Center for Global Health and Medicine) (NCGM) and the Japan Science and Technology Corporation (JST).

A new executive committee was organized (President: Shoshichi Nojima, Vice-president: Mieko Oshima, Secretary: Kiyohiro Watanabe and Etsuko Yasugi).

The committee decided to collect the data on 27 lipid classes in English. Molecules in each class were collected independently under 27 team leaders and 122 data informants.

The database became publicly available from October 1999. The database server was placed at the University of Tokyo where the office of JCBL was located. The total number of molecules was about 5400.

生理活性脂質データベース (1996 - 1999)

3年間の本プロジェクトは、国立国際医療センター（現：国立国際医療研究センター）(NCGM) と科学技術振興機構 (JST) との共同研究として発足した。

新たに生理活性脂質データベース構築検討会(委員長：野島庄七、副委員長：大島美恵子、データ入力：渡邊清博、八杉悦子）が結成された。

脂質を27種類に分類して、それぞれの脂質化合物データを英語で集積した。脂質分野ごとに、各脂質を専門とする27名のデータベース構築責任者をおき、122名のデータ提供者によりデータが収載された。

1999年秋にJCBLの事務局があった東京大学にサーバーを設置し、インターネット上に公開された。5,400件の脂質化合物データが収録された。

Updating LIPIDBANK for Web (1999 - 2005)

After adding one lipid class (lipid peroxides), 28 lipid classes were reorganized into 17 lipid groups.

The DERIVED LIPIDS group now includes fatty acid, long chain alcohol, long chain aldehyde, and long chain base and ceramide. The FAT-SOLUBLE VITAMIN group includes carotenoid, coenzyme Q, vitamin A, vitamin D, vitamin E, and vitamin K. The GLYCOLIPID group includes glycosphingolipid, glycoglycerolipid and others. The PHOSPHOLIPID group includes glycerophospholipid, PAF, and sphingophospholipid.

In 2004, JCBL officially established an executive committee (President: Yousuke Seyama, Secretary: Etsuko Yasugi) for updating the database.

生理活性脂質データベースの維持・更新(1999 - 2005)

新たに過酸化脂質の項目を加えて、17種類の脂質グループに分類して、28種類の脂質化合物について、データ集積をおこなった。

誘導脂質には、脂肪酸、長鎖アルコール、長鎖アルデヒド、長鎖塩基とセラミドが含まれる。脂溶性ビタミンは、カロテノイド、コエンザイムQ、ビタミンA、D、E、Kから構成されている。糖脂質にはスフィンゴ糖脂質とグリセロ糖脂質が、リン脂質にはグリセロリン脂質、PAF、スフィンゴリン脂質が含まれる。

2004年には、脂質データベース構築委員会（委員長：脊山洋右、データ入力：八杉悦子）がJCBLから公認された。

Renovating LIPIDBANK for Web (2006-2007)

LIPIDBANK for Web became the official database of JCBL, to which all rights were delegated from NCGM and JST. The name of database changed to "LipidBank".

The Hopanoid group was removed and the number of category is now 16. The database system and its contents were updated and reorganized by the JCBL committee members (President: Masahiro Nishijima).

生理活性脂質データベースの刷新(2006 - 2007)

生理活性脂質データベースは2006年にNCGMとJSTから譲渡され、JCBL公認のデータベースとなった。データベースの名称を"LipidBank"と改めた。

脂質項目のうちホパノイドを削除し、16種類の脂質グループとした。脂質データベース構築委員会（委員長：西島正弘）が、データベースのシステムと内容の維持・更新を担当。

Linking with the Wiki version (2017-2022)

With financial support from the AMED program "Studies on Specific Activities and Functions of Lipid Molecules to Develop Innovative Medical Technologies" (PS: YOKOYAMA Shinji), wiki-based database was updated for glycosphingolipid and others.

Categories in the original LipidBank were translated into static HTML pages due to security issues.

LipidBank Wiki との連携 (2017-2022)

AMED革新的先端研究開発支援事業「画期的医薬品等の創出をめざす脂質の生理活性と機能の解明」（総括：横山信治）より支援を受け、スフィンゴ糖脂質を中心に情報を整理、更新。

旧LipidBankの各カテゴリーはセキュリティ脆弱性のためにコンテンツをHTML固定ページに変換。

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Masanori Arita

arita@nig.ac.jp

National Institute of Genetics

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有田正規