Category:LBS: Difference between revisions

Revision as of 13:46, 22 November 2009

Sphingolipid (スフィンゴ脂質)

Class Overview

Sphingosine is synthesized from decarboxylating condensation of palmitoyl CoA with serine. It is a 18-carbon amino alcohol (16 carbons from palmitic acid and 2 from serine) with one unsaturated bond (2-amino-4-octadecene-1,3-diol). Sphingosine is further acylated to form ceramide, an important component of cell membranes.
The Sphingolipid category (LBS) includes glycosphingolipid, phosphosphingolipid, and ceramide.

スフィンゴシンはパルミトイルCoAがアミノ酸セリンと脱炭酸縮合して生成します。炭素を18個含むアミノアルコール(16個がパルミチン酸、2個がセリン由来)で不飽和結合を1つ含んでいます (2-amino-4-octadecene-1,3-diol)。スフィンゴシンがアシル化したものが、細胞膜の重要な成分であるセラミドです。
スフィンゴ脂質カテゴリー (LBS)には、スフィンゴ糖脂質 (glycosphingolipid)、スフィンゴリン脂質 (phosphosphingolipid) 、セラミド (ceramide)が含まれています。

Common Abbreviations よく使う略称

Cer	Ceramides	セラミド
Sph	Sphingosine	スフィンゴシン

Design of Sphingolipid Identifiers ID番号の設計

25-DIGIT(5+9+9+2)

L

B

S

a

:

x1

y1

z1

w1

c1

:

x2

y2

z2

w2

c2

a ... the number of attached sugars　(glycosphingolipid) or the code of phosphorylation (PP: phosphosphingolipid)

x1 ... carbon chain length (sphingoid base)
y1 ... degree of unsaturation (sphingoid base)
z1 ... position of n－z (n minus z; also ω－z or omega-z) nomenclature (sphingoid base)
w1 ... structure type (sphingoid base)
c1 ... serial number (sphingoid base)

x2 ... carbon chain length (acyl chain)
y2 ... degree of unsaturation (acyl chain)
z2 ... position of n－z (n minus z; also ω－z or omega-z) nomenclature (acyl chain)
w2 ... structure type (acyl chain)
c2 ... serial number (acyl chain)

a ... 修飾する糖の個数 (glycosphingolipid) もしくはリン酸化修飾を示す記号 (PP: phosphosphingolipid)

x1 ... 炭素鎖長 (スフィンゴイド塩基)
y1 ... 不飽和度 (スフィンゴイド塩基)
z1 ... n－z (またはω－zやomega-z)　における数 (スフィンゴイド塩基)
w1 ... 骨格のタイプ (スフィンゴイド塩基)
c1 ... 通し番号 (スフィンゴイド塩基)

x2 ... 炭素鎖長 (アシル基)
y2 ... 不飽和度 (アシル基)
z2 ... n－z (またはω－zやomega-z)　における数(脂肪酸)
w2 ... 骨格のタイプ (アシル基)
c2 ... 通し番号 (アシル基)

Classification

By the Number of Sugars 糖の個数

For glycosphingolipid, 2 digits following LBS stand for the number of attached sugars. For phosphosphingolipid, the code of phosphorylation, PP.

スフィンゴ糖脂質は結合している糖の総数をLBSに続く2桁の数字で、スフィンゴリン脂質は数字の代わりにリン酸化修飾を示す記号PPで分類しています。

Sphingolipid Overview
Glycosphingolipid スフィンゴ糖脂質: LBSnn	Phosphosphingolipid スフィンゴリン脂質: LBSPP

Table 1. Classification by the Number of Sugars
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Polysaccharide Chain

Table 1. Glycosphingolipids and Phosphosphingolipids

Glycosphingolipids (Abbr. BASE = Galβ1-4Glcβ1-Cer)

Gala (Ga)
Galα-4(6)Galβ1-Cer

Globo (Gb)
Galα1-4 BASE

Isoglobo (iG)
Galα1-3 BASE

2nd class

2nd class
...-(Galα1-3)_n
...-Galb1-3GalNAcb1-3
...-GlcNacβ1-6GalNAcβ1-3

2nd class

Ganglio (Gg)
GalNAcβ1-4 BASE

Isoganglio (iG)
GalNAcβ1-3 BASE

Lactoganglio (LG)

GalNAcβ¹\₄

GlcNAcβ₁/³

BASE

Lacto (Lc)
Glcβ1-3 BASE

Neolacto (nL)
Galβ1-4GlcNAcβ1-3 BASE

Subcategories

This category has the following 4 subcategories, out of 4 total.

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