Category:LBS: Difference between revisions

Sphingosine is synthesized from decarboxylating condensation of palmitoyl CoA with serine. It is a 18-carbon amino alcohol (16 carbons from palmitic acid and 2 from serine) with one unsaturated bond (2-amino-4-octadecene-1,3-diol). Sphingosine is further acylated to form ceramide, an important component of cell membranes.
The Sphingolipid category (LBS) in this database includes glycosphingolipid, phosphosphingolipid, and ceramide.

スフィンゴシンはパルミトイルCoAがアミノ酸セリンと脱炭酸縮合して生成します。炭素を18個含むアミノアルコール(16個がパルミチン酸、2個がセリン由来)で不飽和結合を1つ含んでいます (2-amino-4-octadecene-1,3-diol)。 スフィンゴシンがアシル化したものが、細胞膜の重要な成分であるセラミドです。
このデータベースにおけるスフィンゴ脂質カテゴリー (LBS) には、スフィンゴ糖脂質 (glycosphingolipid)、スフィンゴリン脂質 (phosphosphingolipid) 、セラミド (ceramide) が含まれています。

• V for vertebrates and I for invertebrates
• s1 ∼ s3 ... Structure code

The 1^st letter s1:

Z for Gal_β1-4Glc_β1-1bCer

Y (Arthro) for GlcNAc_β1-3Man_β1-4Glc_β1-1Cer

For others, 0 ∼ Q of the 1^st sugar

The 2^nd and 3^rd letters s2 and s3:

0 to Q for the 3^rd and 4^th sugars for Z class

0 to Q for the 4^th and 5^th sugars for Y class

0 to Q for the 2^nd and 3^rd sugars for others

• n1, n2 ... the number of sugars
• y ... the number of sialic acids
• c1, c2 ... serial numbers

• x ... 脊椎動物は V 無脊椎動物は I
• s1 ∼ s3 ... 構造コード

最初の文字 s1:

Z は Gal_β1-4Glc_β1-1bCer

Y (Arthro型) は GlcNAc_β1-3Man_β1-4Glc_β1-1Cer

それ以外は最初の糖タイプにより 0 ∼ Q

２番目、３番目の文字 s2 and s3:

Zクラスの場合、３,４番目の糖タイプにより 0 to Q

Yクラスの場合、４,５番目の糖タイプにより 0 to Q

それ以外の場合、２,３番目の糖タイプにより 0 to Q

• n1, n2 ... 糖の数
• y ... シアル酸の数
• c1, c2 ... 通し番号

For glycosphingolipid, 2 digits following LBS stand for the number of attached sugars. For phosphosphingolipid, the code of phosphorylation, PP.

スフィンゴ糖脂質は結合している糖の総数をLBSに続く2桁の数字で、スフィンゴリン脂質は数字の代わりにリン酸化修飾を示す記号PPで分類しています。