Template:Map/Glycerophospholipid: Difference between revisions
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=Biosynthesis of Glycerophospholipid= | =Biosynthesis of Glycerophospholipid= | ||
グリセロリン脂質の生合成 | |||
{{Map/Instruction}} | |||
{| style="margin:0 0 0 0; text-align:center;" | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
|phosphatidyl glycerol phosphate<br/>[[Image:LBGPGP.png]] | |||
| | | | ||
{| | |||
|{{Map/ReactionRight|H2O|Pi|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:3.1.3.27 3.1.3.27]<ref name="3.1.3.27">PGおよびカルジオリピン(CL)の合成酵素はミトコンドリアに局在。真核細胞ではPGとCDP-DGにより合成されるが、細菌では2分子のPGが縮合してできる。</ref>}} | |||
|phosphatidyl glycerol<br/>[[Image:LBGPG.png]] | |||
|} | |||
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| | | | ||
|style="text-align:center"|phosphatidyl inositol<br/>PI({{#get:R1}}/{{#get:R2}})<br/>[[Image: | |{{Map/ReactionUp|CMP|GP|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.7.8.5 2.7.8.5]<ref name="3.1.3.27"/>}} | ||
| | |style="text-align:center;vertical-align:top;"|{{Map/ReactionDown35|CDP-DG|}}cardiolipin<br/>[[Image:LBGDPG.png]] | ||
| | |- | ||
| colspan="2"| | |||
{| style="text-align:center; float:right;" | |||
|phosphatidyl inositol<ref>PI は全リン脂質の5-10%を占める。</ref><br/> | |||
[[Image:LBGPI.png]]<br/>PI{{#if:{{#get:R1}}{{#get:R2}}|({{#get:R1}}/{{#get:R2}})}} | |||
|{{Map/ReactionLeft|CMP|Inositol|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.7.8.11 2.7.8.11]<ref>この酵素は小胞体膜状に存在するとされていたが、形質膜にも類似の酵素が存在する。</ref>}} | |||
|CDP-diacyl glycerol<br/>[[Image:LBCDPDG.png]]<br/>CDP-DG{{#if:{{#get:R1}}{{#get:R2}}|({{#get:R1}}/{{#get:R2}})}} | |||
|} | |||
|style="vertical-align:bottom"|'''The Kennedy Pathway'''<ref>ケネディ経路とはCholineからPCまでの経路。PC生成のおよそ70%を担う。[http://www.jbc.org/cgi/content/full/280/25/e22 Kennedy and Lehninger 179(2):957,1949 & Kennedy and Weiss 222(1):193,1956]</ref> | |||
|- | |- | ||
|style="vertical-align:bottom"| ethanolamine<br/>[[Image:LBE.png]] | |||
|{{Map/ReactionUpDown|PPi|CTP|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.7.7.41 2.7.7.41]<ref>Phosphatidate cytidylyltransferase (EC 2.7.7.41)は真核細胞ではミクロソームとミトコンドリアの両画分に存在。</ref>}} | |||
|style="text-align:center"| choline [[Image:LBC.png]]{{Map/ReactionDown35|ATP|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.7.1.32 2.7.1.32]}} | |||
|style=" | |||
| | |||
|- | |- | ||
| | | {{Map/ReactionDown35|ATP|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.7.1.82 2.7.1.82]}} | ||
O-phospho ethanolamine<br/>[[Image:LBOPE.png]] | |||
| | | {{Map/MetaboliteSource|phosphatidate}}<ref>PAは''sn''-グリセロール3リン酸のアシル化により''de-novo''合成される。真核細胞におけるアシル基の供与体はacyl-CoAである(細菌ではacyl carrier protein)。PAはDGのリン酸化によっても生成する。</ref> | ||
| | PA{{#if:{{#get:R1}}{{#get:R2}}|({{#get:R1}}/{{#get:R2}})}}<br/>[[Image:LBGPA.png]] | ||
| | | O-phospho choline<br/>[[Image:LBOPC.png]]{{Map/ReactionDown35|CTP|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.7.7.15 2.7.7.15]}} | ||
|- | |- | ||
| | |{{Map/ReactionDown35|CTP|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.7.7.14 2.7.7.14]}}CDP-ethanolamine<br/>[[Image:LBCDPE.png]] | ||
| | | | ||
| | {| | ||
| | |{{Map/ReactionUp|ADP|ATP|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.7.1.107 2.7.1.107]}} | ||
| | |{{Map/ReactionDown|H2O|Pi|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:3.1.3.4 3.1.3.4]<ref>PA phosphataseはすべての生物に存在。動物組織では膜たんぱく質と可溶性たんぱく質が存在。</ref>}} | ||
| | |} | ||
|CDP-choline<br/>[[Image:LBCDPC.png]] | |||
|- | |- | ||
| | |colspan="3"| | ||
|style=" | {| style="margin:auto;" | ||
|style=" | |{{Map/ReactionDownFromRight|CMP|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.7.8.1 2.7.8.1]<ref>Choホスホトランスフェラーゼはミクロソームに局在する膜たんぱく質で逆反応も触媒。</ref>}} | ||
|style="width:16em"| diacyl glycerol<br/>DG{{#if:{{#get:R1}}{{#get:R2}}|({{#get:R1}}/{{#get:R2}})}} {{Map/MetaboliteSink|Ether PL|Template:Map/Ether_phospholipid}} <br/>[[Image:LBDG.png]] | |||
| | |{{Map/ReactionDownFromLeft|CMP|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.7.8.2 2.7.8.2]<ref>EthlAmineホスホトランスフェラーゼはミクロソームに局在する膜たんぱく質。</ref>}} | ||
| | |} | ||
|- | |- | ||
| | | | ||
{| | |||
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|phosphatidyl ethanolamine | |||
|{{Map/Glycerophospholipid/GetValues|head=PE|R1={{#get:R1}}|R2={{#get:R2}}}} | |||
|} | |||
[[Image:LBGPE.png]]<br/>PE{{#if:{{#get:R1}}{{#get:R2}}|({{#get:R1}}/{{#get:R2}})}} | |||
|style="text-align:center"|methylation x 3<br/>{{Map/ReactionLongRight|3SAM|3SAH|[http://metabolomics.jp/wiki/Enzyme:2.1.1.17 2.1.1.17]<ref>多くの細菌はこの酵素を持たないが、一部のグラム陰性菌から脊椎動物まで幅広く保存されている。脊椎動物では肝臓で発現。</ref>}} | |||
'''PEMT Pathway'''<ref>PC生成のおよそ30%はPEMT経路。この経路がないと細胞質のホモシステインは半減する。</ref> | |||
| | | | ||
| | {| | ||
| | |- | ||
| | |phosphatidyl choline<br/>(lecithin) {{Map/MetaboliteSink|PL degradation|Template:Map/Phospholipid_degradation}} | ||
|{{Map/Glycerophospholipid/GetValues|head=PC|R1={{#get:R1}}|R2={{#get:R2}}}} | |||
|} | |||
[[Image:LBGPC.png]]<br/>PC{{#if:{{#get:R1}}{{#get:R2}}|({{#get:R1}}/{{#get:R2}})}} | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
{| style="margin:auto;" | |||
|style=" | |{{Map/ReactionUp|CO2||}} | ||
| | |{{Map/ReactionDown|Ser|ethanolamine|<ref>動物細胞ではPSはPCおよびPEから転移酵素によって生じる。細菌や酵母ではPSはCDP-DGとセリンから合成される。どの細胞でもPSが脱炭酸してPEを生じる。</ref>}} | ||
|style="text-align: | |} | ||
|colspan="4" rowspan="3"| | |||
{| class="wikitable" style="margin:auto;" | |||
! style="text-align:center"| Structure Specification | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
| | <big> {{#formtag:form|action="/wiki/Template:Map/Glycerophospholipid"| | ||
| | <!----- | ||
| | Set the expression data for {{#formtag:select|name="GPLData"| | ||
| | {{#formtag:option|value="P0"|Day 0}} | ||
{{#formtag:option|value="P3"|Day 4}} | |||
{{#formtag:option|value="P5"|Day 5}} | |||
{{#formtag:option|value="P7"|Day 7}} | |||
{{#formtag:option|value="P10"|Day 10}} | |||
{{#formtag:option|value="P15"|Day 15}} | |||
{{#formtag:option|value="P27"|Day 27}} | |||
}}.----> | |||
Set the R1 moiety to {{#formtag:select|name="R1"| | |||
{{#formtag:option|value="-"|-}} | |||
{{#formtag:option|value="12:0" {{#ifeq:{{#get:R1}}|12:0|selected="yes"}}|12:0}} | |||
{{#formtag:option|value="14:0" {{#ifeq:{{#get:R1}}|14:0|selected="yes"}}|14:0}} | |||
{{#formtag:option|value="16:0" {{#ifeq:{{#get:R1}}|16:0|selected="yes"}}|16:0}} | |||
{{#formtag:option|value="16:1" {{#ifeq:{{#get:R1}}|16:1|selected="yes"}}|16:1}} | |||
{{#formtag:option|value="18:0" {{#ifeq:{{#get:R1}}|18:0|selected="yes"}}|18:0}} | |||
{{#formtag:option|value="18:1" {{#ifeq:{{#get:R1}}|18:1|selected="yes"}}|18:1}} | |||
}}. <br/>Set the R2 moiety to {{#formtag:select|name="R2"| | |||
{{#formtag:option|value="-"|-}} | |||
{{#formtag:option|value="12:0" {{#ifeq:{{#get:R2}}|12:0|selected="yes"}}|12:0}} | |||
{{#formtag:option|value="14:0" {{#ifeq:{{#get:R2}}|14:0|selected="yes"}}|14:0}} | |||
{{#formtag:option|value="16:0" {{#ifeq:{{#get:R2}}|16:0|selected="yes"}}|16:0}} | |||
{{#formtag:option|value="18:0" {{#ifeq:{{#get:R2}}|18:0|selected="yes"}}|18:0}} | |||
{{#formtag:option|value="18:1" {{#ifeq:{{#get:R2}}|18:1|selected="yes"}}|18:1}} | |||
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|} | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
{| | |||
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|- | |- | ||
| | |phosphatidyl serine | ||
| | |{{Map/Glycerophospholipid/GetValues|head=PS|R1={{#get:R1}}|R2={{#get:R2}}}} | ||
| | |} | ||
| | [[Image:LBGPS.png]]<br/>PS{{#if:{{#get:R1}}{{#get:R2}}|({{#get:R1}}/{{#get:R2}})}} | ||
|} | |} | ||
<references/> |
Latest revision as of 02:20, 1 August 2009
Biosynthesis of Glycerophospholipid
グリセロリン脂質の生合成
... central metabolite |
... other maps |
phosphatidyl glycerol phosphate |
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The Kennedy Pathway[4] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ethanolamine |
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choline
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phosphatidate[6] | O-phospho choline
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CDP-choline | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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methylation x 3 2.1.1.17[10] 3SAM 3SAH PEMT Pathway[11] |
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- ↑ 1.0 1.1 PGおよびカルジオリピン(CL)の合成酵素はミトコンドリアに局在。真核細胞ではPGとCDP-DGにより合成されるが、細菌では2分子のPGが縮合してできる。
- ↑ PI は全リン脂質の5-10%を占める。
- ↑ この酵素は小胞体膜状に存在するとされていたが、形質膜にも類似の酵素が存在する。
- ↑ ケネディ経路とはCholineからPCまでの経路。PC生成のおよそ70%を担う。Kennedy and Lehninger 179(2):957,1949 & Kennedy and Weiss 222(1):193,1956
- ↑ Phosphatidate cytidylyltransferase (EC 2.7.7.41)は真核細胞ではミクロソームとミトコンドリアの両画分に存在。
- ↑ PAはsn-グリセロール3リン酸のアシル化によりde-novo合成される。真核細胞におけるアシル基の供与体はacyl-CoAである(細菌ではacyl carrier protein)。PAはDGのリン酸化によっても生成する。
- ↑ PA phosphataseはすべての生物に存在。動物組織では膜たんぱく質と可溶性たんぱく質が存在。
- ↑ Choホスホトランスフェラーゼはミクロソームに局在する膜たんぱく質で逆反応も触媒。
- ↑ EthlAmineホスホトランスフェラーゼはミクロソームに局在する膜たんぱく質。
- ↑ 多くの細菌はこの酵素を持たないが、一部のグラム陰性菌から脊椎動物まで幅広く保存されている。脊椎動物では肝臓で発現。
- ↑ PC生成のおよそ30%はPEMT経路。この経路がないと細胞質のホモシステインは半減する。
- ↑ 動物細胞ではPSはPCおよびPEから転移酵素によって生じる。細菌や酵母ではPSはCDP-DGとセリンから合成される。どの細胞でもPSが脱炭酸してPEを生じる。