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Revision as of 03:58, 10 July 2013

Caldarchaeol

Upper classes: LB LBG LBGA

Caldarchaeol is glyceroldialkylglycerol tetraether (GDGT), i.e., two isopranyl chains of C40 are ether-attached to two glycerols at both ends. Its stereochemical configuration is usually symmetric but its regioisomer (isocaldarchaeol) coexists to some extent.

In Sulfolobus, methyl groups in the isopranyl chains may form cyclopentanes, and the number of cyclopentanes was found to increase as the growth temperature increases. The same effect was also observed in Thermoplasma [1] but not in Candidatus Nitrososphaera gargensis. [2] The existence of crenarchaeol or pH may be related with the ring synthesis.

カルドアーキオールはグリセロジアルキルグリセロール テトラエーテル(GDGT)のことで、二本のC40イソプラン鎖が両側でグリセロールにエーテル結合しています。通常は左右対称な結合様式ですが、グリセロールの向きが反転したイソ体も存在します。

イソプラン鎖のメチル基が複数の五員環を構成することが知られ、Sulfolobusでは生育温度を上げると五員環の数も増えることが知られています。同様の効果はThermoplasmaでも観測されましたが、Candidatus Nitrososphaera gargensis では観測されていません。 クレンアーキオールの存在や生育環境の pH が環の生成に関与しているのかもしれません。

  1. Shimada et al. (2008) J Bacteriol 190, 5404 PMID 18539746
  2. Pitcher A et al. (2010) ISME J 4, 542 DOI

Subtype

Caldarchaeol (GDGT) LBGAC.png

Isocaldarchaeol LBGAI.png

A geometric isomer of caldarchaeol where the alkanediols connect sn-2 and sn-2 (and sn-3 and sn-3) positions. Gräther et al. first found this regioisomer in Methanothermobacter marburgensis. It was also found in Thermoplasma acidophilum and Sulfolobus solfataricus.

片方のグリセロールがCaldarchaeolと向きの違う異性体。Gräther らがMethanothermobacter marburgensisより見つけ、Thermoplasma acidophilumSulfolobus solfataricus でも確認されました。

Arrow00r35.png LBGAC 4ring.png
Arrow00r35.png LBGAC 8ring.png
Caldarchaeol with cyclopentanes

The biosynthesis starts from the core lipid with no cyclopentane, and the number of cyclopentanes increases one by one up to eight. The composition depends on the species and their culture conditions, and we do not register the ring variations within the same species in this database.

生合成はコア構造である五員環の無いタイプから、1つずつ環を増やして 8 個含むものまでが存在します。それらの組成は生物種や培養条件にも依存するので、このデータベースでは五員環数のバリエーションを個別に登録していません。

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