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Latest revision as of 07:35, 18 July 2013

Crenarchaeol, Calditocaldarchaeol, H-shaped etc.

Upper classes: LB LBG LBGA

This category includes irregular caldarchaeols such as crenarchaeol, calditocaldarchaeol, and H-shaped caldarchaeol.

このカテゴリーにはカルドアーキオールのうち、変則的な形を持つものが入っています。

SubType

Calditocaldarchaeol
EEL3007.png

Thermoacidophilic archaea in the order Sulfolobales have caldoarchaeols ether-linked with calditol as its major membrane lipid. The caldoarchaeol core may have multiple five-membered rings in its isoprenyl chains, whose number correlates with the growth temperature. The ring number can be detected by mass spectrometry[1]

強酸性高温下で生育するSulfolobales目に属する菌はカルドアーキオールの片側にカルジトールがエーテル結合した骨格を主要な膜脂質としています。カルドアーキオール骨格は温度に応じて複数の5員環構造を作り、その数を質量分析計で同定する方法も知られています。

Crenarchaeol
EEL0251.png

Crenarchaeol is a glycerol dialkyl glycerol tetraether (GDGT) with a unique cyclohexane moiety. It is used as a biomarker for ammonia-oxidizing archaea (AOA) such as Nitrosopumilus maritimus and 'Candidatus Nitrosocaldus yellowstonii'. It is abundant in tropical ocean water and certain soils including marine sediments.

クレンアーキオールは変わったシクロヘキサン骨格を持つGDGTで、Nitrosopumilus maritimus や 'Candidatus Nitrosocaldus yellowstonii' のようなアンモニア酸化アーキアに特徴的(バイオマーカー)と考えられています。

海水や地底に多く存在しています。

Trialkyl caldarchaeol
LBGADB0N04.png

Trialkyl type is considered a precursor of caldarchaeol, before forming a C-C bond between the isopranyl chains of two archaeols. It is observed in only several species and its biosynthesis is still unclear.

トリアルキル型はカルドアーキオールの前駆体、二分子のアーキオールの間で C-C 結合が完成する前の状態、と考えられています。しかし限られた菌でしか見つかっておらず、具体的な生合成経路はわかっていません。

H-shaped caldarchaeol
EEL0141.png

H-shaped type is found in hyperthermophils such as Methanothermus fervidus(85 C), Pyrococcus horikoshii (95 C), and Thermococcus waiotapuensis (85 C). The bridging is considered to strengthen membrane stability.

H型はMethanothermus fervidus(85 C), Pyrococcus horikoshii (95 C), and Thermococcus waiotapuensis (85 C)などの超高熱菌に見つかっています。H型の架橋は膜構造の強度を増すためと考えられています。

  1. Murae T et al.(2002) J Mass Spectrom 37(2):209 PMID 11857765

List

Showing below 11 results of search LBGAD.

  1. LBGADB0N01:   calditocaldarchaeol  dibiphytanylglycerol-calditoltetraether  calditoglycero-caldarchaeol  calditoglycerocaldarchaeol  GDNT  
  2. LBGADB0N02:   H-shaped caldarchaeol  
  3. LBGADB0N03:   crenarchaeol  
  4. LBGADB0N04:   trialkylcaldarchaeol  caldarchaeol (trialkyl-type)  
  5. LBGADG0N01:   trialkylcaldarchaetidylglycerol  trialkylcaldarchaetidyl-glycerol  caldarchaetidylglycerol (trialkyl-type)  caldarchaetidyl-glycerol (trialkyl-type)  
  6. LBGADI1N01:   trialkylcaldarchaetidyl-myo-inositol  
  7. LBGADI2G01:   glucopyranosyl-β-calditocaldarchaetidyl-myo-inositol  
  8. LBGADI2N01:   myo-inositolphosphoric-trialkylcaldarchaetidyl-myo-inositol  
  9. LBGADI2S01:   HSO3-glucopyranosyl-β-calditocaldarchaetidyl-myo-inositol  
  10. LBGADN1G01:   glucopyranosyl-β-calditocaldarchaeol  
  11. LBGADN1S01:   HSO3-glucopyranosyl-β-calditocaldarchaeol  

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