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==Class Overview==
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===Sphingosine & Ceramide===
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Sphingosine is synthesized from decarboxylating condensation of palmitoyl CoA with serine.  It is a 18-carbon amino alcohol (16 carbons from palmitic acid and 2 from serine) with one unsaturated bond (2-amino-4-octadecene-1,3-diol).  Sphingosine is further acylated to form ceramide, an important component of cell membranes.
Sphingosine is synthesized from decarboxylating condensation of palmitoyl CoA with serine.  It is a 18-carbon amino alcohol (16 carbons from palmitic acid and 2 from serine) with one unsaturated bond (2-amino-4-octadecene-1,3-diol).  Sphingosine is further acylated to form ceramide, an important component of cell membranes.
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The Sphingolipid category (LBS) includes glycosphingolipid, phosphosphingolipid, and ceramide.
The Sphingolipid category (LBS) in this database includes glycosphingolipid, phosphosphingolipid, and ceramide.
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スフィンゴシンはパルミトイルCoAがアミノ酸セリンと脱炭酸縮合して生成します。炭素を18個含むアミノアルコール(16個がパルミチン酸、2個がセリン由来)で不飽和結合を1つ含んでいます (2-amino-4-octadecene-1,3-diol)。
スフィンゴシンはパルミトイルCoAがアミノ酸セリンと脱炭酸縮合して生成します。炭素を18個含むアミノアルコール(16個がパルミチン酸、2個がセリン由来)で不飽和結合を1つ含んでいます (2-amino-4-octadecene-1,3-diol)。
スフィンゴシンがアシル化したものが、細胞膜の重要な成分であるセラミドです。
スフィンゴシンがアシル化したものが、細胞膜の重要な成分であるセラミドです。
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スフィンゴ脂質カテゴリー (LBS)には、スフィンゴ糖脂質 (glycosphingolipid)、スフィンゴリン脂質 (phosphosphingolipid) 、セラミド (ceramide)が含まれています。
このデータベースにおけるスフィンゴ脂質カテゴリー (LBS) には、スフィンゴ糖脂質 (glycosphingolipid)、スフィンゴリン脂質 (phosphosphingolipid) 、セラミド (ceramide) が含まれています。
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===Common Abbreviations <small>よく使う略称</small>===
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| Cer || Ceramides  || セラミド
Cer && ceramides && セラミド
|-
Sph && sphingosine && スフィンゴシン
| Sph || Sphingosine || スフィンゴシン
Glc && glucose && グルコース
Gal && galactose && ガラクトース
GlcNAc && ''N''-acetyl-glucosamine && ''N''-アセチルグルコサミン
GalNAc && ''N''-acetyl-galactosamine && ''N''-アセチルガラクトサミン
GlcN && glucosamine && グルコサミン
GalN && galactosamine && ガラクトサミン
GlcA && glucuronic acid && グルクロン酸
GalN && galacturonic acid && ガラクツロン酸
Man && mannose && マンノース
Rha && rhamnose (= 6-deoxy-mannose) && ラムノース (6-デオキシマンノース)
Ins && inositol && イノシトール
Fuc && fucose (= 6-deoxy-galactose) && フコース (6-デオキシガラクトース)
Ara && arabinose && アラビノース
Xyl && xylose && キシロース
NeuAc && ''N''-acetyl-neuraminic acid && ''N''-アセチルノイラミン酸
NeuGc && ''N''-glycolyl-neuraminic acid && ''N''-グリコリルノイラミン酸
NeuNH && (deacetyl) neuraminic acid (pyruvate + mannosamine) && ノイラミン酸　(ピルビン酸＋マンノサミン)
KDN && 2-keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nononic acid && KDN
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Revision as of 16:52, 25 February 2011

Sphingolipid

Class Overview

Sphingosine & Ceramide

Sphingosine is synthesized from decarboxylating condensation of palmitoyl CoA with serine. It is a 18-carbon amino alcohol (16 carbons from palmitic acid and 2 from serine) with one unsaturated bond (2-amino-4-octadecene-1,3-diol). Sphingosine is further acylated to form ceramide, an important component of cell membranes.
The Sphingolipid category (LBS) in this database includes glycosphingolipid, phosphosphingolipid, and ceramide.

スフィンゴシンはパルミトイルCoAがアミノ酸セリンと脱炭酸縮合して生成します。炭素を18個含むアミノアルコール(16個がパルミチン酸、2個がセリン由来)で不飽和結合を1つ含んでいます (2-amino-4-octadecene-1,3-diol)。 スフィンゴシンがアシル化したものが、細胞膜の重要な成分であるセラミドです。
このデータベースにおけるスフィンゴ脂質カテゴリー (LBS) には、スフィンゴ糖脂質 (glycosphingolipid)、スフィンゴリン脂質 (phosphosphingolipid) 、セラミド (ceramide) が含まれています。

Abbreviations

Cer LBS-Monomer-Cer.png ceramides セラミド
Sph LBS-Monomer-Sph.png sphingosine スフィンゴシン
Glc LBS-Monomer-Glc.png glucose グルコース
Gal LBS-Monomer-Gal.png galactose ガラクトース
GlcNAc LBS-Monomer-GlcNAc.png N-acetyl-glucosamine N-アセチルグルコサミン
GalNAc LBS-Monomer-GalNAc.png N-acetyl-galactosamine N-アセチルガラクトサミン
GlcN LBS-Monomer-GlcN.png glucosamine グルコサミン
GalN LBS-Monomer-GalN.png galactosamine ガラクトサミン
GlcA LBS-Monomer-GlcA.png glucuronic acid グルクロン酸
GalN LBS-Monomer-GalN.png galacturonic acid ガラクツロン酸
Man LBS-Monomer-Man.png mannose マンノース
Rha LBS-Monomer-Rha.png rhamnose (= 6-deoxy-mannose) ラムノース (6-デオキシマンノース)
Ins LBS-Monomer-Ins.png inositol イノシトール
Fuc LBS-Monomer-Fuc.png fucose (= 6-deoxy-galactose) フコース (6-デオキシガラクトース)
Ara LBS-Monomer-Ara.png arabinose アラビノース
Xyl LBS-Monomer-Xyl.png xylose キシロース
NeuAc LBS-Monomer-NeuAc.png N-acetyl-neuraminic acid N-アセチルノイラミン酸
NeuGc LBS-Monomer-NeuGc.png N-glycolyl-neuraminic acid N-グリコリルノイラミン酸
NeuNH LBS-Monomer-NeuNH.png (deacetyl) neuraminic acid (pyruvate + mannosamine) ノイラミン酸　(ピルビン酸＋マンノサミン)
KDN LBS-Monomer-KDN.png 2-keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nononic acid KDN


Design of Sphingolipid Identifiers ID番号の設計

25-DIGIT(5+9+9+2)

L B S a a : x1 x1 y1 z1 z1 w1 w1 c1 c1 : x2 x2 y2 z2 z2 w2 w2 c2 c2

  • a ... the number of attached sugars　(glycosphingolipid) or the code of phosphorylation (PP: phosphosphingolipid)
  • x1 ... carbon chain length (sphingoid base)
  • y1 ... degree of unsaturation (sphingoid base)
  • z1 ... position of n－z (n minus z; also ω－z or omega-z) nomenclature (sphingoid base)
  • w1 ... structure type (sphingoid base)
  • c1 ... serial number (sphingoid base)
  • x2 ... carbon chain length (acyl chain)
  • y2 ... degree of unsaturation (acyl chain)
  • z2 ... position of n－z (n minus z; also ω－z or omega-z) nomenclature (acyl chain)
  • w2 ... structure type (acyl chain)
  • c2 ... serial number (acyl chain)

  • a ... 修飾する糖の個数 (glycosphingolipid) もしくはリン酸化修飾を示す記号 (PP: phosphosphingolipid)
  • x1 ... 炭素鎖長 (スフィンゴイド塩基)
  • y1 ... 不飽和度 (スフィンゴイド塩基)
  • z1 ... n－z (またはω－zやomega-z)　における数 (スフィンゴイド塩基)
  • w1 ... 骨格のタイプ (スフィンゴイド塩基)
  • c1 ... 通し番号 (スフィンゴイド塩基)
  • x2 ... 炭素鎖長 (アシル基)
  • y2 ... 不飽和度 (アシル基)
  • z2 ... n－z (またはω－zやomega-z)　における数(脂肪酸)
  • w2 ... 骨格のタイプ (アシル基)
  • c2 ... 通し番号 (アシル基)


Classification

By the Number of Sugars 糖の個数

For glycosphingolipid, 2 digits following LBS stand for the number of attached sugars. For phosphosphingolipid, the code of phosphorylation, PP.

スフィンゴ糖脂質は結合している糖の総数をLBSに続く2桁の数字で、スフィンゴリン脂質は数字の代わりにリン酸化修飾を示す記号PPで分類しています。

Sphingolipid Overview

Glycosphingolipid
スフィンゴ糖脂質: LBSnn
LBSnn.png

Phosphosphingolipid
スフィンゴリン脂質: LBSPP
LBSPP.png

Table 1. Classification by the Number of Sugars
 
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Polysaccharide Chain

Table 1. Glycosphingolipids and Phosphosphingolipids

Glycosphingolipids (Abbr. R = Galβ1-4Glcβ1-Cer)

Ganglio [Gg] (??)
GalNAcβ1-4R 		Lacto [Lc] (??)
GlcNAcβ1-3R 		Globo [Gb] (??)
Galα1-4R 		Root [R] (??)
derivatives of R
3rd saccharide
3rd saccharide
Lacto? GlcNAcβ1-3 R
Lacto Galβ1-3GlcNAcβ1-3 R
Neolacto Galβ1-4GlcNAcβ1-3 R
3rd saccharide
[Galα1-3]n Galα1-4 R
Galβ1-3GalNAcβ1-3 Galα1-4 R
GlcNAcβ1-6GalNAcβ1-3 Galα1-4 R
GalNAcβ1-3 Galα1-4 R
structure
hemato SAs (GM3,GD3,GT3)
Isoganglio [IG] (??)
GalNAcβ1-3R 		Lacto with β1-6 [L6] (??)
GlcNAcβ1-6R 		Isoglobo [IB] (??)
Galα1-3R

Lactoganglio [LG]

GalNAcβ1-4
GlcNAcβ1-3

R
Isogloboganglio [BG]

GalNAcβ1-4
Galα1-3

R
Table 1. Glycosphingolipids and Phosphosphingolipids

Glycosphingolipids without ROOT

Glc-Cer (??)
Glcβ1-Cer 		Gal-Cer (??)
Galβ1-Cer
2nd saccharide
Glc-Cer Glcβ1-Cer
Arthro GlcNAcβ1-3Manβ1-4Glcβ1-Cer
Mollu Manα1-3Manβ1-4Glcβ1-Cer
Muco Galβ1-4Galβ1-4Glcβ1-Cer
2nd saccharide
Gala Galα1-4(6)Galβ1-Cer
??? Galβ1-4(6)Galβ1-Cer
Spirometo Galβ1-4Glcβ1-3Galβ1-Cer
NeuAcα2-3Galβ1-Cer
Phospho (??)
Ino-P-Cer 		Others (??)
2nd saccharide
2nd saccharide

Subcategories

This category has the following 4 subcategories, out of 4 total.

L

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