Lipidbank wiki:Status2v1.39: Difference between revisions

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  <nowiki>e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}</nowiki>
  <nowiki>e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}</nowiki>
==要チェック==
# Template:Archaea
# Template:AuthorSummary
# Template:AuthorSummary/RefLink
# Template:AuthorSummary/affiliation
# Template:Bilingual
# Template:CheckAuthorExistence
# Template:CheckCountryLine
# Template:CheckRefExistence
# Template:ClassMatrix
# Template:ClassMatrix/CreateHeader
# Template:ClassMatrix/CreateRows
# Template:ClassifiedTable
# Template:CountryTable
# Template:Cutirubrum2Salinarum
# Template:DOI
# Template:EditButton
# Template:EditButton/CheckList
# Template:Element
# Template:Element/Isotope
# Template:Extension
# Template:FL digit56
# Template:FL digit56/Item
# Template:FL digit56with78
# Template:FL digit78
# Template:Font/Huge
# Template:Font/Large
# Template:GetIcon
# Template:GetMetaboliteID
# Template:Glycolipid
# Template:Glycolipid/OldLBLink
# Template:GlyphEditor
# Template:Hierarchy
# Template:Hierarchy/Item
# Template:Huge
# Template:Image200
# Template:IncorrectReference
# Template:Index/author
# Template:Index/formula
# Template:Index/mass
# Template:Index/name
# Template:Index/persist
# Template:IndexTable
# Template:IndexTable/IDitem
# Template:InternalMolLink
# Template:InternalMolLink/LBS
# Template:InternalMolLink/LBStitle
# Template:InternalMolLink2
# Template:InternalRefLink
# Template:InternalRefLinkJAS
# Template:JAS/AllMutation
# Template:JAS/Error/NonJapanese
# Template:JAS/GeneList/LinkPage
# Template:JAS/GeneList/Row
# Template:JAS/MutationStat
# Template:JAS/MutationTable
# Template:JAS/MutationTable/Row2
# Template:JAS/MutationTable/Row3
# Template:JASReference
# Template:JCBL/Header
# Template:LB/Header
# Template:LBFA digit910Table/Row
# Template:LBF digit910Table
# Template:LBF digit910Table/Row
# Template:LBGAC/Table
# Template:LBGPC
# Template:LBS/6HCer
# Template:LBS/6HSph
# Template:LBS/AbbrevRow
# Template:LBS/AbbrevTable/Row
# Template:LBS/Cer
# Template:LBS/DHCer
# Template:LBS/DHSph
# Template:LBS/FormatSugar
# Template:LBS/PhytoCer
# Template:LBS/PhytoSph
# Template:LBS/Sph
# Template:LambdaTest
# Template:Large
# Template:LinkCategoryPage
# Template:Lipid/Footer
# Template:Lipid/Header
# Template:ListAllChains
# Template:ListItem
# Template:ListMainchain
# Template:ListMol
# Template:ListMol2
# Template:ListPage
# Template:ListPage/Link
# Template:ListRefOfID
# Template:List Country
# Template:List Country/CountAuthor
# Template:List Country/inst rank
# Template:List Country/rank
# Template:List Country/sub
# Template:List Country/sub2
# Template:List Description
# Template:List Description/Body
# Template:List Description/SetAnchor
# Template:List Image
# Template:List Image/Body
# Template:List Image/NameList
# Template:List Links
# Template:List Links/Body
# Template:List Usage
# Template:List Usage/Body
# Template:List item
# Template:Map/Ether phospholipid
# Template:Map/Glycerophospholipid
# Template:Map/Glycerophospholipid/Expression
# Template:Map/Glycerophospholipid/GetValues
# Template:Map/Instruction
# Template:Map/MetaboliteSink
# Template:Map/MetaboliteSource
# Template:Map/Phospholipid degradation
# Template:Map/Reaction/Down
# Template:Map/ReactionDown
# Template:Map/ReactionDown35
# Template:Map/ReactionDown35inout
# Template:Map/ReactionDownFromLeft
# Template:Map/ReactionDownFromRight
# Template:Map/ReactionLeft
# Template:Map/ReactionLeftDown
# Template:Map/ReactionLeftDown2
# Template:Map/ReactionLeftRight
# Template:Map/ReactionLongLeft
# Template:Map/ReactionLongRight
# Template:Map/ReactionRight
# Template:Map/ReactionRightDown
# Template:Map/ReactionUp
# Template:Map/ReactionUpDown
# Template:Map/Sphingolipid
# Template:MassbankSpectra
# Template:MassbankSpectrum
# Template:Matrix/Row5
# Template:Metabolite
# Template:Metabolite/Item
# Template:Metabolite/NameList
# Template:Metabolite/SpeciesLink
# Template:Metabolite/SpeciesList
# Template:MethodInfo
# Template:Methods/Table/List2
# Template:NameFormat
# Template:NextLetter
# Template:NoticePastConference
# Template:PMID
# Template:PaperInfo
# Template:Percent2Color
# Template:PersistTest
# Template:PersistTest2
# Template:PrevLetter
# Template:Reference
# Template:Reference/AuthorLink
# Template:Reference/Link
# Template:Reference/PreTable
# Template:Reference/RefAbbrev
# Template:Reference/Table
# Template:ReferencePDF
# Template:RelationTable
# Template:RelationTable/GetFirstAuthor
# Template:RelationTable/GetNames
# Template:RelationTable2
# Template:RepeatSearchTitle
# Template:Sci Class
# Template:Search/Checkbox
# Template:Search/Item
# Template:SearchLink
# Template:SearchLink/Main
# Template:SearchLink/Reference
# Template:SearchTitle
# Template:ShowField/Item
# Template:SpeciesMetaboliteRow
# Template:StructureItem
# Template:TableRow10
# Template:TableRow3
# Template:TableRow3/Country
# Template:TableRow6
# Template:TableRow6/author
# Template:TableRow6/authorSub
# Template:Taguchi/Header
# Template:Taguchi/LinkItem
# Template:Taguchi/LinkItems
# Template:Taguchi/Summary/Row
# Template:Taguchi/Table/Row2
# Template:Taguchi/Table/Row3
# Template:Taguchi/Table/Row4
# Template:Taguchi/Table/Row5
# Template:Toyama/HeatMatrixCell
# Template:Toyama/HeatMatrixRow
# Template:Toyama/Matrix
# Template:Toyama/Matrix/Row
# Template:TreeClass/ListSpecies
# Template:Twocolumn
# Template:WrittenBy

Revision as of 01:47, 31 January 2023

動作していないがリストにないページや、対応済みとなっているが表示や動作がおかしいページがあれば、「mediawiki ver1.39への対応状況」やテーブルの「コメント」欄に追記してください。

wikiの書き方に慣れていなければ、この下の「コメント（自由記述）」に追記してください。

コメント(自由記述)

mediawiki ver1.39への対応状況

  • 2023/01/30 全Cateogryの修正が完了(Suwa)
  • 2023/01/26 Cateogry:LBGAを修正(Suwa)
  • 2023/01/25 このページを作成(Suwa)

対応状況

  • 現在、31/46(うち1件保留)が完了。
  • テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。
番号 ページ 対応 対応内容 コメント
1 Category:LBS/Search 2023/01/25対応 ・HTMLForm extensionをv1.39に対応
・javascriptが動くよう修正
・Volatile機能をHTMLFormだけで実現
・luaがmediawikiにバンドルされたので、そのluaで動くよう修正
・Persistは動かないので、AllChainsへのページリンクだけ表示
・Template:LBS/FormatSugarのluaをModule:LBSに移して使用(Template:LBS/FormatSugarは不要)
・defTempが使えないため、Template:GetIconを追加・「Search from Structure」のリンク先(Volatile:ListMol/LBS)にてアイコンが表示されていない問題は未対応
・Search from Structureで「<sub>」がそのまま表示されている。
(追加)Module:LBS, Template:GetIcon
(廃止)Template:LBS/FormatSugar		 (1のコメントはここに記述)
2 Category:LBA 不要 Category:LBGAへのリダイレクトのため (2のコメントはここに記述)
3 Category:LBS 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBSにFomatSugar()として移動
・volatileの修正
・volatileの機能修正により、引数をencodeが不要に		 (3のコメントはここに記述)
4 Category:LBGAD 2023/01/30対応 ・Template:ListMolを修正
・Template:FormatNameのluaをModule:Commonに移動
(追加)Module:Common		 (4のコメントはここに記述)
5 Category:LBGAC 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBGAにGroupTable()として移動 (5のコメントはここに記述)
6 Category:LBGA 2023/01/26対応 ・luaプログラムをModule:LBGAに切り分け
・「Species-Structure Relationship」テーブルのリンク先(Volatile:ListMolByReference)は未対応
(追加)Module:LBGA		 (6のコメントはここに記述)
7 Category:LBGAA 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (7のコメントはここに記述)
8 Category:LBG 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正
・Template:MapLinkを修正		 (8のコメントはここに記述)
9 Category:LBF 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (9のコメントはここに記述)
10 Volatile:AuthorSummary 2023/01/30対応
(グラフのみ保留)		 ・luaをModule:AuthorSummaryへ移動
・グラフ表示はどう対応するか検討
(追加)Module:AuthorSummary		 (10のコメントはここに記述)
11 Volatile:ClassMatrix 2023/01/30対応 ・luaをModule:ClassMatrixへ移動
・Template:ClassMatrix/CreateRowのvolatileの表記を修正
(追加)Module:ClassMatrix		 (11のコメントはここに記述)
12 Volatile:JAS/Genes (12のコメントはここに記述)
13 Volatile:ListField 2023/01/30対応
動作未確認		 ・luaをModule/ListFieldに移動
・volatileの表記を修正
(ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)
(追加)Module:ListField		 (13のコメントはここに記述)
14 Volatile:ListMol/LBS 2023/01/30対応 ・{{{1}}}を{{#get:1}}に変更
・アイコン画像が表示されるよう対応予定		 (14のコメントはここに記述)
15 Volatile:ListMol/LBStitle 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (15のコメントはここに記述)
16 Volatile:ListMolByField 2023/01/30対応
動作未確認		 ・volatileの表記を修正
(ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)		 (16のコメントはここに記述)
17 Volatile:ListMolByReference 2023/01/30対応 ・luaをModule:CommonにListMolByReference()として移動 (17のコメントはここに記述)
18 Volatile:ListPage 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (18のコメントはここに記述)
19 Volatile:ListRef 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (19のコメントはここに記述)
20 Volatile:ListRefOfID (20のコメントはここに記述)
21 Volatile:ListStructures 不要 (21のコメントはここに記述)
22 Volatile:ShowField 2023/01/30対応 ・他の修正に連動して完了 (22のコメントはここに記述)
23 Volatile:StructureSearch 2023/01/30対応
動作未確認		 ・volatileの表記を修正 (23のコメントはここに記述)
24 Volatile:VolatileTest 不要 (24のコメントはここに記述)
25 MediaWiki:AdvancedLBSSearch.js (25のコメントはここに記述)
26 MediaWiki:CalculateMass.js (26のコメントはここに記述)
27 MediaWiki:Common.css 2023/01/25対応 ・volatileリンクの見た目のスタイルを追加 (27のコメントはここに記述)
28 MediaWiki:Common.js 2023/01/25対応 ・現在の構成で動作するよう修正 (28のコメントはここに記述)
29 MediaWiki:GlycosphingolipidMassCalculator.js 2023/01/25対応 ・クラス化して、現在の構成で動作するよう修正 (29のコメントはここに記述)
30 MediaWiki:GlyphEditor.js (30のコメントはここに記述)
31 MediaWiki:GoogleAPI.js (31のコメントはここに記述)
32 MediaWiki:JBrowse.js (32のコメントはここに記述)
33 MediaWiki:LBSSearch.js 2023/01/25対応 ・クラス化して、現在の構成で動くよう修正 (33のコメントはここに記述)
34 MediaWiki:Lipoquality.js (34のコメントはここに記述)
35 MediaWiki:LipoqualityChart.js (35のコメントはここに記述)
36 MediaWiki:LipoqualityCommon.js (36のコメントはここに記述)
37 MediaWiki:LipoqualityGet.js (37のコメントはここに記述)
38 MediaWiki:LipoqualitySearch.js (38のコメントはここに記述)
39 MediaWiki:PathwayEditor.js (39のコメントはここに記述)
40 MediaWiki:PathwayEditorHandler.js (40のコメントはここに記述)
41 Template:MapLink 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (41のコメントはここに記述)
42 Template:LBGA/GroupTable 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBGAへ移動 (42のコメントはここに記述)
43 Template:Glycolipid/distribution 2023/01/30対応 ・defTempが使えないため、Template:GetIconを作成
(追加)Template:GetIcon		 (43のコメントはここに記述)
44 Template:FormatName 2023/01/30対応 ・luaをModule:Commonに移動 (44のコメントはここに記述)
45 Template:ClassMatrix/CreateRow 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (45のコメントはここに記述)
46 Template:JournalTitle/TableRow3 (46のコメントはここに記述)

開発用メモ

  • volatileは以下のように記述方法を変更

- リンク元での書き方 

[[volatile:volatileページ|引数群|リンク表示名}}
↓
{{#volatile:volatileページ|リンク表示名|引数1|引数2|...|引数N}}

e.g. {{#volatile:ListMol/LBS|Blood group A|Structure=GalNAca1-3\(Fuca1-2\)Galb1-3GlcNAcb1-3}}

- リンク先での書き方 

{{{1}}}
↓
{{#get:1}}
  • luaについて

- luaがmediawikiにバンドルされたので、すぐに使える状態になっている。

- スクリプトはModule名前空間に記述する

- Module名前空間のコンテンツモデルを「Scribunto」に変更する必要がある。

- 基本構文は以下の通り(一番目の引数を返すだけの関数) 

local getArgs = require('Module:Arguments').getArgs; -- 引数を受け取るための機能呼び出し
local defArgs = require('Module:Arguments').defaultArgs; -- 引数のnil確認からデフォルト引数の処理を行う
local lbs = {}; -- lbsとしているが、この名前は何でも良い。

function lbs.FormatSugar( frame ) -- 関数を定義
 local args = defArgs(getArgs(frame), 1, ""); -- 引数を取得(defArgs(getArgs(frame), 必要な引数の個数, 引数1のデフォルト値, 引数2のデフォルト値, ...,  引数Nのデフォルト値)

  return args[1] -- 出力したい文字列を返す
end

return lbs; -- 関数定義したモジュールを返す

- 呼び出し方は以下の通り 

{{#invoke:Module名前空間のページ|関数名|引数1|引数2|...|引数3}}

e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}

要チェック

  1. Template:Archaea
  2. Template:AuthorSummary
  3. Template:AuthorSummary/RefLink
  4. Template:AuthorSummary/affiliation
  5. Template:Bilingual
  6. Template:CheckAuthorExistence
  7. Template:CheckCountryLine
  8. Template:CheckRefExistence
  9. Template:ClassMatrix
  10. Template:ClassMatrix/CreateHeader
  11. Template:ClassMatrix/CreateRows
  12. Template:ClassifiedTable
  13. Template:CountryTable
  14. Template:Cutirubrum2Salinarum
  15. Template:DOI
  16. Template:EditButton
  17. Template:EditButton/CheckList
  18. Template:Element
  19. Template:Element/Isotope
  20. Template:Extension
  21. Template:FL digit56
  22. Template:FL digit56/Item
  23. Template:FL digit56with78
  24. Template:FL digit78
  25. Template:Font/Huge
  26. Template:Font/Large
  27. Template:GetIcon
  28. Template:GetMetaboliteID
  29. Template:Glycolipid
  30. Template:Glycolipid/OldLBLink
  31. Template:GlyphEditor
  32. Template:Hierarchy
  33. Template:Hierarchy/Item
  34. Template:Huge
  35. Template:Image200
  36. Template:IncorrectReference
  37. Template:Index/author
  38. Template:Index/formula
  39. Template:Index/mass
  40. Template:Index/name
  41. Template:Index/persist
  42. Template:IndexTable
  43. Template:IndexTable/IDitem
  44. Template:InternalMolLink
  45. Template:InternalMolLink/LBS
  46. Template:InternalMolLink/LBStitle
  47. Template:InternalMolLink2
  48. Template:InternalRefLink
  49. Template:InternalRefLinkJAS
  50. Template:JAS/AllMutation
  51. Template:JAS/Error/NonJapanese
  52. Template:JAS/GeneList/LinkPage
  53. Template:JAS/GeneList/Row
  54. Template:JAS/MutationStat
  55. Template:JAS/MutationTable
  56. Template:JAS/MutationTable/Row2
  57. Template:JAS/MutationTable/Row3
  58. Template:JASReference
  59. Template:JCBL/Header
  60. Template:LB/Header
  61. Template:LBFA digit910Table/Row
  62. Template:LBF digit910Table
  63. Template:LBF digit910Table/Row
  64. Template:LBGAC/Table
  65. Template:LBGPC
  66. Template:LBS/6HCer
  67. Template:LBS/6HSph
  68. Template:LBS/AbbrevRow
  69. Template:LBS/AbbrevTable/Row
  70. Template:LBS/Cer
  71. Template:LBS/DHCer
  72. Template:LBS/DHSph
  73. Template:LBS/FormatSugar
  74. Template:LBS/PhytoCer
  75. Template:LBS/PhytoSph
  76. Template:LBS/Sph
  77. Template:LambdaTest
  78. Template:Large
  79. Template:LinkCategoryPage
  80. Template:Lipid/Footer
  81. Template:Lipid/Header
  82. Template:ListAllChains
  83. Template:ListItem
  84. Template:ListMainchain
  85. Template:ListMol
  86. Template:ListMol2
  87. Template:ListPage
  88. Template:ListPage/Link
  89. Template:ListRefOfID
  90. Template:List Country
  91. Template:List Country/CountAuthor
  92. Template:List Country/inst rank
  93. Template:List Country/rank
  94. Template:List Country/sub
  95. Template:List Country/sub2
  96. Template:List Description
  97. Template:List Description/Body
  98. Template:List Description/SetAnchor
  99. Template:List Image
  100. Template:List Image/Body
  101. Template:List Image/NameList
  102. Template:List Links
  103. Template:List Links/Body
  104. Template:List Usage
  105. Template:List Usage/Body
  106. Template:List item
  107. Template:Map/Ether phospholipid
  108. Template:Map/Glycerophospholipid
  109. Template:Map/Glycerophospholipid/Expression
  110. Template:Map/Glycerophospholipid/GetValues
  111. Template:Map/Instruction
  112. Template:Map/MetaboliteSink
  113. Template:Map/MetaboliteSource
  114. Template:Map/Phospholipid degradation
  115. Template:Map/Reaction/Down
  116. Template:Map/ReactionDown
  117. Template:Map/ReactionDown35
  118. Template:Map/ReactionDown35inout
  119. Template:Map/ReactionDownFromLeft
  120. Template:Map/ReactionDownFromRight
  121. Template:Map/ReactionLeft
  122. Template:Map/ReactionLeftDown
  123. Template:Map/ReactionLeftDown2
  124. Template:Map/ReactionLeftRight
  125. Template:Map/ReactionLongLeft
  126. Template:Map/ReactionLongRight
  127. Template:Map/ReactionRight
  128. Template:Map/ReactionRightDown
  129. Template:Map/ReactionUp
  130. Template:Map/ReactionUpDown
  131. Template:Map/Sphingolipid
  132. Template:MassbankSpectra
  133. Template:MassbankSpectrum
  134. Template:Matrix/Row5
  135. Template:Metabolite
  136. Template:Metabolite/Item
  137. Template:Metabolite/NameList
  138. Template:Metabolite/SpeciesLink
  139. Template:Metabolite/SpeciesList
  140. Template:MethodInfo
  141. Template:Methods/Table/List2
  142. Template:NameFormat
  143. Template:NextLetter
  144. Template:NoticePastConference
  145. Template:PMID
  146. Template:PaperInfo
  147. Template:Percent2Color
  148. Template:PersistTest
  149. Template:PersistTest2
  150. Template:PrevLetter
  151. Template:Reference
  152. Template:Reference/AuthorLink
  153. Template:Reference/Link
  154. Template:Reference/PreTable
  155. Template:Reference/RefAbbrev
  156. Template:Reference/Table
  157. Template:ReferencePDF
  158. Template:RelationTable
  159. Template:RelationTable/GetFirstAuthor
  160. Template:RelationTable/GetNames
  161. Template:RelationTable2
  162. Template:RepeatSearchTitle
  163. Template:Sci Class
  164. Template:Search/Checkbox
  165. Template:Search/Item
  166. Template:SearchLink
  167. Template:SearchLink/Main
  168. Template:SearchLink/Reference
  169. Template:SearchTitle
  170. Template:ShowField/Item
  171. Template:SpeciesMetaboliteRow
  172. Template:StructureItem
  173. Template:TableRow10
  174. Template:TableRow3
  175. Template:TableRow3/Country
  176. Template:TableRow6
  177. Template:TableRow6/author
  178. Template:TableRow6/authorSub
  179. Template:Taguchi/Header
  180. Template:Taguchi/LinkItem
  181. Template:Taguchi/LinkItems
  182. Template:Taguchi/Summary/Row
  183. Template:Taguchi/Table/Row2
  184. Template:Taguchi/Table/Row3
  185. Template:Taguchi/Table/Row4
  186. Template:Taguchi/Table/Row5
  187. Template:Toyama/HeatMatrixCell
  188. Template:Toyama/HeatMatrixRow
  189. Template:Toyama/Matrix
  190. Template:Toyama/Matrix/Row
  191. Template:TreeClass/ListSpecies
  192. Template:Twocolumn
  193. Template:WrittenBy
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