Lipidbank wiki:Status2v1.39: Difference between revisions

Revision as of 02:38, 31 January 2023

動作していないがリストにないページや、対応済みとなっているが表示や動作がおかしいページがあれば、「mediawiki ver1.39への対応状況」やテーブルの「コメント」欄に追記してください。

wikiの書き方に慣れていなければ、この下の「コメント（自由記述）」に追記してください。

コメント(自由記述)

mediawiki ver1.39への対応状況

2023/01/31 要チェックリストを追加(Suwa)、Category:LBGAを再修正(Suwa)、全Volatileの修正が完了(Suwa)
2023/01/30 全Cateogryの修正が完了(Suwa)
2023/01/26 Cateogry:LBGAを修正(Suwa)
2023/01/25 このページを作成(Suwa)

対応状況

現在、35/48(うち1件保留)が完了。
テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。

番号	ページ	対応	対応内容	コメント
1	Category:LBS/Search	2023/01/25対応	・HTMLForm extensionをv1.39に対応・javascriptが動くよう修正・Volatile機能をHTMLFormだけで実現・luaがmediawikiにバンドルされたので、そのluaで動くよう修正・Persistは動かないので、AllChainsへのページリンクだけ表示・Template:LBS/FormatSugarのluaをModule:LBSに移して使用(Template:LBS/FormatSugarは不要) ・defTempが使えないため、Template:GetIconを追加・「Search from Structure」のリンク先(Volatile:ListMol/LBS)にてアイコンが表示されていない問題は未対応・Search from Structureで「<sub>」がそのまま表示されている。 (追加)Module:LBS, Template:GetIcon (廃止)Template:LBS/FormatSugar	(1のコメントはここに記述)
2	Category:LBA	不要	Category:LBGAへのリダイレクトのため	(2のコメントはここに記述)
3	Category:LBS	2023/01/30対応	・luaをModule:LBSにFomatSugar()として移動・volatileの修正・volatileの機能修正により、引数をencodeが不要に	(3のコメントはここに記述)
4	Category:LBGAD	2023/01/30対応	・Template:ListMolを修正・Template:FormatNameのluaをModule:Commonに移動 (追加)Module:Common	(4のコメントはここに記述)
5	Category:LBGAC	2023/01/30対応	・luaをModule:LBGAにGroupTable()として移動	(5のコメントはここに記述)
6	Category:LBGA	2023/01/26対応 2023/01/31追加修正	・luaプログラムをModule:LBGAに切り分け・~~「Species-Structure Relationship」テーブルのリンク先(Volatile:ListMolByReference)は未対応~~ ・volatileの表記を修正 (追加)Module:LBGA	(6のコメントはここに記述)
7	Category:LBGAA	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(7のコメントはここに記述)
8	Category:LBG	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正・Template:MapLinkを修正	(8のコメントはここに記述)
9	Category:LBF	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(9のコメントはここに記述)
10	Volatile:AuthorSummary	2023/01/30対応 (グラフのみ保留)	・luaをModule:AuthorSummaryへ移動・グラフ表示はどう対応するか検討 (追加)Module:AuthorSummary	(10のコメントはここに記述)
11	Volatile:ClassMatrix	2023/01/30対応	・luaをModule:ClassMatrixへ移動・Template:ClassMatrix/CreateRowのvolatileの表記を修正 (追加)Module:ClassMatrix	(11のコメントはここに記述)
12	Volatile:JAS/Genes	2023/01/31対応	・volatileの表記を修正・luaをModule:JASに移動 (追加)Module:JAS	(12のコメントはここに記述)
13	Volatile:ListField	2023/01/30対応動作未確認	・luaをModule/ListFieldに移動・volatileの表記を修正 (ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず) (追加)Module:ListField	(13のコメントはここに記述)
14	Volatile:ListMol/LBS	2023/01/30対応	・{{{1}}}を{{#get:1}}に変更・~~アイコン画像が表示されるよう対応予定~~	(14のコメントはここに記述)
15	Volatile:ListMol/LBStitle	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(15のコメントはここに記述)
16	Volatile:ListMolByField	2023/01/30対応動作未確認	・volatileの表記を修正 (ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)	(16のコメントはここに記述)
17	Volatile:ListMolByReference	2023/01/30対応	・luaをModule:CommonにListMolByReference()として移動	(17のコメントはここに記述)
18	Volatile:ListPage	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(18のコメントはここに記述)
19	Volatile:ListRef	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(19のコメントはここに記述)
20	Volatile:ListRefOfID	2023/01/31対応	・luaをModule:ListRefOfIDに移動 (追加)Module:ListRefOfID	(20のコメントはここに記述)
21	Volatile:ListStructures	不要		(21のコメントはここに記述)
22	Volatile:ShowField	2023/01/30対応	・他の修正に連動して完了	(22のコメントはここに記述)
23	Volatile:StructureSearch	2023/01/30対応動作未確認	・volatileの表記を修正	(23のコメントはここに記述)
24	Volatile:VolatileTest	不要		(24のコメントはここに記述)
25	MediaWiki:AdvancedLBSSearch.js			(25のコメントはここに記述)
26	MediaWiki:CalculateMass.js			(26のコメントはここに記述)
27	MediaWiki:Common.css	2023/01/25対応	・volatileリンクの見た目のスタイルを追加	(27のコメントはここに記述)
28	MediaWiki:Common.js	2023/01/25対応	・現在の構成で動作するよう修正	(28のコメントはここに記述)
29	MediaWiki:GlycosphingolipidMassCalculator.js	2023/01/25対応	・クラス化して、現在の構成で動作するよう修正	(29のコメントはここに記述)
30	MediaWiki:GlyphEditor.js			(30のコメントはここに記述)
31	MediaWiki:GoogleAPI.js			(31のコメントはここに記述)
32	MediaWiki:JBrowse.js			(32のコメントはここに記述)
33	MediaWiki:LBSSearch.js	2023/01/25対応	・クラス化して、現在の構成で動くよう修正	(33のコメントはここに記述)
34	MediaWiki:Lipoquality.js			(34のコメントはここに記述)
35	MediaWiki:LipoqualityChart.js			(35のコメントはここに記述)
36	MediaWiki:LipoqualityCommon.js			(36のコメントはここに記述)
37	MediaWiki:LipoqualityGet.js			(37のコメントはここに記述)
38	MediaWiki:LipoqualitySearch.js			(38のコメントはここに記述)
39	MediaWiki:PathwayEditor.js			(39のコメントはここに記述)
40	MediaWiki:PathwayEditorHandler.js			(40のコメントはここに記述)
41	Template:MapLink	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(41のコメントはここに記述)
42	Template:LBGA/GroupTable	2023/01/30対応	・luaをModule:LBGAへ移動	(42のコメントはここに記述)
43	Template:Glycolipid/distribution	2023/01/30対応	・defTempが使えないため、Template:GetIconを作成 (追加)Template:GetIcon	(43のコメントはここに記述)
44	Template:FormatName	2023/01/30対応	・luaをModule:Commonに移動	(44のコメントはここに記述)
45	Template:ClassMatrix/CreateRow	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(45のコメントはここに記述)
46	Template:JournalTitle/TableRow3			(46のコメントはここに記述)
47	Template:JAS/MutationStat	2023/01/31対応	・luaをModule:JASへ移動	(47のコメントはここに記述)
48	Template:JAS/AllMutation	2023/01/31対応	・luaをModule:JASへ移動	(48のコメントはここに記述)

開発用メモ

volatileは以下のように記述方法を変更

- リンク元での書き方

[[volatile:volatileページ|引数群|リンク表示名}}
↓
{{#volatile:volatileページ|リンク表示名|引数1|引数2|...|引数N}}

e.g. {{#volatile:ListMol/LBS|Blood group A|Structure=GalNAca1-3\(Fuca1-2\)Galb1-3GlcNAcb1-3}}

- リンク先での書き方

{{{1}}}
↓
{{#get:1}}

luaについて

- luaがmediawikiにバンドルされたので、すぐに使える状態になっている。

- スクリプトはModule名前空間に記述する

- Module名前空間のコンテンツモデルを「Scribunto」に変更する必要がある。

- 基本構文は以下の通り(一番目の引数を返すだけの関数)

local getArgs = require('Module:Arguments').getArgs; -- 引数を受け取るための機能呼び出し
local defArgs = require('Module:Arguments').defaultArgs; -- 引数のnil確認からデフォルト引数の処理を行う
local lbs = {}; -- lbsとしているが、この名前は何でも良い。

function lbs.FormatSugar( frame ) -- 関数を定義
 local args = defArgs(getArgs(frame), 1, ""); -- 引数を取得(defArgs(getArgs(frame), 必要な引数の個数, 引数1のデフォルト値, 引数2のデフォルト値, ...,  引数Nのデフォルト値)

  return args[1] -- 出力したい文字列を返す
end

return lbs; -- 関数定義したモジュールを返す

- 呼び出し方は以下の通り

{{#invoke:Module名前空間のページ|関数名|引数1|引数2|...|引数3}}

e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}

要チェック

Template:Archaea
Template:AuthorSummary
Template:AuthorSummary/RefLink
Template:AuthorSummary/affiliation
Template:Bilingual
Template:CheckAuthorExistence
Template:CheckCountryLine
Template:CheckRefExistence
Template:ClassMatrix
Template:ClassMatrix/CreateHeader
Template:ClassMatrix/CreateRows
Template:ClassifiedTable
Template:CountryTable
Template:Cutirubrum2Salinarum
Template:DOI
Template:EditButton
Template:EditButton/CheckList
Template:Element
Template:Element/Isotope
Template:Extension
Template:FL digit56
Template:FL digit56/Item
Template:FL digit56with78
Template:FL digit78
Template:Font/Huge
Template:Font/Large
Template:GetIcon
Template:GetMetaboliteID
Template:Glycolipid
Template:Glycolipid/OldLBLink
Template:GlyphEditor
Template:Hierarchy
Template:Hierarchy/Item
Template:Huge
Template:Image200
Template:IncorrectReference
Template:Index/author
Template:Index/formula
Template:Index/mass
Template:Index/name
Template:Index/persist
Template:IndexTable
Template:IndexTable/IDitem
Template:InternalMolLink
Template:InternalMolLink/LBS
Template:InternalMolLink/LBStitle
Template:InternalMolLink2
Template:InternalRefLink
Template:InternalRefLinkJAS
Template:JAS/Error/NonJapanese
Template:JAS/GeneList/LinkPage
Template:JAS/GeneList/Row
Template:JAS/MutationTable
Template:JAS/MutationTable/Row2
Template:JAS/MutationTable/Row3
Template:JASReference
Template:JCBL/Header
Template:LB/Header
Template:LBFA digit910Table/Row
Template:LBF digit910Table
Template:LBF digit910Table/Row
Template:LBGAC/Table
Template:LBGPC
Template:LBS/6HCer
Template:LBS/6HSph
Template:LBS/AbbrevRow
Template:LBS/AbbrevTable/Row
Template:LBS/Cer
Template:LBS/DHCer
Template:LBS/DHSph
Template:LBS/FormatSugar
Template:LBS/PhytoCer
Template:LBS/PhytoSph
Template:LBS/Sph
Template:LambdaTest
Template:Large
Template:LinkCategoryPage
Template:Lipid/Footer
Template:Lipid/Header
Template:ListAllChains
Template:ListItem
Template:ListMainchain
Template:ListMol
Template:ListMol2
Template:ListPage
Template:ListPage/Link
Template:ListRefOfID
Template:List Country
Template:List Country/CountAuthor
Template:List Country/inst rank
Template:List Country/rank
Template:List Country/sub
Template:List Country/sub2
Template:List Description
Template:List Description/Body
Template:List Description/SetAnchor
Template:List Image
Template:List Image/Body
Template:List Image/NameList
Template:List Links
Template:List Links/Body
Template:List Usage
Template:List Usage/Body
Template:List item
Template:Map/Ether phospholipid
Template:Map/Glycerophospholipid
Template:Map/Glycerophospholipid/Expression
Template:Map/Glycerophospholipid/GetValues
Template:Map/Instruction
Template:Map/MetaboliteSink
Template:Map/MetaboliteSource
Template:Map/Phospholipid degradation
Template:Map/Reaction/Down
Template:Map/ReactionDown
Template:Map/ReactionDown35
Template:Map/ReactionDown35inout
Template:Map/ReactionDownFromLeft
Template:Map/ReactionDownFromRight
Template:Map/ReactionLeft
Template:Map/ReactionLeftDown
Template:Map/ReactionLeftDown2
Template:Map/ReactionLeftRight
Template:Map/ReactionLongLeft
Template:Map/ReactionLongRight
Template:Map/ReactionRight
Template:Map/ReactionRightDown
Template:Map/ReactionUp
Template:Map/ReactionUpDown
Template:Map/Sphingolipid
Template:MassbankSpectra
Template:MassbankSpectrum
Template:Matrix/Row5
Template:Metabolite
Template:Metabolite/Item
Template:Metabolite/NameList
Template:Metabolite/SpeciesLink
Template:Metabolite/SpeciesList
Template:MethodInfo
Template:Methods/Table/List2
Template:NameFormat
Template:NextLetter
Template:NoticePastConference
Template:PMID
Template:PaperInfo
Template:Percent2Color
Template:PersistTest
Template:PersistTest2
Template:PrevLetter
Template:Reference
Template:Reference/AuthorLink
Template:Reference/Link
Template:Reference/PreTable
Template:Reference/RefAbbrev
Template:Reference/Table
Template:ReferencePDF
Template:RelationTable
Template:RelationTable/GetFirstAuthor
Template:RelationTable/GetNames
Template:RelationTable2
Template:RepeatSearchTitle
Template:Sci Class
Template:Search/Checkbox
Template:Search/Item
Template:SearchLink
Template:SearchLink/Main
Template:SearchLink/Reference
Template:SearchTitle
Template:ShowField/Item
Template:SpeciesMetaboliteRow
Template:StructureItem
Template:TableRow10
Template:TableRow3
Template:TableRow3/Country
Template:TableRow6
Template:TableRow6/author
Template:TableRow6/authorSub
Template:Taguchi/Header
Template:Taguchi/LinkItem
Template:Taguchi/LinkItems
Template:Taguchi/Summary/Row
Template:Taguchi/Table/Row2
Template:Taguchi/Table/Row3
Template:Taguchi/Table/Row4
Template:Taguchi/Table/Row5
Template:Toyama/HeatMatrixCell
Template:Toyama/HeatMatrixRow
Template:Toyama/Matrix
Template:Toyama/Matrix/Row
Template:TreeClass/ListSpecies
Template:Twocolumn
Template:WrittenBy

@@ Line 8: / Line 8: @@
 ==mediawiki ver1.39への対応状況==
-* 2023/01/31 要チェックリストを追加(Suwa)、Category:LBGAを再修正(Suwa)
+* 2023/01/31 要チェックリストを追加(Suwa)、Category:LBGAを再修正(Suwa)、全Volatileの修正が完了(Suwa)
 * 2023/01/30 全Cateogryの修正が完了(Suwa)
 * 2023/01/26 Cateogry:LBGAを修正(Suwa)
@@ Line 15: / Line 15: @@
 ==対応状況==
-* 現在、<strong>32/46</strong>(うち1件保留)が完了。
+* 現在、<strong>35/48</strong>(うち1件保留)が完了。
 * テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。
@@ Line 44: / Line 44: @@
 | 11 || [[Volatile:ClassMatrix]] || 2023/01/30対応 ||・luaをModule:ClassMatrixへ移動<br />・Template:ClassMatrix/CreateRowのvolatileの表記を修正<hr />(追加)Module:ClassMatrix || (11のコメントはここに記述)
 |-
-| 12 || [[Volatile:JAS/Genes]] || || || (12のコメントはここに記述)
+| 12 || [[Volatile:JAS/Genes]] || 2023/01/31対応 ||・volatileの表記を修正<br />・luaをModule:JASに移動<hr />(追加)Module:JAS || (12のコメントはここに記述)
 |-
 | 13 || [[Volatile:ListField]] || 2023/01/30対応<br /><span style="color:red">動作未確認</span> ||・luaをModule/ListFieldに移動<br />・volatileの表記を修正<br />(ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)<hr />(追加)Module:ListField || (13のコメントはここに記述)
@@ Line 113: / Line 113: @@
 |-
 | 46 || [[Template:JournalTitle/TableRow3]] || || || (46のコメントはここに記述)
+|-
+| 47 || [[Template:JAS/MutationStat]] || 2023/01/31対応 ||・luaをModule:JASへ移動 || (47のコメントはここに記述)
+|-
+| 48 || [[Template:JAS/AllMutation]] || 2023/01/31対応 ||・luaをModule:JASへ移動 || (48のコメントはここに記述)
 |}
@@ Line 203: / Line 207: @@
 # Template:InternalRefLink
 # Template:InternalRefLinkJAS
-# Template:JAS/AllMutation
 # Template:JAS/Error/NonJapanese
 # Template:JAS/GeneList/LinkPage
 # Template:JAS/GeneList/Row
-# Template:JAS/MutationStat
 # Template:JAS/MutationTable
 # Template:JAS/MutationTable/Row2