Lipidbank wiki:Status2v1.39

動作していないがリストにないページや、対応済みとなっているが表示や動作がおかしいページがあれば、「mediawiki ver1.39への対応状況」やテーブルの「コメント」欄に追記してください。

wikiの書き方に慣れていなければ、この下の「コメント（自由記述）」に追記してください。

mediawiki ver1.39への対応状況

• 2023/01/31 要チェックリストを追加(Suwa)、Category:LBGAを再修正(Suwa)、全Volatileの修正が完了(Suwa)
• 2023/01/30 全Cateogryの修正が完了(Suwa)
• 2023/01/26 Cateogry:LBGAを修正(Suwa)
• 2023/01/25 このページを作成(Suwa)

対応状況

• 現在、35/48(うち1件保留)が完了。
• テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。

番号	ページ	対応	対応内容	コメント
1	Category:LBS/Search	2023/01/25対応	・HTMLForm extensionをv1.39に対応 ・javascriptが動くよう修正 ・Volatile機能をHTMLFormだけで実現 ・luaがmediawikiにバンドルされたので、そのluaで動くよう修正 ・Persistは動かないので、AllChainsへのページリンクだけ表示 ・Template:LBS/FormatSugarのluaをModule:LBSに移して使用(Template:LBS/FormatSugarは不要) ・defTempが使えないため、Template:GetIconを追加・「Search from Structure」のリンク先(Volatile:ListMol/LBS)にてアイコンが表示されていない問題は未対応 ・Search from Structureで「<sub>」がそのまま表示されている。 (追加)Module:LBS, Template:GetIcon (廃止)Template:LBS/FormatSugar	(1のコメントはここに記述)
2	Category:LBA	不要	Category:LBGAへのリダイレクトのため	(2のコメントはここに記述)
3	Category:LBS	2023/01/30対応	・luaをModule:LBSにFomatSugar()として移動 ・volatileの修正 ・volatileの機能修正により、引数をencodeが不要に	(3のコメントはここに記述)
4	Category:LBGAD	2023/01/30対応	・Template:ListMolを修正 ・Template:FormatNameのluaをModule:Commonに移動 (追加)Module:Common	(4のコメントはここに記述)
5	Category:LBGAC	2023/01/30対応	・luaをModule:LBGAにGroupTable()として移動	(5のコメントはここに記述)
6	Category:LBGA	2023/01/26対応 2023/01/31追加修正	・luaプログラムをModule:LBGAに切り分け ・「Species-Structure Relationship」テーブルのリンク先(Volatile:ListMolByReference)は未対応 ・volatileの表記を修正 (追加)Module:LBGA	(6のコメントはここに記述)
7	Category:LBGAA	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(7のコメントはここに記述)
8	Category:LBG	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正 ・Template:MapLinkを修正	(8のコメントはここに記述)
9	Category:LBF	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(9のコメントはここに記述)
10	Volatile:AuthorSummary	2023/01/30対応 (グラフのみ保留)	・luaをModule:AuthorSummaryへ移動 ・グラフ表示はどう対応するか検討 (追加)Module:AuthorSummary	(10のコメントはここに記述)
11	Volatile:ClassMatrix	2023/01/30対応	・luaをModule:ClassMatrixへ移動 ・Template:ClassMatrix/CreateRowのvolatileの表記を修正 (追加)Module:ClassMatrix	(11のコメントはここに記述)
12	Volatile:JAS/Genes	2023/01/31対応	・volatileの表記を修正 ・luaをModule:JASに移動 (追加)Module:JAS	(12のコメントはここに記述)
13	Volatile:ListField	2023/01/30対応 動作未確認	・luaをModule/ListFieldに移動 ・volatileの表記を修正 (ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず) (追加)Module:ListField	(13のコメントはここに記述)
14	Volatile:ListMol/LBS	2023/01/30対応	・{{{1}}}を{{#get:1}}に変更 ・アイコン画像が表示されるよう対応予定	(14のコメントはここに記述)
15	Volatile:ListMol/LBStitle	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(15のコメントはここに記述)
16	Volatile:ListMolByField	2023/01/30対応 動作未確認	・volatileの表記を修正 (ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)	(16のコメントはここに記述)
17	Volatile:ListMolByReference	2023/01/30対応	・luaをModule:CommonにListMolByReference()として移動	(17のコメントはここに記述)
18	Volatile:ListPage	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(18のコメントはここに記述)
19	Volatile:ListRef	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(19のコメントはここに記述)
20	Volatile:ListRefOfID	2023/01/31対応	・luaをModule:ListRefOfIDに移動 (追加)Module:ListRefOfID	(20のコメントはここに記述)
21	Volatile:ListStructures	不要		(21のコメントはここに記述)
22	Volatile:ShowField	2023/01/30対応	・他の修正に連動して完了	(22のコメントはここに記述)
23	Volatile:StructureSearch	2023/01/30対応 動作未確認	・volatileの表記を修正	(23のコメントはここに記述)
24	Volatile:VolatileTest	不要		(24のコメントはここに記述)
25	MediaWiki:AdvancedLBSSearch.js			(25のコメントはここに記述)
26	MediaWiki:CalculateMass.js			(26のコメントはここに記述)
27	MediaWiki:Common.css	2023/01/25対応	・volatileリンクの見た目のスタイルを追加	(27のコメントはここに記述)
28	MediaWiki:Common.js	2023/01/25対応	・現在の構成で動作するよう修正	(28のコメントはここに記述)
29	MediaWiki:GlycosphingolipidMassCalculator.js	2023/01/25対応	・クラス化して、現在の構成で動作するよう修正	(29のコメントはここに記述)
30	MediaWiki:GlyphEditor.js			(30のコメントはここに記述)
31	MediaWiki:GoogleAPI.js			(31のコメントはここに記述)
32	MediaWiki:JBrowse.js			(32のコメントはここに記述)
33	MediaWiki:LBSSearch.js	2023/01/25対応	・クラス化して、現在の構成で動くよう修正	(33のコメントはここに記述)
34	MediaWiki:Lipoquality.js			(34のコメントはここに記述)
35	MediaWiki:LipoqualityChart.js			(35のコメントはここに記述)
36	MediaWiki:LipoqualityCommon.js			(36のコメントはここに記述)
37	MediaWiki:LipoqualityGet.js			(37のコメントはここに記述)
38	MediaWiki:LipoqualitySearch.js			(38のコメントはここに記述)
39	MediaWiki:PathwayEditor.js			(39のコメントはここに記述)
40	MediaWiki:PathwayEditorHandler.js			(40のコメントはここに記述)
41	Template:MapLink	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(41のコメントはここに記述)
42	Template:LBGA/GroupTable	2023/01/30対応	・luaをModule:LBGAへ移動	(42のコメントはここに記述)
43	Template:Glycolipid/distribution	2023/01/30対応	・defTempが使えないため、Template:GetIconを作成 (追加)Template:GetIcon	(43のコメントはここに記述)
44	Template:FormatName	2023/01/30対応	・luaをModule:Commonに移動	(44のコメントはここに記述)
45	Template:ClassMatrix/CreateRow	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(45のコメントはここに記述)
46	Template:JournalTitle/TableRow3			(46のコメントはここに記述)
47	Template:JAS/MutationStat	2023/01/31対応	・luaをModule:JASへ移動	(47のコメントはここに記述)
48	Template:JAS/AllMutation	2023/01/31対応	・luaをModule:JASへ移動	(48のコメントはここに記述)

開発用メモ

• volatileは以下のように記述方法を変更

- リンク元での書き方

[[volatile:volatileページ|引数群|リンク表示名}}
↓
{{#volatile:volatileページ|リンク表示名|引数1|引数2|...|引数N}}

e.g. {{#volatile:ListMol/LBS|Blood group A|Structure=GalNAca1-3\(Fuca1-2\)Galb1-3GlcNAcb1-3}}

- リンク先での書き方

{{{1}}}
↓
{{#get:1}}

• luaについて

- luaがmediawikiにバンドルされたので、すぐに使える状態になっている。

- スクリプトはModule名前空間に記述する

- Module名前空間のコンテンツモデルを「Scribunto」に変更する必要がある。

- 基本構文は以下の通り(一番目の引数を返すだけの関数)

local getArgs = require('Module:Arguments').getArgs; -- 引数を受け取るための機能呼び出し
local defArgs = require('Module:Arguments').defaultArgs; -- 引数のnil確認からデフォルト引数の処理を行う
local lbs = {}; -- lbsとしているが、この名前は何でも良い。

function lbs.FormatSugar( frame ) -- 関数を定義
 local args = defArgs(getArgs(frame), 1, ""); -- 引数を取得(defArgs(getArgs(frame), 必要な引数の個数, 引数1のデフォルト値, 引数2のデフォルト値, ...,  引数Nのデフォルト値)

  return args[1] -- 出力したい文字列を返す
end

return lbs; -- 関数定義したモジュールを返す

- 呼び出し方は以下の通り

{{#invoke:Module名前空間のページ|関数名|引数1|引数2|...|引数3}}

e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}

要チェック

1. Template:Archaea
2. Template:AuthorSummary
3. Template:AuthorSummary/RefLink
4. Template:AuthorSummary/affiliation
5. Template:Bilingual
6. Template:CheckAuthorExistence
7. Template:CheckCountryLine
8. Template:CheckRefExistence
9. Template:ClassMatrix
10. Template:ClassMatrix/CreateHeader
11. Template:ClassMatrix/CreateRows
12. Template:ClassifiedTable
13. Template:CountryTable
14. Template:Cutirubrum2Salinarum
15. Template:DOI
16. Template:EditButton
17. Template:EditButton/CheckList
18. Template:Element
19. Template:Element/Isotope
20. Template:Extension
21. Template:FL digit56
22. Template:FL digit56/Item
23. Template:FL digit56with78
24. Template:FL digit78
25. Template:Font/Huge
26. Template:Font/Large
27. Template:GetIcon
28. Template:GetMetaboliteID
29. Template:Glycolipid
30. Template:Glycolipid/OldLBLink
31. Template:GlyphEditor
32. Template:Hierarchy
33. Template:Hierarchy/Item
34. Template:Huge
35. Template:Image200
36. Template:IncorrectReference
37. Template:Index/author
38. Template:Index/formula
39. Template:Index/mass
40. Template:Index/name
41. Template:Index/persist
42. Template:IndexTable
43. Template:IndexTable/IDitem
44. Template:InternalMolLink
45. Template:InternalMolLink/LBS
46. Template:InternalMolLink/LBStitle
47. Template:InternalMolLink2
48. Template:InternalRefLink
49. Template:InternalRefLinkJAS
50. Template:JAS/Error/NonJapanese
51. Template:JAS/GeneList/LinkPage
52. Template:JAS/GeneList/Row
53. Template:JAS/MutationTable
54. Template:JAS/MutationTable/Row2
55. Template:JAS/MutationTable/Row3
56. Template:JASReference
57. Template:JCBL/Header
58. Template:LB/Header
59. Template:LBFA digit910Table/Row
60. Template:LBF digit910Table
61. Template:LBF digit910Table/Row
62. Template:LBGAC/Table
63. Template:LBGPC
64. Template:LBS/6HCer
65. Template:LBS/6HSph
66. Template:LBS/AbbrevRow
67. Template:LBS/AbbrevTable/Row
68. Template:LBS/Cer
69. Template:LBS/DHCer
70. Template:LBS/DHSph
71. Template:LBS/FormatSugar
72. Template:LBS/PhytoCer
73. Template:LBS/PhytoSph
74. Template:LBS/Sph
75. Template:LambdaTest
76. Template:Large
77. Template:LinkCategoryPage
78. Template:Lipid/Footer
79. Template:Lipid/Header
80. Template:ListAllChains
81. Template:ListItem
82. Template:ListMainchain
83. Template:ListMol
84. Template:ListMol2
85. Template:ListPage
86. Template:ListPage/Link
87. Template:ListRefOfID
88. Template:List Country
89. Template:List Country/CountAuthor
90. Template:List Country/inst rank
91. Template:List Country/rank
92. Template:List Country/sub
93. Template:List Country/sub2
94. Template:List Description
95. Template:List Description/Body
96. Template:List Description/SetAnchor
97. Template:List Image
98. Template:List Image/Body
99. Template:List Image/NameList
100. Template:List Links
101. Template:List Links/Body
102. Template:List Usage
103. Template:List Usage/Body
104. Template:List item
105. Template:Map/Ether phospholipid
106. Template:Map/Glycerophospholipid
107. Template:Map/Glycerophospholipid/Expression
108. Template:Map/Glycerophospholipid/GetValues
109. Template:Map/Instruction
110. Template:Map/MetaboliteSink
111. Template:Map/MetaboliteSource
112. Template:Map/Phospholipid degradation
113. Template:Map/Reaction/Down
114. Template:Map/ReactionDown
115. Template:Map/ReactionDown35
116. Template:Map/ReactionDown35inout
117. Template:Map/ReactionDownFromLeft
118. Template:Map/ReactionDownFromRight
119. Template:Map/ReactionLeft
120. Template:Map/ReactionLeftDown
121. Template:Map/ReactionLeftDown2
122. Template:Map/ReactionLeftRight
123. Template:Map/ReactionLongLeft
124. Template:Map/ReactionLongRight
125. Template:Map/ReactionRight
126. Template:Map/ReactionRightDown
127. Template:Map/ReactionUp
128. Template:Map/ReactionUpDown
129. Template:Map/Sphingolipid
130. Template:MassbankSpectra
131. Template:MassbankSpectrum
132. Template:Matrix/Row5
133. Template:Metabolite
134. Template:Metabolite/Item
135. Template:Metabolite/NameList
136. Template:Metabolite/SpeciesLink
137. Template:Metabolite/SpeciesList
138. Template:MethodInfo
139. Template:Methods/Table/List2
140. Template:NameFormat
141. Template:NextLetter
142. Template:NoticePastConference
143. Template:PMID
144. Template:PaperInfo
145. Template:Percent2Color
146. Template:PersistTest
147. Template:PersistTest2
148. Template:PrevLetter
149. Template:Reference
150. Template:Reference/AuthorLink
151. Template:Reference/Link
152. Template:Reference/PreTable
153. Template:Reference/RefAbbrev
154. Template:Reference/Table
155. Template:ReferencePDF
156. Template:RelationTable
157. Template:RelationTable/GetFirstAuthor
158. Template:RelationTable/GetNames
159. Template:RelationTable2
160. Template:RepeatSearchTitle
161. Template:Sci Class
162. Template:Search/Checkbox
163. Template:Search/Item
164. Template:SearchLink
165. Template:SearchLink/Main
166. Template:SearchLink/Reference
167. Template:SearchTitle
168. Template:ShowField/Item
169. Template:SpeciesMetaboliteRow
170. Template:StructureItem
171. Template:TableRow10
172. Template:TableRow3
173. Template:TableRow3/Country
174. Template:TableRow6
175. Template:TableRow6/author
176. Template:TableRow6/authorSub
177. Template:Taguchi/Header
178. Template:Taguchi/LinkItem
179. Template:Taguchi/LinkItems
180. Template:Taguchi/Summary/Row
181. Template:Taguchi/Table/Row2
182. Template:Taguchi/Table/Row3
183. Template:Taguchi/Table/Row4
184. Template:Taguchi/Table/Row5
185. Template:Toyama/HeatMatrixCell
186. Template:Toyama/HeatMatrixRow
187. Template:Toyama/Matrix
188. Template:Toyama/Matrix/Row
189. Template:TreeClass/ListSpecies
190. Template:Twocolumn
191. Template:WrittenBy