Lipidbank wiki:Status2v1.39: Difference between revisions

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==対応状況==
==対応状況==


* 現在、<strong>35/48</strong>(うち1件保留)が完了。
* 現在、<strong>37/48</strong>(うち1件保留)が完了。
* 現在、<strong>192件+α</strong>が要チェック。
* 現在、<strong>192件+α</strong>が要チェック。
* テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。
* テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。
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| {{#var:c}} || [[MediaWiki:CalculateMass.js]] || 未使用のため保留 || || (26のコメントはここに記述)
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| {{#var:c}} || [[MediaWiki:Common.css]] || 2023/01/25対応 || ・volatileリンクの見た目のスタイルを追加 || (27のコメントはここに記述)
| {{#var:c}} || [[MediaWiki:Common.css]] || 2023/01/25対応 || ・volatileリンクの見た目のスタイルを追加 || (27のコメントはここに記述)
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| {{#var:c}} || [[MediaWiki:GlyphEditor.js]] || || || (30のコメントはここに記述)
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|-{{#def:c|{{#expr:{{#var:c}}+1}}}}
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  <nowiki>e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}</nowiki>
  <nowiki>e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}</nowiki>


==要チェック==
==要チェック==# [[Template:AuthorSummary]]
# Template:Archaea
# [[Template:AuthorSummary/RefLink]]
# Template:AuthorSummary
# [[Template:AuthorSummary/affiliation]]
# Template:AuthorSummary/RefLink
# [[Template:Bilingual]]
# Template:AuthorSummary/affiliation
# [[Template:CheckAuthorExistence]]
# Template:Bilingual
# [[Template:CheckCountryLine]]
# Template:CheckAuthorExistence
# [[Template:CheckRefExistence]]
# Template:CheckCountryLine
# [[Template:ClassMatrix]]
# Template:CheckRefExistence
# [[Template:ClassMatrix/CreateHeader]]
# Template:ClassMatrix
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# Template:ClassMatrix/CreateHeader
# [[Template:ClassifiedTable]]
# Template:ClassMatrix/CreateRows
# [[Template:CountryTable]]
# Template:ClassifiedTable
# [[Template:Cutirubrum2Salinarum]]
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# [[Template:DOI]]
# Template:Cutirubrum2Salinarum
# [[Template:EditButton]]
# Template:DOI
# [[Template:EditButton/CheckList]]
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# Template:EditButton/CheckList
# [[Template:Element/Isotope]]
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# Template:Element/Isotope
# [[Template:FL digit56]]
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# [[Template:FL digit56/Item]]
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# [[Template:FL digit56with78]]
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# Template:Font/Huge
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# Template:GetMetaboliteID
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# Template:InternalRefLinkJAS
# [[Template:JAS/GeneList/LinkPage]]
# Template:JAS/Error/NonJapanese
# [[Template:JAS/GeneList/Row]]
# Template:JAS/GeneList/LinkPage
# [[Template:JAS/MutationTable]]
# Template:JAS/GeneList/Row
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# Template:JAS/MutationTable
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# Template:JAS/MutationTable/Row2
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# Template:JASReference
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# Template:JCBL/Header
# [[Template:LBFA digit910Table/Row]]
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# [[Template:LBF digit910Table]]
# Template:LBFA digit910Table/Row
# [[Template:LBF digit910Table/Row]]
# Template:LBF digit910Table
# [[Template:LBGAC/Table]]
# Template:LBF digit910Table/Row
# [[Template:LBGPC]]
# Template:LBGAC/Table
# [[Template:LBS/6HCer]]
# Template:LBGPC
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# Template:LBS/6HCer
# [[Template:LBS/AbbrevRow]]
# Template:LBS/6HSph
# [[Template:LBS/AbbrevTable/Row]]
# Template:LBS/AbbrevRow
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# Template:LBS/AbbrevTable/Row
# [[Template:LBS/DHCer]]
# Template:LBS/Cer
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# Template:LBS/DHSph
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# Template:LBS/FormatSugar
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# Template:LBS/PhytoCer
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# Template:LBS/PhytoSph
# [[Template:LambdaTest]]
# Template:LBS/Sph
# [[Template:Large]]
# Template:LambdaTest
# [[Template:LinkCategoryPage]]
# Template:Large
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# Template:LinkCategoryPage
# [[Template:Lipid/Header]]
# Template:Lipid/Footer
# [[Template:ListAllChains]]
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# [[Template:ListItem]]
# Template:ListAllChains
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# Template:ListItem
# [[Template:ListMol]]
# Template:ListMainchain
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# Template:ListMol
# [[Template:ListPage]]
# Template:ListMol2
# [[Template:ListPage/Link]]
# Template:ListPage
# [[Template:ListRefOfID]]
# Template:ListPage/Link
# [[Template:List Country]]
# Template:ListRefOfID
# [[Template:List Country/CountAuthor]]
# Template:List Country
# [[Template:List Country/inst rank]]
# Template:List Country/CountAuthor
# [[Template:List Country/rank]]
# Template:List Country/inst rank
# [[Template:List Country/sub]]
# Template:List Country/rank
# [[Template:List Country/sub2]]
# Template:List Country/sub
# [[Template:List Description]]
# Template:List Country/sub2
# [[Template:List Description/Body]]
# Template:List Description
# [[Template:List Description/SetAnchor]]
# Template:List Description/Body
# [[Template:List Image]]
# Template:List Description/SetAnchor
# [[Template:List Image/Body]]
# Template:List Image
# [[Template:List Image/NameList]]
# Template:List Image/Body
# [[Template:List Links]]
# Template:List Image/NameList
# [[Template:List Links/Body]]
# Template:List Links
# [[Template:List Usage]]
# Template:List Links/Body
# [[Template:List Usage/Body]]
# Template:List Usage
# [[Template:List item]]
# Template:List Usage/Body
# [[Template:Map/Ether phospholipid]]
# Template:List item
# [[Template:Map/Glycerophospholipid]]
# Template:Map/Ether phospholipid
# [[Template:Map/Glycerophospholipid/Expression]]
# Template:Map/Glycerophospholipid
# [[Template:Map/Glycerophospholipid/GetValues]]
# Template:Map/Glycerophospholipid/Expression
# [[Template:Map/Instruction]]
# Template:Map/Glycerophospholipid/GetValues
# [[Template:Map/MetaboliteSink]]
# Template:Map/Instruction
# [[Template:Map/MetaboliteSource]]
# Template:Map/MetaboliteSink
# [[Template:Map/Phospholipid degradation]]
# Template:Map/MetaboliteSource
# [[Template:Map/Reaction/Down]]
# Template:Map/Phospholipid degradation
# [[Template:Map/ReactionDown]]
# Template:Map/Reaction/Down
# [[Template:Map/ReactionDown35]]
# Template:Map/ReactionDown
# [[Template:Map/ReactionDown35inout]]
# Template:Map/ReactionDown35
# [[Template:Map/ReactionDownFromLeft]]
# Template:Map/ReactionDown35inout
# [[Template:Map/ReactionDownFromRight]]
# Template:Map/ReactionDownFromLeft
# [[Template:Map/ReactionLeft]]
# Template:Map/ReactionDownFromRight
# [[Template:Map/ReactionLeftDown]]
# Template:Map/ReactionLeft
# [[Template:Map/ReactionLeftDown2]]
# Template:Map/ReactionLeftDown
# [[Template:Map/ReactionLeftRight]]
# Template:Map/ReactionLeftDown2
# [[Template:Map/ReactionLongLeft]]
# Template:Map/ReactionLeftRight
# [[Template:Map/ReactionLongRight]]
# Template:Map/ReactionLongLeft
# [[Template:Map/ReactionRight]]
# Template:Map/ReactionLongRight
# [[Template:Map/ReactionRightDown]]
# Template:Map/ReactionRight
# [[Template:Map/ReactionUp]]
# Template:Map/ReactionRightDown
# [[Template:Map/ReactionUpDown]]
# Template:Map/ReactionUp
# [[Template:Map/Sphingolipid]]
# Template:Map/ReactionUpDown
# [[Template:MassbankSpectra]]
# Template:Map/Sphingolipid
# [[Template:MassbankSpectrum]]
# Template:MassbankSpectra
# [[Template:Matrix/Row5]]
# Template:MassbankSpectrum
# [[Template:Metabolite]]
# Template:Matrix/Row5
# [[Template:Metabolite/Item]]
# Template:Metabolite
# [[Template:Metabolite/NameList]]
# Template:Metabolite/Item
# [[Template:Metabolite/SpeciesLink]]
# Template:Metabolite/NameList
# [[Template:Metabolite/SpeciesList]]
# Template:Metabolite/SpeciesLink
# [[Template:MethodInfo]]
# Template:Metabolite/SpeciesList
# [[Template:Methods/Table/List2]]
# Template:MethodInfo
# [[Template:NameFormat]]
# Template:Methods/Table/List2
# [[Template:NextLetter]]
# Template:NameFormat
# [[Template:NoticePastConference]]
# Template:NextLetter
# [[Template:PMID]]
# Template:NoticePastConference
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# Template:PMID
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# Template:PaperInfo
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# Template:Percent2Color
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# Template:PersistTest
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# Template:PrevLetter
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# Template:Reference
# [[Template:Reference/Link]]
# Template:Reference/AuthorLink
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# Template:Reference/Link
# [[Template:Reference/RefAbbrev]]
# Template:Reference/PreTable
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# Template:Reference/RefAbbrev
# [[Template:ReferencePDF]]
# Template:Reference/Table
# [[Template:RelationTable]]
# Template:ReferencePDF
# [[Template:RelationTable/GetFirstAuthor]]
# Template:RelationTable
# [[Template:RelationTable/GetNames]]
# Template:RelationTable/GetFirstAuthor
# [[Template:RelationTable2]]
# Template:RelationTable/GetNames
# [[Template:RepeatSearchTitle]]
# Template:RelationTable2
# [[Template:Sci Class]]
# Template:RepeatSearchTitle
# [[Template:Search/Checkbox]]
# Template:Sci Class
# [[Template:Search/Item]]
# Template:Search/Checkbox
# [[Template:SearchLink]]
# Template:Search/Item
# [[Template:SearchLink/Main]]
# Template:SearchLink
# [[Template:SearchLink/Reference]]
# Template:SearchLink/Main
# [[Template:SearchTitle]]
# Template:SearchLink/Reference
# [[Template:ShowField/Item]]
# Template:SearchTitle
# [[Template:SpeciesMetaboliteRow]]
# Template:ShowField/Item
# [[Template:StructureItem]]
# Template:SpeciesMetaboliteRow
# [[Template:TableRow10]]
# Template:StructureItem
# [[Template:TableRow3]]
# Template:TableRow10
# [[Template:TableRow3/Country]]
# Template:TableRow3
# [[Template:TableRow6]]
# Template:TableRow3/Country
# [[Template:TableRow6/author]]
# Template:TableRow6
# [[Template:TableRow6/authorSub]]
# Template:TableRow6/author
# [[Template:Taguchi/Header]]
# Template:TableRow6/authorSub
# [[Template:Taguchi/LinkItem]]
# Template:Taguchi/Header
# [[Template:Taguchi/LinkItems]]
# Template:Taguchi/LinkItem
# [[Template:Taguchi/Summary/Row]]
# Template:Taguchi/LinkItems
# [[Template:Taguchi/Table/Row2]]
# Template:Taguchi/Summary/Row
# [[Template:Taguchi/Table/Row3]]
# Template:Taguchi/Table/Row2
# [[Template:Taguchi/Table/Row4]]
# Template:Taguchi/Table/Row3
# [[Template:Taguchi/Table/Row5]]
# Template:Taguchi/Table/Row4
# [[Template:Toyama/HeatMatrixCell]]
# Template:Taguchi/Table/Row5
# [[Template:Toyama/HeatMatrixRow]]
# Template:Toyama/HeatMatrixCell
# [[Template:Toyama/Matrix]]
# Template:Toyama/HeatMatrixRow
# [[Template:Toyama/Matrix/Row]]
# Template:Toyama/Matrix
# [[Template:TreeClass/ListSpecies]]
# Template:Toyama/Matrix/Row
# [[Template:Twocolumn]]
# Template:TreeClass/ListSpecies
# [[Template:WrittenBy]]
# Template:Twocolumn
# Template:WrittenBy
# Lipoquality名前空間
# Lipoquality名前空間

Revision as of 04:29, 31 January 2023

動作していないがリストにないページや、対応済みとなっているが表示や動作がおかしいページがあれば、「mediawiki ver1.39への対応状況」やテーブルの「コメント」欄に追記してください。

wikiの書き方に慣れていなければ、この下の「コメント（自由記述）」に追記してください。

コメント(自由記述)

mediawiki ver1.39への対応状況

  • 2023/01/31 要チェックリストを追加(Suwa)、Category:LBGAを再修正(Suwa)、全Volatileの修正が完了(Suwa)
  • 2023/01/30 全Cateogryの修正が完了(Suwa)
  • 2023/01/26 Cateogry:LBGAを修正(Suwa)
  • 2023/01/25 このページを作成(Suwa)

対応状況

  • 現在、37/48(うち1件保留)が完了。
  • 現在、192件+αが要チェック。
  • テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。
番号 ページ 対応 対応内容 コメント
1 Category:LBS/Search 2023/01/25対応 ・HTMLForm extensionをv1.39に対応
・javascriptが動くよう修正
・Volatile機能をHTMLFormだけで実現
・luaがmediawikiにバンドルされたので、そのluaで動くよう修正
・Persistは動かないので、AllChainsへのページリンクだけ表示
・Template:LBS/FormatSugarのluaをModule:LBSに移して使用(Template:LBS/FormatSugarは不要)
・defTempが使えないため、Template:GetIconを追加・「Search from Structure」のリンク先(Volatile:ListMol/LBS)にてアイコンが表示されていない問題は未対応
・Search from Structureで「<sub>」がそのまま表示されている。
(追加)Module:LBS, Template:GetIcon
(廃止)Template:LBS/FormatSugar		 (Category:LBS/Searchのコメントはここに記述)
2 Category:LBA 不要 Category:LBGAへのリダイレクトのため (Category:LBAのコメントはここに記述)
3 Category:LBS 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBSにFomatSugar()として移動
・volatileの修正
・volatileの機能修正により、引数をencodeが不要に		 (Category:LBSのコメントはここに記述)
4 Category:LBGAD 2023/01/30対応 ・Template:ListMolを修正
・Template:FormatNameのluaをModule:Commonに移動
(追加)Module:Common		 (Category:LBGADのコメントはここに記述)
5 Category:LBGAC 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBGAにGroupTable()として移動 (Category:LBGACのコメントはここに記述)
6 Category:LBGA 2023/01/26対応
2023/01/31追加修正		 ・luaプログラムをModule:LBGAに切り分け
・「Species-Structure Relationship」テーブルのリンク先(Volatile:ListMolByReference)は未対応
・volatileの表記を修正
(追加)Module:LBGA		 (Category:LBGAのコメントはここに記述)
7 Category:LBGAA 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Category:LBGAAのコメントはここに記述)
8 Category:LBG 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正
・Template:MapLinkを修正		 (Category:LBGのコメントはここに記述)
9 Category:LBF 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Category:LBFのコメントはここに記述)
10 Volatile:AuthorSummary 2023/01/30対応
(グラフのみ保留)		 ・luaをModule:AuthorSummaryへ移動
・グラフ表示はどう対応するか検討
(追加)Module:AuthorSummary		 (Volatile:AuthorSummaryのコメントはここに記述)
11 Volatile:ClassMatrix 2023/01/30対応 ・luaをModule:ClassMatrixへ移動
・Template:ClassMatrix/CreateRowのvolatileの表記を修正
(追加)Module:ClassMatrix		 (11のコメントはここに記述)
12 Volatile:JAS/Genes 2023/01/31対応 ・volatileの表記を修正
・luaをModule:JASに移動
(追加)Module:JAS		 (12のコメントはここに記述)
13 Volatile:ListField 2023/01/30対応
動作未確認		 ・luaをModule/ListFieldに移動
・volatileの表記を修正
(ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)
(追加)Module:ListField		 (13のコメントはここに記述)
14 Volatile:ListMol/LBS 2023/01/30対応 ・{{{1}}}を{{#get:1}}に変更
・アイコン画像が表示されるよう対応予定		 (14のコメントはここに記述)
15 Volatile:ListMol/LBStitle 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (15のコメントはここに記述)
16 Volatile:ListMolByField 2023/01/30対応
動作未確認		 ・volatileの表記を修正
(ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)		 (16のコメントはここに記述)
17 Volatile:ListMolByReference 2023/01/30対応 ・luaをModule:CommonにListMolByReference()として移動 (17のコメントはここに記述)
18 Volatile:ListPage 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (18のコメントはここに記述)
19 Volatile:ListRef 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (19のコメントはここに記述)
20 Volatile:ListRefOfID 2023/01/31対応 ・luaをModule:ListRefOfIDに移動
(追加)Module:ListRefOfID		 (20のコメントはここに記述)
21 Volatile:ListStructures 不要 (21のコメントはここに記述)
22 Volatile:ShowField 2023/01/30対応 ・他の修正に連動して完了 (22のコメントはここに記述)
23 Volatile:StructureSearch 2023/01/30対応
動作未確認		 ・volatileの表記を修正 (23のコメントはここに記述)
24 Volatile:VolatileTest 不要 (24のコメントはここに記述)
25 MediaWiki:AdvancedLBSSearch.js (25のコメントはここに記述)
26 MediaWiki:CalculateMass.js 未使用のため保留 (26のコメントはここに記述)
27 MediaWiki:Common.css 2023/01/25対応 ・volatileリンクの見た目のスタイルを追加 (27のコメントはここに記述)
28 MediaWiki:Common.js 2023/01/25対応 ・現在の構成で動作するよう修正 (28のコメントはここに記述)
29 MediaWiki:GlycosphingolipidMassCalculator.js 2023/01/25対応 ・クラス化して、現在の構成で動作するよう修正 (29のコメントはここに記述)
30 MediaWiki:GlyphEditor.js (30のコメントはここに記述)
31 MediaWiki:GoogleAPI.js 未使用のため保留 (31のコメントはここに記述)
32 MediaWiki:JBrowse.js (32のコメントはここに記述)
33 MediaWiki:LBSSearch.js 2023/01/25対応 ・クラス化して、現在の構成で動くよう修正 (33のコメントはここに記述)
34 MediaWiki:Lipoquality.js (34のコメントはここに記述)
35 MediaWiki:LipoqualityChart.js (35のコメントはここに記述)
36 MediaWiki:LipoqualityCommon.js (36のコメントはここに記述)
37 MediaWiki:LipoqualityGet.js (37のコメントはここに記述)
38 MediaWiki:LipoqualitySearch.js (38のコメントはここに記述)
39 MediaWiki:PathwayEditor.js (39のコメントはここに記述)
40 MediaWiki:PathwayEditorHandler.js (40のコメントはここに記述)
41 Template:MapLink 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (41のコメントはここに記述)
42 Template:LBGA/GroupTable 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBGAへ移動 (42のコメントはここに記述)
43 Template:Glycolipid/distribution 2023/01/30対応 ・defTempが使えないため、Template:GetIconを作成
(追加)Template:GetIcon		 (43のコメントはここに記述)
44 Template:FormatName 2023/01/30対応 ・luaをModule:Commonに移動 (44のコメントはここに記述)
45 Template:ClassMatrix/CreateRow 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (45のコメントはここに記述)
46 Template:JournalTitle/TableRow3 (46のコメントはここに記述)
47 Template:JAS/MutationStat 2023/01/31対応 ・luaをModule:JASへ移動 (47のコメントはここに記述)
48 Template:JAS/AllMutation 2023/01/31対応 ・luaをModule:JASへ移動 (48のコメントはここに記述)
49 Index:LBGA (Index:LBGAのコメントはここに記述)
50 JAS:Home (JAS:Homeのコメントはここに記述)

開発用メモ

  • volatileは以下のように記述方法を変更

- リンク元での書き方 

[[volatile:volatileページ|引数群|リンク表示名}}
↓
{{#volatile:volatileページ|リンク表示名|引数1|引数2|...|引数N}}

e.g. {{#volatile:ListMol/LBS|Blood group A|Structure=GalNAca1-3\(Fuca1-2\)Galb1-3GlcNAcb1-3}}

- リンク先での書き方 

{{{1}}}
↓
{{#get:1}}
  • luaについて

- luaがmediawikiにバンドルされたので、すぐに使える状態になっている。

- スクリプトはModule名前空間に記述する

- Module名前空間のコンテンツモデルを「Scribunto」に変更する必要がある。

- 基本構文は以下の通り(一番目の引数を返すだけの関数) 

local getArgs = require('Module:Arguments').getArgs; -- 引数を受け取るための機能呼び出し
local defArgs = require('Module:Arguments').defaultArgs; -- 引数のnil確認からデフォルト引数の処理を行う
local lbs = {}; -- lbsとしているが、この名前は何でも良い。

function lbs.FormatSugar( frame ) -- 関数を定義
 local args = defArgs(getArgs(frame), 1, ""); -- 引数を取得(defArgs(getArgs(frame), 必要な引数の個数, 引数1のデフォルト値, 引数2のデフォルト値, ...,  引数Nのデフォルト値)

  return args[1] -- 出力したい文字列を返す
end

return lbs; -- 関数定義したモジュールを返す

- 呼び出し方は以下の通り 

{{#invoke:Module名前空間のページ|関数名|引数1|引数2|...|引数3}}

e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}

==要チェック==# Template:AuthorSummary

  1. Template:AuthorSummary/RefLink
  2. Template:AuthorSummary/affiliation
  3. Template:Bilingual
  4. Template:CheckAuthorExistence
  5. Template:CheckCountryLine
  6. Template:CheckRefExistence
  7. Template:ClassMatrix
  8. Template:ClassMatrix/CreateHeader
  9. Template:ClassMatrix/CreateRows
  10. Template:ClassifiedTable
  11. Template:CountryTable
  12. Template:Cutirubrum2Salinarum
  13. Template:DOI
  14. Template:EditButton
  15. Template:EditButton/CheckList
  16. Template:Element
  17. Template:Element/Isotope
  18. Template:Extension
  19. Template:FL digit56
  20. Template:FL digit56/Item
  21. Template:FL digit56with78
  22. Template:FL digit78
  23. Template:Font/Huge
  24. Template:Font/Large
  25. Template:GetIcon
  26. Template:GetMetaboliteID
  27. Template:Glycolipid
  28. Template:Glycolipid/OldLBLink
  29. Template:GlyphEditor
  30. Template:Hierarchy
  31. Template:Hierarchy/Item
  32. Template:Huge
  33. Template:Image200
  34. Template:IncorrectReference
  35. Template:Index/author
  36. Template:Index/formula
  37. Template:Index/mass
  38. Template:Index/name
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