Lipidbank wiki:Status2v1.39

動作していないがリストにないページや、対応済みとなっているが表示や動作がおかしいページがあれば、「mediawiki ver1.39への対応状況」やテーブルの「コメント」欄に追記してください。

wikiの書き方に慣れていなければ、この下の「コメント（自由記述）」に追記してください。

mediawiki ver1.39への対応状況

• 2023/02/03 lipidbankに関する機能は全て対応(Suwa)
• 2023/01/31 要チェックリストを追加(Suwa)、Category:LBGAを再修正(Suwa)、全Volatileの修正が完了(Suwa)
• 2023/01/30 全Cateogryの修正が完了(Suwa)
• 2023/01/26 Cateogry:LBGAを修正(Suwa)
• 2023/01/25 このページを作成(Suwa)

対応状況

• 現在、84/84(うち10件保留)が完了。
• テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。

番号	ページ	対応	対応内容	コメント
1	Category:LBS/Search	2023/01/25対応	・HTMLForm extensionをv1.39に対応 ・javascriptが動くよう修正 ・Volatile機能をHTMLFormだけで実現 ・luaがmediawikiにバンドルされたので、そのluaで動くよう修正 ・Persistは動かないので、AllChainsへのページリンクだけ表示 ・Template:LBS/FormatSugarのluaをModule:LBSに移して使用(Template:LBS/FormatSugarは不要) ・defTempが使えないため、Template:GetIconを追加・「Search from Structure」のリンク先(Volatile:ListMol/LBS)にてアイコンが表示されていない問題は未対応 ・Search from Structureで「<sub>」がそのまま表示されている。 (追加)Module:LBS, Template:GetIcon (廃止)Template:LBS/FormatSugar	(Category:LBS/Searchのコメントはここに記述)
2	Category:LBA	不要	Category:LBGAへのリダイレクトのため	(Category:LBAのコメントはここに記述)
3	Category:LBS	2023/01/30対応	・luaをModule:LBSにFomatSugar()として移動 ・volatileの修正 ・volatileの機能修正により、引数をencodeが不要に	(Category:LBSのコメントはここに記述)
4	Category:LBGAD	2023/01/30対応	・Template:ListMolを修正 ・Template:FormatNameのluaをModule:Commonに移動 (追加)Module:Common	(Category:LBGADのコメントはここに記述)
5	Category:LBGAC	2023/01/30対応	・luaをModule:LBGAにGroupTable()として移動	(Category:LBGACのコメントはここに記述)
6	Category:LBGA	2023/01/26対応 2023/01/31追加修正	・luaプログラムをModule:LBGAに切り分け ・「Species-Structure Relationship」テーブルのリンク先(Volatile:ListMolByReference)は未対応 ・volatileの書き方を修正 (追加)Module:LBGA	(Category:LBGAのコメントはここに記述)
7	Category:LBGAA	2023/01/30対応	・volatileの書き方を修正	(Category:LBGAAのコメントはここに記述)
8	Category:LBG	2023/01/30対応	・volatileの書き方を修正 ・Template:MapLinkを修正	(Category:LBGのコメントはここに記述)
9	Category:LBF	2023/01/30対応	・volatileの書き方を修正	(Category:LBFのコメントはここに記述)
10	Volatile:AuthorSummary	2023/01/30対応 2023/02/03グラフ対応	・luaをModule:AuthorSummaryへ移動 ・グラフ表示はどう対応するか検討・グラフ表示は一旦jpgraphで実装 (追加)Module:AuthorSummary	(Volatile:AuthorSummaryのコメントはここに記述)
11	Volatile:ClassMatrix	2023/01/30対応	・luaをModule:ClassMatrixへ移動 ・Template:ClassMatrix/CreateRowのvolatileの書き方を修正 (追加)Module:ClassMatrix	(11のコメントはここに記述)
12	Volatile:JAS/Genes	2023/01/31対応	・volatileの書き方を修正 ・luaをModule:JASに移動 (追加)Module:JAS	(12のコメントはここに記述)
13	Volatile:ListField	2023/01/30対応 動作未確認	・luaをModule/ListFieldに移動 ・volatileの書き方を修正 (ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず) (追加)Module:ListField	(13のコメントはここに記述)
14	Volatile:ListMol/LBS	2023/01/30対応	・{{{1}}}を{{#get:1}}に変更 ・アイコン画像が表示されるよう対応予定	(14のコメントはここに記述)
15	Volatile:ListMol/LBStitle	2023/01/30対応	・volatileの書き方を修正	(15のコメントはここに記述)
16	Volatile:ListMolByField	2023/01/30対応 動作未確認	・volatileの書き方を修正 (ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)	(16のコメントはここに記述)
17	Volatile:ListMolByReference	2023/01/30対応	・luaをModule:CommonにListMolByReference()として移動	(17のコメントはここに記述)
18	Volatile:ListPage	2023/01/30対応	・volatileの書き方を修正	(18のコメントはここに記述)
19	Volatile:ListRef	2023/01/30対応	・volatileの書き方を修正	(19のコメントはここに記述)
20	Volatile:ListRefOfID	2023/01/31対応	・luaをModule:ListRefOfIDに移動 (追加)Module:ListRefOfID	(20のコメントはここに記述)
21	Volatile:ListStructures	不要		(21のコメントはここに記述)
22	Volatile:ShowField	2023/01/30対応 2023/02/01修正	・他の修正に連動して完了 ・volatileの書き方を修正	(22のコメントはここに記述)
23	Volatile:StructureSearch	2023/01/30対応 動作未確認	・volatileの書き方を修正	(23のコメントはここに記述)
24	Volatile:VolatileTest	不要		(24のコメントはここに記述)
25	MediaWiki:AdvancedLBSSearch.js	未使用のため保留		(25のコメントはここに記述)
26	MediaWiki:CalculateMass.js	未使用のため保留		(26のコメントはここに記述)
27	MediaWiki:Common.css	2023/01/25対応	・volatileリンクの見た目のスタイルを追加	(27のコメントはここに記述)
28	MediaWiki:Common.js	2023/01/25対応	・現在の構成で動作するよう修正	(28のコメントはここに記述)
29	MediaWiki:GlycosphingolipidMassCalculator.js	2023/01/25対応	・クラス化して、現在の構成で動作するよう修正	(29のコメントはここに記述)
30	MediaWiki:GlyphEditor.js	2023/02/01対応	・javascriptを修正(MediaWiki:Common.js, MediaWiki:GlyphEditor.js, Template:GlyphEditor, StructureSearch)	(30のコメントはここに記述)
31	MediaWiki:GoogleAPI.js	未使用のため保留		(31のコメントはここに記述)
32	MediaWiki:JBrowse.js	保留	・未使用のため	(32のコメントはここに記述)
33	MediaWiki:LBSSearch.js	2023/01/25対応	・クラス化して、現在の構成で動くよう修正	(33のコメントはここに記述)
34	MediaWiki:Lipoquality.js	保留		(34のコメントはここに記述)
35	MediaWiki:LipoqualityChart.js	保留		(35のコメントはここに記述)
36	MediaWiki:LipoqualityCommon.js	保留		(36のコメントはここに記述)
37	MediaWiki:LipoqualityGet.js	保留		(37のコメントはここに記述)
38	MediaWiki:LipoqualitySearch.js	保留		(38のコメントはここに記述)
39	MediaWiki:PathwayEditor.js	2023/02/03対応	・MediaWiki:PathwayEditorHandler.jsの修正にて完了	(39のコメントはここに記述)
40	MediaWiki:PathwayEditorHandler.js	2023/02/03対応	・javascriptを修正(MediaWiki:Common.js) ・PathwayMap名前空間が無かったため、PathwayMap名前空間を作成し、そこに移動	(40のコメントはここに記述)
41	Template:MapLink	2023/01/30対応	・volatileの書き方を修正	(Template:MapLinのコメントはここに記述)
42	Template:LBGA/GroupTable	2023/01/30対応	・luaをModule:LBGAへ移動	(Template:LBGA/GroupTableのコメントはここに記述)
43	Template:Glycolipid/distribution	2023/01/30対応	・defTempが使えないため、Template:GetIconを作成 (追加)Template:GetIcon	(Template:Glycolipid/distributionのコメントはここに記述)
44	Template:FormatName	2023/01/30対応	・luaをModule:Commonに移動	(Template:FormatNameのコメントはここに記述)
45	Template:ClassMatrix/CreateRow	2023/01/30対応	・volatileの書き方を修正	(Template:ClassMatrix/CreateRowのコメントはここに記述)
46	Template:JournalTitle/TableRow3	2023/01/30対応	・volatileの書き方を修正	(Template:JournalTitle/TableRow3のコメントはここに記述)
47	Template:JAS/MutationStat	2023/01/31対応	・luaをModule:JASへ移動	(Template:JAS/MutationStatのコメントはここに記述)
48	Template:JAS/AllMutation	2023/01/31対応	・luaをModule:JASへ移動	(Template:JAS/AllMutationのコメントはここに記述)
49	Template:AuthorSummary	2023/01/31対応	・volatileの書き方を修正	(Template:AuthorSummaryのコメントはここに記述)
50	Index:LBGA	2023/02/02対応	・defTempをTemplate:VolatileLinkに移動 (追加)Template:VolatileLink	(Index:LBGAのコメントはここに記述)
51	JAS:Home	2023/02/01対応	・template:JAS/GeneList/Rowの修正により完了	(JAS:Homeのコメントはここに記述)
52	Template:ClassMatrix	2023/01/31対応	・luaをModule:ClassMatrixから使用(ただし、初期のテンプレートで、今は使われていないと思われる)	(Template:ClassMatrixのコメントはここに記述)
53	Template:CountryTable	未使用のため保留		(Template:CountryTableのコメントはここに記述)
54	Template:Glycolipid	2023/02/01対応	・volatileの書き方を修正 ・{{#googleapi:}}が各ページに書き込まれているので、あとでダミーを作って非表示にする	(Template:Glycolipidのコメントはここに記述)
55	Template:JAS/GeneList/LinkPage	2023/02/01対応	・volatileの書き方を修正	(Template:JAS/GeneList/LinkPageのコメントはここに記述)
56	Template:ListAllChains	・2023/02/01対応	・luaをModule:ListAllChainsに移動 (追加)Module:ListAllChains	(Template:ListAllChainsのコメントはここに記述)
57	Template:ListPage	・2023/02/01対応	・volatileの書き方を修正	(Template:ListPageのコメントはここに記述)
58	Template:Map/Glycerophospholipid	不要	・Template:Map/Glycerophospholipid/Expressionの対応により完了	(Template:Map/Glycerophospholipidのコメントはここに記述)
59	Template:Map/Glycerophospholipid/Expression	2023/02/02対応	・luaでmaxを取得した物を-1に変更	(Template:Map/Glycerophospholipid/Expressionのコメントはここに記述)
60	Template:Map/Glycerophospholipid/GetValues	不要	・Template:Map/Glycerophospholipid/Expressionの対応により完了	(Template:Map/Glycerophospholipid/GetValuesのコメントはここに記述)
61	Template:Metabolite	2023/02/02対応	・volatileの書き方を修正	(Template:Metaboliteのコメントはここに記述)
62	Template:Reference/AuthorLink	2023/02/02対応	・volatileの書き方を修正(ただし、未使用)	(Template:Reference/AuthorLinkのコメントはここに記述)
63	Template:RelationTable	2023/02/01対応	・defTempをテンプレートページに移動 (追加)Template:RelationTable/Row2, Template:RelationTable/Row3	(Template:RelationTableのコメントはここに記述)
64	Template:TableRow3	2023/02/02対応	・volatileの書き方を修正	(Template:TableRow3のコメントはここに記述)
65	Template:TableRow3/Country	2023/02/02対応	・volatileの書き方を修正(ただし、未使用)	(Template:TableRow3/Countryのコメントはここに記述)
66	Template:TableRow6/author	2023/02/02対応	・volatileの書き方を修正(ただし、未使用)	(Template:TableRow6/authorのコメントはここに記述)
67	Template:TableRow6/authorSub	2023/02/02対応	・volatileの書き方を修正(ただし、未使用)	(Template:TableRow6/authorSubのコメントはここに記述)
68	Template:Taguchi/LinkItem	2023/02/02対応	・volatileの書き方を修正	(Template:Taguchi/LinkItemのコメントはここに記述)
69	Template:Taguchi/LinkItems	不要	Template:Taguchi/LinkItemの修正にて完了	(Template:Taguchi/LinkItemsのコメントはここに記述)
70	Template:Toyama/Matrix	2023/02/02対応	・luaをModule:Toayamに移動 (追加)Module:Toyama	(Template:Toyama/Matrixのコメントはここに記述)
71	Template:LBS/FormatSugar	2023/02/01対応	・luaをModule:LBSから呼び出すよう修正	(Template:LBS/FormatSugarのコメントはここに記述)
72	Template:Glycolipid/OldLBLink	2023/02/01対応	・httpをhttpsに変更 ・cgi-binで各ページに飛ばしていたが、現在はカテゴリ毎に一ページになったため、ページへジャンプするよう修正	(Template:Glycolipid/OldLBLinkのコメントはここに記述)
73	Template:GlyphEditor	2023/01/31対応	・javascriptの呼び出し方を変更	(Template:GlyphEditorのコメントはここに記述)
74	Template:ListRefOfID	2023/02/02対応	・Volatile:ListRefOfIDと同じ	(Template:ListRefOfIDのコメントはここに記述)
75	Template:FL digit56	保留	・フラボノイド用機能のため	(Template:FL digit56のコメントはここに記述)
76	Template:FL digit56with78	保留	・フラボノイド用機能のため	(Template:FL digit56with78のコメントはここに記述)
77	Template:FL digit78	保留	・フラボノイド用機能のため	(Template:FL digit78のコメントはここに記述)
78	Template:LBFA digit910Table/Row	不要	・リダイレクトページのため	(Template:LBFA digit910Table/Rowのコメントはここに記述)
79	Template:LBF digit910Table	2023/02/02対応	・luaをModule:LBFDigitに移動 (追加)Module:LBFDigit	(Template:LBF digit910Tableのコメントはここに記述)
80	Template:LBF digit910Table/Row	2023/02/02対応	・未使用のため動作未確認	(Template:LBF digit910Table/Rowのコメントはここに記述)
81	Template:Index/author	2023/02/03対応	・luaをModule:Indexに移動 (追加)Module:Index	(Template:Index/authorのコメントはここに記述)
82	Template:Index/formula	2023/02/03対応	・luaをModule:Indexに移動	(Template:Index/formulaのコメントはここに記述)
83	Template:Index/mass	2023/02/03対応	・luaをModule:Indexに移動	(Template:Index/massのコメントはここに記述)
84	Template:Index/name	2023/02/03対応	・luaをModule:Indexに移動	(Template:Index/nameのコメントはここに記述)

要対応

1. Template:JCBL/Header

要確認

1. Template:Index/persist
2. Template:Percent2Color
3. Template:Search/Checkbox

要チェック

1. Lipoquality名前空間

未使用(済)

1. Template:LBS/AbbrevTable/Row(LBS/FormatSugarを呼び出してる)
2. Template:EditButton
3. Template:EditButton/CheckList
4. Template:LambdaTest

修正の必要はないが、エラーで表示できない(済)

1. Template:List Description/Body
2. Template:List Description/SetAnchor
3. Template:List Image/Body
4. Template:List Image/NameList
5. Template:List Links
6. Template:Metabolite/NameList
7. Template:Metabolite/SpeciesLink
8. Template:Reference/RefAbbrev
9. Template:RelationTable/GetNames
10. Template:TreeClass/ListSpecies

表示しようとするとErrorが表示され、編集しようとするとEdit conflictが発生。削除も出来ない。

Error

There is currently no text in this page.
You can search for this page title in other pages, search the related logs, or create this page.

Edit conflict: Template:List Description/Body

Someone else has changed this page since you started editing it.
The upper text area contains the page text as it currently exists.
Your changes are shown in the lower text area.
You will have to merge your changes into the existing text.
Only the text in the upper text area will be published when you press "Save changes".

原因は、reivsionテーブルのrev_actor(編集者)が、あり得ない0になっていることが原因と思われる(actorテーブルを見ると、IDは1からとなっている)。

        rev_id: 100
      rev_page: 100
rev_comment_id: 0
     rev_actor: 0 <- ここ
 rev_timestamp: 20080203000000
rev_minor_edit: 1
   rev_deleted: 0
       rev_len: 10
 rev_parent_id: 0

actor=0は、おそらく別環境からimportした際に、当環境に存在しないユーザが編集したページで発生している様子(該当ページはどうやらmetabolomics.jpからimportした)。 本番環境、テスト環境両方で発生しており、おそらくかなり古いバージョンからアップデートした場合に、mediawikiが整合性をとれない構造になっているのではないかと思われる。

解決策としては、rev_actorを存在するアカウントIDに書き換えることで対応可能(ただし、コードから独自に見つけた解決策なので、他にエラーが発生しないか様子を見る必要がある）。

update revision set rev_actor = 2 where rev_actor = 0;

開発用メモ

• volatileは以下のように記述方法を変更

- リンク元での書き方

[[volatile:volatileページ|引数群|リンク表示名}}
↓
{{#volatile:volatileページ|リンク表示名|引数1|引数2|...|引数N}}

e.g. {{#volatile:ListMol/LBS|Blood group A|Structure=GalNAca1-3\(Fuca1-2\)Galb1-3GlcNAcb1-3}}

- リンク先での書き方

{{{1}}}
↓
{{#get:1}}

• luaについて

- luaがmediawikiにバンドルされたので、すぐに使える状態になっている。

- スクリプトはModule名前空間に記述する

- Module名前空間のコンテンツモデルを「Scribunto」に変更する必要がある。

- 基本構文は以下の通り(一番目の引数を返すだけの関数)

local getArgs = require('Module:Arguments').getArgs; -- 引数を受け取るための機能呼び出し
local defArgs = require('Module:Arguments').defaultArgs; -- 引数のnil確認からデフォルト引数の処理を行う
local lbs = {}; -- lbsとしているが、この名前は何でも良い。

function lbs.FormatSugar( frame ) -- 関数を定義
 local args = defArgs(getArgs(frame), 1, ""); -- 引数を取得(defArgs(getArgs(frame), 必要な引数の個数, 引数1のデフォルト値, 引数2のデフォルト値, ...,  引数Nのデフォルト値)

  return args[1] -- 出力したい文字列を返す
end

return lbs; -- 関数定義したモジュールを返す

- 呼び出し方は以下の通り

{{#invoke:Module名前空間のページ|関数名|引数1|引数2|...|引数3}}

e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}