Category:LBS: Difference between revisions

Revision as of 01:55, 12 December 2008

Sphingolipid (スフィンゴ脂質)

Upper classes: LB

Class Overview

Complex lipid is the main structural component of biological membrane, is a form of lipid bilayer, and broadly classified into Glycerolipid and Sphingolipid. The Glycerolipid category （LBG） includes Glyceroglycolipid and　Glycerophospholipid.

リン酸や糖などを含む脂質は複合脂質と呼ばれ、細胞膜の脂質二重層の主要な構成要素です。複合脂質は、一般的にグリセロールを含む脂質（グリセロ脂質）とスフィンゴイドを含む脂質（スフィンゴ脂質）に大別されます。
グリセロ脂質カテゴリー（LBG）には、グリセロ糖脂質 (Glyceroglycolipid)、グリセロリン脂質 (Glycerophospholipid) などのグリセロール骨格を共通構造とする分子が含まれています。

Common Abbreviations よく使う略称

PC	PhosphatidylCholine	ホスファチジルコリン
PS	Phosphatidylserine	ホスファチジルセリン
PI	Phosphatidylinositol	ホスファチジルイノシトール
PE	Phosphatidylethanolamine	ホスファチジルエタノールアミン

Design of Glycerolipid identifiers ID番号の設計

26-DIGIT(6+9+9+2)

L

B

G

p

b1

b2

:

x1

y1

z1

w1

c1

:

x2

y2

z2

w2

c2

p ... number of attached sugars(Glyceroglycolipid) or code of pola head group(Glycerophospholipid)
b1 ... type of binding to Fatty acyl-1(LBF1)
b2 ... type of binding to Fatty acyl-2(LBF2)

x1 ... carbon chain length(LBF1)
y1 ... degree of unsaturation(LBF1)
z1 ... position of n－z (n minus z; also ω－z or omega-z) nomenclature(LBF1)
w1 ... structure type(LBF1)
c1 ... serial number(LBF1)

x2 ... carbon chain length(LBF2)
y2 ... degree of unsaturation(LBF2)
z2 ... position of n－z (n minus z; also ω－z or omega-z) nomenclature(LBF2)
w2 ... structure type(LBF2)
c2 ... serial number(LBF2)

p ... 修飾する糖の個数 (Glyceroglycolipid)もしくはポーラヘッドグループの記号(Glycerophospholipid)
b1 ... 脂肪酸1(LBF1)の結合のタイプ
b2 ... 脂肪酸2(LBF2)の結合のタイプ

x1 ... 炭素鎖長(LBF1)
y1 ... 不飽和度(LBF1)
z1 ... n－z (またはω－zやomega-z)　における数(LBF1)
w1 ... 骨格のタイプ(LBF1)
c1 ... 通し番号(LBF1)

x2 ... 炭素鎖長(LBF2)
y2 ... 不飽和度(LBF2)
z2 ... n－z (またはω－zやomega-z)　における数(LBF2)
w2 ... 骨格のタイプ(LBF2)
c2 ... 通し番号(LBF2)

Classification by number of sugars or pola head group糖の個数もしくはポーラヘッドグループによる分類

There are 2 digit of number of attached sugars (Glyceroglycolipid) or code of pola head group (Glycerophospholipid) . Phosphatidylinositol is treated as Glycerophospholipid.

Glyceroglycolipidに関しては結合している糖の総数を2桁の数字で、Glycerophospholipidに関してはポーラヘッドグループを2桁の記号で記載してあります。なお、Phosphatidylinositolについては、糖脂質ではありますがGlycerophospholipidとしての扱いとなるため、PIの記号が入ってます。

Table 1. Classification by number of sugars or pola head group
(37 pages)	(37 pages)	(18 pages)	(6 pages)
(2 pages)	(4 pages)	(0 pages)	(426 pages)
(425 pages)	(51 pages)	(58 pages)	(267 pages)
(58 pages)

Classification by type of binding to Fatty acyl-1 脂肪酸1の結合のタイプによる分類

Table 2. Classification by type of binding to Fatty acyl-1
(4 pages)	(0 pages)	(72 pages)	(23 pages)	(5 pages)

Classification by type of binding to Fatty acyl-2 脂肪酸2の結合のタイプによる分類

Table 3. Classification by type of binding to Fatty acyl-2
(0 pages)	(0 pages)	(0 pages)	(0 pages)	(0 pages)

Subcategories

This category has the following 4 subcategories, out of 4 total.

L

@@ Line 4: / Line 4: @@
 ==Class Overview==
-<center>
+{{Twocolumn|
-{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
+Complex lipid is the main structural component of biological membrane, is a form of lipid bilayer, and broadly classified into Glycerolipid and Sphingolipid. The Glycerolipid category （LBG） includes Glyceroglycolipid and　Glycerophospholipid.
-|+ Table 1. Classification of Sphingolipid [[Image:LBS.png|120px]]
+|
-|- valign="top"
+リン酸や糖などを含む脂質は複合脂質と呼ばれ、細胞膜の脂質二重層の主要な構成要素です。
-|align="center"|Sphingoid base<br/>and ceramide<br/>[[Volatile:ListMol|LBS*****--|LBS*****--: ]]<br/>？
+複合脂質は、一般的にグリセロールを含む脂質（グリセロ脂質）とスフィンゴイドを含む脂質（スフィンゴ脂質）に大別されます。
-|align="center"|Glycolipid<br/>(incl. ceramide)<br/> [[Volatile:ListMol|LBS*****##|LBS*****##:]]<br/>?
+<br>グリセロ脂質カテゴリー（LBG）には、グリセロ糖脂質 (Glyceroglycolipid)、グリセロリン脂質 (Glycerophospholipid) などのグリセロール骨格を共通構造とする分子が含まれています。
-|align="center"|Phospholipid<br/>(incl. ceramide)<br/> [[Volatile:ListMol|LBS*****PP|LBS*****PP:]]<br/>?
+}}
+===Common Abbreviations <small>よく使う略称</small>===
+{|
+|-
+| PC || PhosphatidylCholine || ホスファチジルコリン
+|-
+| PS || Phosphatidylserine || ホスファチジルセリン
+|-
+| PI || Phosphatidylinositol || ホスファチジルイノシトール
+|-
+| PE || Phosphatidylethanolamine || ホスファチジルエタノールアミン
 |}
-</center>
-==Design of Sphingoid identifiers <small>ID番号の設計</small>==
+==Design of Glycerolipid identifiers <small>ID番号の設計</small>==
 <center>
--DIGIT
+-DIGIT(6+9+9+2)
 <table border=1>
 <tr>
 <td style="background-color:yellowgreen;" width=15px align="center"><big>L</big>
 <td style="background-color:yellowgreen;" width=15px align="center"><big>B</big>
-<td style="background-color:darkseagreen;" width=15px align="center"><big>S</big>
+<td style="background-color:darkseagreen;" width=15px align="center"><big>G</big>
-<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x''</big>
+<td style="background-color:Blue; color:white" width=15px align="center"><big>''p''</big>
-<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x''</big>
+<td style="background-color:Blue; color:white" width=15px align="center"><big>''p''</big>
-<td style="background-color:purple; color:white" width=15px align="center"><big>''y''</big>
+<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b1''</big>
-<td style="background-color:firebrick; color:white" width=15px align="center"><big>''z''</big>
+<td style="background-color:aqua" width=15px align="center"><big>''b2''</big>
-<td style="background-color:firebrick; color:white" width=15px align="center"><big>''z''</big>
+<td style="background-color:gray;" width=15px align="center"><big>'':''</big>
-<td style="background-color:green; color:white" width=15px align="center"><big>''w''</big>
+<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x1''</big>
-<td style="background-color:green; color:white" width=15px align="center"><big>''w''</big>
+<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x1''</big>
-<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c''</big>
+<td style="background-color:purple; color:white" width=15px align="center"><big>''y1''</big>
-<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c''</big>
+<td style="background-color:firebrick; color:white" width=15px align="center"><big>''z1''</big>
+<td style="background-color:firebrick; color:white" width=15px align="center"><big>''z1''</big>
+<td style="background-color:green; color:white" width=15px align="center"><big>''w1''</big>
+<td style="background-color:green; color:white" width=15px align="center"><big>''w1''</big>
+<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c1''</big>
+<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c1''</big>
+<td style="background-color:gray;" width=15px align="center"><big>'':''</big>
+<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x2''</big>
+<td style="background-color:tomato; color:white" width=15px align="center"><big>''x2''</big>
+<td style="background-color:purple; color:white" width=15px align="center"><big>''y2''</big>
+<td style="background-color:firebrick; color:white" width=15px align="center"><big>''z2''</big>
+<td style="background-color:firebrick; color:white" width=15px align="center"><big>''z2''</big>
+<td style="background-color:green; color:white" width=15px align="center"><big>''w2''</big>
+<td style="background-color:green; color:white" width=15px align="center"><big>''w2''</big>
+<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c2''</big>
+<td style="background-color:white;" width=15px align="center"><big>''c2''</big>
 </tr>
 </table>
 </center>
 {{Twocolumn|
-* ''x'' ... carbon chain length
+* ''p'' ... number of attached sugars(Glyceroglycolipid) or code of pola head group(Glycerophospholipid)
-* ''y'' ... degree of unsaturation
+* ''b1'' ... type of binding to Fatty acyl-1(LBF1)
-* ''z'' ... position of n−''z'' (n minus z; also ω−z or omega-z) nomenclature
+* ''b2'' ... type of binding to Fatty acyl-2(LBF2)
-* ''w'' ... number of attached sugars (inositol is counted too)
-* ''c'' ... serial number
+* ''x1'' ... carbon chain length(LBF1)
+* ''y1'' ... degree of unsaturation(LBF1)
+* ''z1'' ... position of n－''z'' (n minus z; also ω－z or omega-z) nomenclature(LBF1)
+* ''w1'' ... structure type(LBF1)
+* ''c1'' ... serial number(LBF1)
+* ''x2'' ... carbon chain length(LBF2)
+* ''y2'' ... degree of unsaturation(LBF2)
+* ''z2'' ... position of n－''z'' (n minus z; also ω－z or omega-z) nomenclature(LBF2)
+* ''w2'' ... structure type(LBF2)
+* ''c2'' ... serial number(LBF2)
+|
+* ''p'' ... 修飾する糖の個数 (Glyceroglycolipid)もしくはポーラヘッドグループの記号(Glycerophospholipid)
+* ''b1'' ... 脂肪酸1(LBF1)の結合のタイプ
+* ''b2'' ... 脂肪酸2(LBF2)の結合のタイプ
+* ''x1'' ... 炭素鎖長(LBF1)
+* ''y1'' ... 不飽和度(LBF1)
+* ''z1'' ... n－''z'' (またはω－zやomega-z)　における数(LBF1)
+* ''w1'' ... 骨格のタイプ(LBF1)
+* ''c1'' ... 通し番号(LBF1)
+* ''x2'' ... 炭素鎖長(LBF2)
+* ''y2'' ... 不飽和度(LBF2)
+* ''z2'' ... n－''z'' (またはω－zやomega-z)　における数(LBF2)
+* ''w2'' ... 骨格のタイプ(LBF2)
+* ''c2'' ... 通し番号(LBF2)
+}}
+==Classification by number of sugars or pola head group<small>糖の個数もしくはポーラヘッドグループによる分類</small>==
+{{Twocolumn|
+There are 2 digit of number of attached sugars (Glyceroglycolipid) or code of pola head group (Glycerophospholipid) .
+Phosphatidylinositol is treated as Glycerophospholipid.
 |
-* ''x'' ... 炭素鎖長
+Glyceroglycolipidに関しては結合している糖の総数を2桁の数字で、Glycerophospholipidに関してはポーラヘッドグループを2桁の記号で記載してあります。
-* ''y'' ... 不飽和度
+なお、Phosphatidylinositolについては、糖脂質ではありますがGlycerophospholipidとしての扱いとなるため、PIの記号が入ってます。
-* ''z'' ... n−''z'' (またはω−zやomega-z)　における数
-* ''w'' ... 修飾する糖の個数 (イノシトールも入れる)
-* ''c'' ... 通し番号
 }}
+<center>
+{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
+|+ Table 1. Classification by number of sugars or pola head group
+|- valign="top"
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG01|01: 糖の数1<br>}}<br>[[Image:LBG01.png|100px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG02|02: 糖の数2<br>}}<br>[[Image:LBG02.png|120px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG03|03: 糖の数3<br>}}<br>[[Image:LBG03.png|120px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG04|04: 糖の数4<br>}}<br>[[Image:LBG04.png|120px]]
+|- valign="top"
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG05|05: 糖の数5<br>}}<br>[[Image:LBG05.png|180px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG06|06: 糖の数6<br>}}<br>[[Image:LBG06.png|180px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG25|25: 糖の数25<br>}}<br><br>[[Image:LBG25.png|130px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG00|00: 糖の数0, other <br>Glycerolipid<br>}}<br>[[Image:LBG00.png|100px]]
+|- valign="top"
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPC|PC: <br>Phosphocholine<br>}}<br>[[Image:LBGPC.png|200px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPS|PS: <br>Phosphatidylserine<br>}}<br>[[Image:LBGPS.png|200px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPI|PI: <br>Phosphatidylinositol<br>}}<br>[[Image:LBGPI.png|155px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPE|PE: <br>Phosphatidylethanolamine<br>}}<br>[[Image:LBGPE.png|190px]]
+|- valign="top"
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBGPx|Px: other <br>Glycerophospholipid<br>}}<br>[[Image:LBGPx.png|110px]]
+|align="center"|
+|align="center"|
+|align="center"|
+|}
+</center>
+==Classification by type of binding to Fatty acyl-1 <small>脂肪酸1の結合のタイプによる分類</small>==
+{{Twocolumn|
+|
+}}
+<center>
+{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
+|+ Table 2. Classification by type of binding to Fatty acyl-1
+|- valign="top"
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..C|C: Acyl <br>group<br>}}<br><br>[[Image:LBG--C.png|110px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..K|K: Alkyl <br>group<br>}}<br><br>[[Image:LBG--K.png|110px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..N|N: Alkenyl <br>group<br>}}<br><br>[[Image:LBG--N.png|110px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..G|G: Glycosyl <br>group<br>}}<br><br>[[Image:LBG--G.png|100px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG..P|P: Phosphoryl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG--P.png|140px]]
+|}
+</center>
+==Classification by type of binding to Fatty acyl-2 <small>脂肪酸2の結合のタイプによる分類</small>==
+{{Twocolumn|
+|
+}}
+<center>
+{| class="wikitable" border="1" cellpadding="2" cellspacing="1" margin: 1em 1em 1em 1em"
+|+ Table 3. Classification by type of binding to Fatty acyl-2
+|- valign="top"
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...C|C: Acyl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG---C.png|110px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...K|K: Alkyl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG---K.png|110px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...N|N: Alkenyl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG---N.png|110px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...G|G: Glycosyl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG---G.png|100px]]
+|align="center"| {{MapLink|ListMol|LBG...P|P: Phosphoryl <br>group<br>}}<br>[[Image:LBG---P.png|140px]]
+|}
+</center>