Lipidbank wiki:Status2v1.39

動作していないがリストにないページや、対応済みとなっているが表示や動作がおかしいページがあれば、「mediawiki ver1.39への対応状況」やテーブルの「コメント」欄に追記してください。

wikiの書き方に慣れていなければ、この下の「コメント（自由記述）」に追記してください。

mediawiki ver1.39への対応状況

• 2023/01/31 要チェックリストを追加(Suwa)、Category:LBGAを再修正(Suwa)、全Volatileの修正が完了(Suwa)
• 2023/01/30 全Cateogryの修正が完了(Suwa)
• 2023/01/26 Cateogry:LBGAを修正(Suwa)
• 2023/01/25 このページを作成(Suwa)

対応状況

• 現在、39/70(うち1件保留)が完了。
• 現在、40件+αが要チェック。
• テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。

番号	ページ	対応	対応内容	コメント
1	Category:LBS/Search	2023/01/25対応	・HTMLForm extensionをv1.39に対応 ・javascriptが動くよう修正 ・Volatile機能をHTMLFormだけで実現 ・luaがmediawikiにバンドルされたので、そのluaで動くよう修正 ・Persistは動かないので、AllChainsへのページリンクだけ表示 ・Template:LBS/FormatSugarのluaをModule:LBSに移して使用(Template:LBS/FormatSugarは不要) ・defTempが使えないため、Template:GetIconを追加・「Search from Structure」のリンク先(Volatile:ListMol/LBS)にてアイコンが表示されていない問題は未対応 ・Search from Structureで「<sub>」がそのまま表示されている。 (追加)Module:LBS, Template:GetIcon (廃止)Template:LBS/FormatSugar	(Category:LBS/Searchのコメントはここに記述)
2	Category:LBA	不要	Category:LBGAへのリダイレクトのため	(Category:LBAのコメントはここに記述)
3	Category:LBS	2023/01/30対応	・luaをModule:LBSにFomatSugar()として移動 ・volatileの修正 ・volatileの機能修正により、引数をencodeが不要に	(Category:LBSのコメントはここに記述)
4	Category:LBGAD	2023/01/30対応	・Template:ListMolを修正 ・Template:FormatNameのluaをModule:Commonに移動 (追加)Module:Common	(Category:LBGADのコメントはここに記述)
5	Category:LBGAC	2023/01/30対応	・luaをModule:LBGAにGroupTable()として移動	(Category:LBGACのコメントはここに記述)
6	Category:LBGA	2023/01/26対応 2023/01/31追加修正	・luaプログラムをModule:LBGAに切り分け ・「Species-Structure Relationship」テーブルのリンク先(Volatile:ListMolByReference)は未対応 ・volatileの表記を修正 (追加)Module:LBGA	(Category:LBGAのコメントはここに記述)
7	Category:LBGAA	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(Category:LBGAAのコメントはここに記述)
8	Category:LBG	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正 ・Template:MapLinkを修正	(Category:LBGのコメントはここに記述)
9	Category:LBF	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(Category:LBFのコメントはここに記述)
10	Volatile:AuthorSummary	2023/01/30対応 (グラフのみ保留)	・luaをModule:AuthorSummaryへ移動 ・グラフ表示はどう対応するか検討 (追加)Module:AuthorSummary	(Volatile:AuthorSummaryのコメントはここに記述)
11	Volatile:ClassMatrix	2023/01/30対応	・luaをModule:ClassMatrixへ移動 ・Template:ClassMatrix/CreateRowのvolatileの表記を修正 (追加)Module:ClassMatrix	(11のコメントはここに記述)
12	Volatile:JAS/Genes	2023/01/31対応	・volatileの表記を修正 ・luaをModule:JASに移動 (追加)Module:JAS	(12のコメントはここに記述)
13	Volatile:ListField	2023/01/30対応 動作未確認	・luaをModule/ListFieldに移動 ・volatileの表記を修正 (ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず) (追加)Module:ListField	(13のコメントはここに記述)
14	Volatile:ListMol/LBS	2023/01/30対応	・{{{1}}}を{{#get:1}}に変更 ・アイコン画像が表示されるよう対応予定	(14のコメントはここに記述)
15	Volatile:ListMol/LBStitle	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(15のコメントはここに記述)
16	Volatile:ListMolByField	2023/01/30対応 動作未確認	・volatileの表記を修正 (ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)	(16のコメントはここに記述)
17	Volatile:ListMolByReference	2023/01/30対応	・luaをModule:CommonにListMolByReference()として移動	(17のコメントはここに記述)
18	Volatile:ListPage	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(18のコメントはここに記述)
19	Volatile:ListRef	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(19のコメントはここに記述)
20	Volatile:ListRefOfID	2023/01/31対応	・luaをModule:ListRefOfIDに移動 (追加)Module:ListRefOfID	(20のコメントはここに記述)
21	Volatile:ListStructures	不要		(21のコメントはここに記述)
22	Volatile:ShowField	2023/01/30対応	・他の修正に連動して完了	(22のコメントはここに記述)
23	Volatile:StructureSearch	2023/01/30対応 動作未確認	・volatileの表記を修正	(23のコメントはここに記述)
24	Volatile:VolatileTest	不要		(24のコメントはここに記述)
25	MediaWiki:AdvancedLBSSearch.js			(25のコメントはここに記述)
26	MediaWiki:CalculateMass.js	未使用のため保留		(26のコメントはここに記述)
27	MediaWiki:Common.css	2023/01/25対応	・volatileリンクの見た目のスタイルを追加	(27のコメントはここに記述)
28	MediaWiki:Common.js	2023/01/25対応	・現在の構成で動作するよう修正	(28のコメントはここに記述)
29	MediaWiki:GlycosphingolipidMassCalculator.js	2023/01/25対応	・クラス化して、現在の構成で動作するよう修正	(29のコメントはここに記述)
30	MediaWiki:GlyphEditor.js			(30のコメントはここに記述)
31	MediaWiki:GoogleAPI.js	未使用のため保留		(31のコメントはここに記述)
32	MediaWiki:JBrowse.js			(32のコメントはここに記述)
33	MediaWiki:LBSSearch.js	2023/01/25対応	・クラス化して、現在の構成で動くよう修正	(33のコメントはここに記述)
34	MediaWiki:Lipoquality.js			(34のコメントはここに記述)
35	MediaWiki:LipoqualityChart.js			(35のコメントはここに記述)
36	MediaWiki:LipoqualityCommon.js			(36のコメントはここに記述)
37	MediaWiki:LipoqualityGet.js			(37のコメントはここに記述)
38	MediaWiki:LipoqualitySearch.js			(38のコメントはここに記述)
39	MediaWiki:PathwayEditor.js			(39のコメントはここに記述)
40	MediaWiki:PathwayEditorHandler.js			(40のコメントはここに記述)
41	Template:MapLink	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(Template:MapLinのコメントはここに記述)
42	Template:LBGA/GroupTable	2023/01/30対応	・luaをModule:LBGAへ移動	(Template:LBGA/GroupTableのコメントはここに記述)
43	Template:Glycolipid/distribution	2023/01/30対応	・defTempが使えないため、Template:GetIconを作成 (追加)Template:GetIcon	(Template:Glycolipid/distributionのコメントはここに記述)
44	Template:FormatName	2023/01/30対応	・luaをModule:Commonに移動	(Template:FormatNameのコメントはここに記述)
45	Template:ClassMatrix/CreateRow	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(Template:ClassMatrix/CreateRowのコメントはここに記述)
46	Template:JournalTitle/TableRow3	2023/01/30対応	・volatileの表記を修正	(Template:JournalTitle/TableRow3のコメントはここに記述)
47	Template:JAS/MutationStat	2023/01/31対応	・luaをModule:JASへ移動	(Template:JAS/MutationStatのコメントはここに記述)
48	Template:JAS/AllMutation	2023/01/31対応	・luaをModule:JASへ移動	(Template:JAS/AllMutationのコメントはここに記述)
49	Template:AuthorSummary	2023/01/31対応	・volatileの表記を修正	(Template:AuthorSummaryのコメントはここに記述)
50	Index:LBGA			(Index:LBGAのコメントはここに記述)
51	JAS:Home			(JAS:Homeのコメントはここに記述)
52	Template:ClassMatrix			(Template:ClassMatrixのコメントはここに記述)
53	Template:CountryTable			(Template:CountryTableのコメントはここに記述)
54	Template:Glycolipid			(Template:Glycolipidのコメントはここに記述)
55	Template:JAS/GeneList/LinkPage			(Template:JAS/GeneList/LinkPageのコメントはここに記述)
56	Template:ListAllChains			(Template:ListAllChainsのコメントはここに記述)
57	Template:ListPage			(Template:ListPageのコメントはここに記述)
58	Template:Map/Glycerophospholipid			(Template:Map/Glycerophospholipidのコメントはここに記述)
59	Template:Map/Glycerophospholipid/Expression			(Template:Map/Glycerophospholipid/Expressionのコメントはここに記述)
60	Template:Map/Glycerophospholipid/GetValues			(Template:Map/Glycerophospholipid/GetValuesのコメントはここに記述)
61	Template:Metabolite			(Template:Metaboliteのコメントはここに記述)
62	Template:Reference/AuthorLink			(Template:Reference/AuthorLinkのコメントはここに記述)
63	Template:RelationTable			(Template:RelationTableのコメントはここに記述)
64	Template:TableRow3			(Template:TableRow3のコメントはここに記述)
65	Template:TableRow3/Country			(Template:TableRow3/Countryのコメントはここに記述)
66	Template:TableRow6/author			(Template:TableRow6/authorのコメントはここに記述)
67	Template:TableRow6/authorSub			(Template:TableRow6/authorSubのコメントはここに記述)
68	Template:Taguchi/LinkItem			(Template:Taguchi/LinkItemのコメントはここに記述)
69	Template:Taguchi/LinkItems			(のコメントはここに記述)
70	Template:Toyama/Matrix			(のコメントはここに記述)

開発用メモ

• volatileは以下のように記述方法を変更

- リンク元での書き方

[[volatile:volatileページ|引数群|リンク表示名}}
↓
{{#volatile:volatileページ|リンク表示名|引数1|引数2|...|引数N}}

e.g. {{#volatile:ListMol/LBS|Blood group A|Structure=GalNAca1-3\(Fuca1-2\)Galb1-3GlcNAcb1-3}}

- リンク先での書き方

{{{1}}}
↓
{{#get:1}}

• luaについて

- luaがmediawikiにバンドルされたので、すぐに使える状態になっている。

- スクリプトはModule名前空間に記述する

- Module名前空間のコンテンツモデルを「Scribunto」に変更する必要がある。

- 基本構文は以下の通り(一番目の引数を返すだけの関数)

local getArgs = require('Module:Arguments').getArgs; -- 引数を受け取るための機能呼び出し
local defArgs = require('Module:Arguments').defaultArgs; -- 引数のnil確認からデフォルト引数の処理を行う
local lbs = {}; -- lbsとしているが、この名前は何でも良い。

function lbs.FormatSugar( frame ) -- 関数を定義
 local args = defArgs(getArgs(frame), 1, ""); -- 引数を取得(defArgs(getArgs(frame), 必要な引数の個数, 引数1のデフォルト値, 引数2のデフォルト値, ...,  引数Nのデフォルト値)

  return args[1] -- 出力したい文字列を返す
end

return lbs; -- 関数定義したモジュールを返す

- 呼び出し方は以下の通り

{{#invoke:Module名前空間のページ|関数名|引数1|引数2|...|引数3}}

e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}

要対応

1. Template:LBS/AbbrevTable/Row(LBS/FormatSugarを呼び出してる)
2. Template:LBS/FormatSugar -> Module:FormatSugarを呼び出せば良い？

1. Template:ListRefOfID -> Module:ListReOfIDと一緒？

1. Template:FL digit56 -> Module:FL_digit
2. Template:FL digit56with78
3. Template:FL digit78

1. Template:LBFA digit910Table/Row
2. Template:LBF digit910Table
3. Template:LBF digit910Table/Row

1. Template:Glycolipid/OldLBLink -> httpをhttpsに変更
2. Template:JCBL/Header

1. Template:GlyphEditor -> GlyphEditor.jsと一緒に

要確認

1. Template:Index/author
2. Template:Index/formula
3. Template:Index/mass
4. Template:Index/name
5. Template:Index/persist
6. Template:Percent2Color
7. Template:Search/Checkbox

未使用

1. Template:EditButton
2. Template:EditButton/CheckList
3. Template:LambdaTest

修正の必要はないが、エラーで表示できない

1. Template:List Description/Body
2. Template:List Description/SetAnchor
3. Template:List Image/Body
4. Template:List Image/NameList
5. Template:List Links
6. Template:Metabolite/NameList
7. Template:Metabolite/SpeciesLink
8. Template:Reference/RefAbbrev
9. Template:RelationTable/GetNames
10. Template:TreeClass/ListSpecies

要チェック

1. Lipoquality名前空間