Lipidbank wiki:Status2v1.39

Revision as of 05:00, 31 January 2023 by Editor (talk | contribs)

動作していないがリストにないページや、対応済みとなっているが表示や動作がおかしいページがあれば、「mediawiki ver1.39への対応状況」やテーブルの「コメント」欄に追記してください。

wikiの書き方に慣れていなければ、この下の「コメント（自由記述）」に追記してください。

コメント(自由記述)

mediawiki ver1.39への対応状況

  • 2023/01/31 要チェックリストを追加(Suwa)、Category:LBGAを再修正(Suwa)、全Volatileの修正が完了(Suwa)
  • 2023/01/30 全Cateogryの修正が完了(Suwa)
  • 2023/01/26 Cateogry:LBGAを修正(Suwa)
  • 2023/01/25 このページを作成(Suwa)

対応状況

  • 現在、39/49(うち1件保留)が完了。
  • 現在、148件+αが要チェック。
  • テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。
番号 ページ 対応 対応内容 コメント
1 Category:LBS/Search 2023/01/25対応 ・HTMLForm extensionをv1.39に対応
・javascriptが動くよう修正
・Volatile機能をHTMLFormだけで実現
・luaがmediawikiにバンドルされたので、そのluaで動くよう修正
・Persistは動かないので、AllChainsへのページリンクだけ表示
・Template:LBS/FormatSugarのluaをModule:LBSに移して使用(Template:LBS/FormatSugarは不要)
・defTempが使えないため、Template:GetIconを追加・「Search from Structure」のリンク先(Volatile:ListMol/LBS)にてアイコンが表示されていない問題は未対応
・Search from Structureで「<sub>」がそのまま表示されている。
(追加)Module:LBS, Template:GetIcon
(廃止)Template:LBS/FormatSugar		 (Category:LBS/Searchのコメントはここに記述)
2 Category:LBA 不要 Category:LBGAへのリダイレクトのため (Category:LBAのコメントはここに記述)
3 Category:LBS 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBSにFomatSugar()として移動
・volatileの修正
・volatileの機能修正により、引数をencodeが不要に		 (Category:LBSのコメントはここに記述)
4 Category:LBGAD 2023/01/30対応 ・Template:ListMolを修正
・Template:FormatNameのluaをModule:Commonに移動
(追加)Module:Common		 (Category:LBGADのコメントはここに記述)
5 Category:LBGAC 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBGAにGroupTable()として移動 (Category:LBGACのコメントはここに記述)
6 Category:LBGA 2023/01/26対応
2023/01/31追加修正		 ・luaプログラムをModule:LBGAに切り分け
・「Species-Structure Relationship」テーブルのリンク先(Volatile:ListMolByReference)は未対応
・volatileの表記を修正
(追加)Module:LBGA		 (Category:LBGAのコメントはここに記述)
7 Category:LBGAA 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Category:LBGAAのコメントはここに記述)
8 Category:LBG 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正
・Template:MapLinkを修正		 (Category:LBGのコメントはここに記述)
9 Category:LBF 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Category:LBFのコメントはここに記述)
10 Volatile:AuthorSummary 2023/01/30対応
(グラフのみ保留)		 ・luaをModule:AuthorSummaryへ移動
・グラフ表示はどう対応するか検討
(追加)Module:AuthorSummary		 (Volatile:AuthorSummaryのコメントはここに記述)
11 Volatile:ClassMatrix 2023/01/30対応 ・luaをModule:ClassMatrixへ移動
・Template:ClassMatrix/CreateRowのvolatileの表記を修正
(追加)Module:ClassMatrix		 (11のコメントはここに記述)
12 Volatile:JAS/Genes 2023/01/31対応 ・volatileの表記を修正
・luaをModule:JASに移動
(追加)Module:JAS		 (12のコメントはここに記述)
13 Volatile:ListField 2023/01/30対応
動作未確認		 ・luaをModule/ListFieldに移動
・volatileの表記を修正
(ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)
(追加)Module:ListField		 (13のコメントはここに記述)
14 Volatile:ListMol/LBS 2023/01/30対応 ・{{{1}}}を{{#get:1}}に変更
・アイコン画像が表示されるよう対応予定		 (14のコメントはここに記述)
15 Volatile:ListMol/LBStitle 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (15のコメントはここに記述)
16 Volatile:ListMolByField 2023/01/30対応
動作未確認		 ・volatileの表記を修正
(ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)		 (16のコメントはここに記述)
17 Volatile:ListMolByReference 2023/01/30対応 ・luaをModule:CommonにListMolByReference()として移動 (17のコメントはここに記述)
18 Volatile:ListPage 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (18のコメントはここに記述)
19 Volatile:ListRef 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (19のコメントはここに記述)
20 Volatile:ListRefOfID 2023/01/31対応 ・luaをModule:ListRefOfIDに移動
(追加)Module:ListRefOfID		 (20のコメントはここに記述)
21 Volatile:ListStructures 不要 (21のコメントはここに記述)
22 Volatile:ShowField 2023/01/30対応 ・他の修正に連動して完了 (22のコメントはここに記述)
23 Volatile:StructureSearch 2023/01/30対応
動作未確認		 ・volatileの表記を修正 (23のコメントはここに記述)
24 Volatile:VolatileTest 不要 (24のコメントはここに記述)
25 MediaWiki:AdvancedLBSSearch.js (25のコメントはここに記述)
26 MediaWiki:CalculateMass.js 未使用のため保留 (26のコメントはここに記述)
27 MediaWiki:Common.css 2023/01/25対応 ・volatileリンクの見た目のスタイルを追加 (27のコメントはここに記述)
28 MediaWiki:Common.js 2023/01/25対応 ・現在の構成で動作するよう修正 (28のコメントはここに記述)
29 MediaWiki:GlycosphingolipidMassCalculator.js 2023/01/25対応 ・クラス化して、現在の構成で動作するよう修正 (29のコメントはここに記述)
30 MediaWiki:GlyphEditor.js (30のコメントはここに記述)
31 MediaWiki:GoogleAPI.js 未使用のため保留 (31のコメントはここに記述)
32 MediaWiki:JBrowse.js (32のコメントはここに記述)
33 MediaWiki:LBSSearch.js 2023/01/25対応 ・クラス化して、現在の構成で動くよう修正 (33のコメントはここに記述)
34 MediaWiki:Lipoquality.js (34のコメントはここに記述)
35 MediaWiki:LipoqualityChart.js (35のコメントはここに記述)
36 MediaWiki:LipoqualityCommon.js (36のコメントはここに記述)
37 MediaWiki:LipoqualityGet.js (37のコメントはここに記述)
38 MediaWiki:LipoqualitySearch.js (38のコメントはここに記述)
39 MediaWiki:PathwayEditor.js (39のコメントはここに記述)
40 MediaWiki:PathwayEditorHandler.js (40のコメントはここに記述)
41 Template:MapLink 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Template:MapLinのコメントはここに記述)
42 Template:LBGA/GroupTable 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBGAへ移動 (Template:LBGA/GroupTableのコメントはここに記述)
43 Template:Glycolipid/distribution 2023/01/30対応 ・defTempが使えないため、Template:GetIconを作成
(追加)Template:GetIcon		 (Template:Glycolipid/distributionのコメントはここに記述)
44 Template:FormatName 2023/01/30対応 ・luaをModule:Commonに移動 (Template:FormatNameのコメントはここに記述)
45 Template:ClassMatrix/CreateRow 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Template:ClassMatrix/CreateRowのコメントはここに記述)
46 Template:JournalTitle/TableRow3 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Template:JournalTitle/TableRow3のコメントはここに記述)
47 Template:JAS/MutationStat 2023/01/31対応 ・luaをModule:JASへ移動 (Template:JAS/MutationStatのコメントはここに記述)
48 Template:JAS/AllMutation 2023/01/31対応 ・luaをModule:JASへ移動 (Template:JAS/AllMutationのコメントはここに記述)
49 Template:AuthorSummary 2023/01/31対応 ・volatileの表記を修正 (Template:AuthorSummaryのコメントはここに記述)
50 Index:LBGA (Index:LBGAのコメントはここに記述)
51 JAS:Home (JAS:Homeのコメントはここに記述)

開発用メモ

  • volatileは以下のように記述方法を変更

- リンク元での書き方 

[[volatile:volatileページ|引数群|リンク表示名}}
↓
{{#volatile:volatileページ|リンク表示名|引数1|引数2|...|引数N}}

e.g. {{#volatile:ListMol/LBS|Blood group A|Structure=GalNAca1-3\(Fuca1-2\)Galb1-3GlcNAcb1-3}}

- リンク先での書き方 

{{{1}}}
↓
{{#get:1}}
  • luaについて

- luaがmediawikiにバンドルされたので、すぐに使える状態になっている。

- スクリプトはModule名前空間に記述する

- Module名前空間のコンテンツモデルを「Scribunto」に変更する必要がある。

- 基本構文は以下の通り(一番目の引数を返すだけの関数) 

local getArgs = require('Module:Arguments').getArgs; -- 引数を受け取るための機能呼び出し
local defArgs = require('Module:Arguments').defaultArgs; -- 引数のnil確認からデフォルト引数の処理を行う
local lbs = {}; -- lbsとしているが、この名前は何でも良い。

function lbs.FormatSugar( frame ) -- 関数を定義
 local args = defArgs(getArgs(frame), 1, ""); -- 引数を取得(defArgs(getArgs(frame), 必要な引数の個数, 引数1のデフォルト値, 引数2のデフォルト値, ...,  引数Nのデフォルト値)

  return args[1] -- 出力したい文字列を返す
end

return lbs; -- 関数定義したモジュールを返す

- 呼び出し方は以下の通り 

{{#invoke:Module名前空間のページ|関数名|引数1|引数2|...|引数3}}

e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}

要対応

  1. Template:ClassMatrix
  2. Template:CountryTable
  3. Template:Glycolipid
  1. Template:FL digit56 -> Module:FL_digit
  2. Template:FL digit56with78
  3. Template:FL digit78
  1. Template:Glycolipid/OldLBLink -> httpをhttpsに変更
  1. Template:GlyphEditor -> GlyphEditor.jsと一緒に

==要確認== persit

  1. Template:Index/author
  2. Template:Index/formula
  3. Template:Index/mass
  4. Template:Index/name
  5. Template:Index/persist

未使用

  1. Template:EditButton
  2. Template:EditButton/CheckList

要チェック

  1. Template:InternalMolLink
  2. Template:InternalMolLink/LBS
  3. Template:InternalMolLink/LBStitle
  4. Template:InternalMolLink2
  5. Template:InternalRefLink
  6. Template:InternalRefLinkJAS
  7. Template:JAS/Error/NonJapanese
  8. Template:JAS/GeneList/LinkPage
  9. Template:JAS/GeneList/Row
  10. Template:JAS/MutationTable
  11. Template:JAS/MutationTable/Row2
  12. Template:JAS/MutationTable/Row3
  13. Template:JASReference
  14. Template:JCBL/Header
  15. Template:LB/Header
  16. Template:LBFA digit910Table/Row
  17. Template:LBF digit910Table
  18. Template:LBF digit910Table/Row
  19. Template:LBGAC/Table
  20. Template:LBGPC
  21. Template:LBS/6HCer
  22. Template:LBS/6HSph
  23. Template:LBS/AbbrevRow
  24. Template:LBS/AbbrevTable/Row
  25. Template:LBS/Cer
  26. Template:LBS/DHCer
  27. Template:LBS/DHSph
  28. Template:LBS/FormatSugar
  29. Template:LBS/PhytoCer
  30. Template:LBS/PhytoSph
  31. Template:LBS/Sph
  32. Template:LambdaTest
  33. Template:Large
  34. Template:LinkCategoryPage
  35. Template:Lipid/Footer
  36. Template:Lipid/Header
  37. Template:ListAllChains
  38. Template:ListItem
  39. Template:ListMainchain
  40. Template:ListMol
  41. Template:ListMol2
  42. Template:ListPage
  43. Template:ListPage/Link
  44. Template:ListRefOfID
  45. Template:List Country
  46. Template:List Country/CountAuthor
  47. Template:List Country/inst rank
  48. Template:List Country/rank
  49. Template:List Country/sub
  50. Template:List Country/sub2
  51. Template:List Description
  52. Template:List Description/Body
  53. Template:List Description/SetAnchor
  54. Template:List Image
  55. Template:List Image/Body
  56. Template:List Image/NameList
  57. Template:List Links
  58. Template:List Links/Body
  59. Template:List Usage
  60. Template:List Usage/Body
  61. Template:List item
  62. Template:Map/Ether phospholipid
  63. Template:Map/Glycerophospholipid
  64. Template:Map/Glycerophospholipid/Expression
  65. Template:Map/Glycerophospholipid/GetValues
  66. Template:Map/Instruction
  67. Template:Map/MetaboliteSink
  68. Template:Map/MetaboliteSource
  69. Template:Map/Phospholipid degradation
  70. Template:Map/Reaction/Down
  71. Template:Map/ReactionDown
  72. Template:Map/ReactionDown35
  73. Template:Map/ReactionDown35inout
  74. Template:Map/ReactionDownFromLeft
  75. Template:Map/ReactionDownFromRight
  76. Template:Map/ReactionLeft
  77. Template:Map/ReactionLeftDown
  78. Template:Map/ReactionLeftDown2
  79. Template:Map/ReactionLeftRight
  80. Template:Map/ReactionLongLeft
  81. Template:Map/ReactionLongRight
  82. Template:Map/ReactionRight
  83. Template:Map/ReactionRightDown
  84. Template:Map/ReactionUp
  85. Template:Map/ReactionUpDown
  86. Template:Map/Sphingolipid
  87. Template:MassbankSpectra
  88. Template:MassbankSpectrum
  89. Template:Matrix/Row5
  90. Template:Metabolite
  91. Template:Metabolite/Item
  92. Template:Metabolite/NameList
  93. Template:Metabolite/SpeciesLink
  94. Template:Metabolite/SpeciesList
  95. Template:MethodInfo
  96. Template:Methods/Table/List2
  97. Template:NameFormat
  98. Template:NextLetter
  99. Template:NoticePastConference
  100. Template:PMID
  101. Template:PaperInfo
  102. Template:Percent2Color
  103. Template:PersistTest
  104. Template:PersistTest2
  105. Template:PrevLetter
  106. Template:Reference
  107. Template:Reference/AuthorLink
  108. Template:Reference/Link
  109. Template:Reference/PreTable
  110. Template:Reference/RefAbbrev
  111. Template:Reference/Table
  112. Template:ReferencePDF
  113. Template:RelationTable
  114. Template:RelationTable/GetFirstAuthor
  115. Template:RelationTable/GetNames
  116. Template:RelationTable2
  117. Template:RepeatSearchTitle
  118. Template:Sci Class
  119. Template:Search/Checkbox
  120. Template:Search/Item
  121. Template:SearchLink
  122. Template:SearchLink/Main
  123. Template:SearchLink/Reference
  124. Template:SearchTitle
  125. Template:ShowField/Item
  126. Template:SpeciesMetaboliteRow
  127. Template:StructureItem
  128. Template:TableRow10
  129. Template:TableRow3
  130. Template:TableRow3/Country
  131. Template:TableRow6
  132. Template:TableRow6/author
  133. Template:TableRow6/authorSub
  134. Template:Taguchi/Header
  135. Template:Taguchi/LinkItem
  136. Template:Taguchi/LinkItems
  137. Template:Taguchi/Summary/Row
  138. Template:Taguchi/Table/Row2
  139. Template:Taguchi/Table/Row3
  140. Template:Taguchi/Table/Row4
  141. Template:Taguchi/Table/Row5
  142. Template:Toyama/HeatMatrixCell
  143. Template:Toyama/HeatMatrixRow
  144. Template:Toyama/Matrix
  145. Template:Toyama/Matrix/Row
  146. Template:TreeClass/ListSpecies
  147. Template:Twocolumn
  148. Template:WrittenBy
  149. Lipoquality名前空間
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