Lipidbank wiki:Status2v1.39

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動作していないがリストにないページや、対応済みとなっているが表示や動作がおかしいページがあれば、「mediawiki ver1.39への対応状況」やテーブルの「コメント」欄に追記してください。

wikiの書き方に慣れていなければ、この下の「コメント（自由記述）」に追記してください。

コメント(自由記述)

mediawiki ver1.39への対応状況

  • 2023/01/31 要チェックリストを追加(Suwa)、Category:LBGAを再修正(Suwa)、全Volatileの修正が完了(Suwa)
  • 2023/01/30 全Cateogryの修正が完了(Suwa)
  • 2023/01/26 Cateogry:LBGAを修正(Suwa)
  • 2023/01/25 このページを作成(Suwa)

対応状況

  • 現在、39/70(うち1件保留)が完了。
  • 現在、40件+αが要チェック。
  • テーブルヘッダの「対応」セルをクリックして並べ替えることで、対応済み項目だけまとめて表示可能。
番号 ページ 対応 対応内容 コメント
1 Category:LBS/Search 2023/01/25対応 ・HTMLForm extensionをv1.39に対応
・javascriptが動くよう修正
・Volatile機能をHTMLFormだけで実現
・luaがmediawikiにバンドルされたので、そのluaで動くよう修正
・Persistは動かないので、AllChainsへのページリンクだけ表示
・Template:LBS/FormatSugarのluaをModule:LBSに移して使用(Template:LBS/FormatSugarは不要)
・defTempが使えないため、Template:GetIconを追加・「Search from Structure」のリンク先(Volatile:ListMol/LBS)にてアイコンが表示されていない問題は未対応
・Search from Structureで「<sub>」がそのまま表示されている。
(追加)Module:LBS, Template:GetIcon
(廃止)Template:LBS/FormatSugar		 (Category:LBS/Searchのコメントはここに記述)
2 Category:LBA 不要 Category:LBGAへのリダイレクトのため (Category:LBAのコメントはここに記述)
3 Category:LBS 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBSにFomatSugar()として移動
・volatileの修正
・volatileの機能修正により、引数をencodeが不要に		 (Category:LBSのコメントはここに記述)
4 Category:LBGAD 2023/01/30対応 ・Template:ListMolを修正
・Template:FormatNameのluaをModule:Commonに移動
(追加)Module:Common		 (Category:LBGADのコメントはここに記述)
5 Category:LBGAC 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBGAにGroupTable()として移動 (Category:LBGACのコメントはここに記述)
6 Category:LBGA 2023/01/26対応
2023/01/31追加修正		 ・luaプログラムをModule:LBGAに切り分け
・「Species-Structure Relationship」テーブルのリンク先(Volatile:ListMolByReference)は未対応
・volatileの表記を修正
(追加)Module:LBGA		 (Category:LBGAのコメントはここに記述)
7 Category:LBGAA 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Category:LBGAAのコメントはここに記述)
8 Category:LBG 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正
・Template:MapLinkを修正		 (Category:LBGのコメントはここに記述)
9 Category:LBF 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Category:LBFのコメントはここに記述)
10 Volatile:AuthorSummary 2023/01/30対応
(グラフのみ保留)		 ・luaをModule:AuthorSummaryへ移動
・グラフ表示はどう対応するか検討
(追加)Module:AuthorSummary		 (Volatile:AuthorSummaryのコメントはここに記述)
11 Volatile:ClassMatrix 2023/01/30対応 ・luaをModule:ClassMatrixへ移動
・Template:ClassMatrix/CreateRowのvolatileの表記を修正
(追加)Module:ClassMatrix		 (11のコメントはここに記述)
12 Volatile:JAS/Genes 2023/01/31対応 ・volatileの表記を修正
・luaをModule:JASに移動
(追加)Module:JAS		 (12のコメントはここに記述)
13 Volatile:ListField 2023/01/30対応
動作未確認		 ・luaをModule/ListFieldに移動
・volatileの表記を修正
(ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)
(追加)Module:ListField		 (13のコメントはここに記述)
14 Volatile:ListMol/LBS 2023/01/30対応 ・{{{1}}}を{{#get:1}}に変更
・アイコン画像が表示されるよう対応予定		 (14のコメントはここに記述)
15 Volatile:ListMol/LBStitle 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (15のコメントはここに記述)
16 Volatile:ListMolByField 2023/01/30対応
動作未確認		 ・volatileの表記を修正
(ただし、どこからも呼び出されてないので動作検証できず)		 (16のコメントはここに記述)
17 Volatile:ListMolByReference 2023/01/30対応 ・luaをModule:CommonにListMolByReference()として移動 (17のコメントはここに記述)
18 Volatile:ListPage 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (18のコメントはここに記述)
19 Volatile:ListRef 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (19のコメントはここに記述)
20 Volatile:ListRefOfID 2023/01/31対応 ・luaをModule:ListRefOfIDに移動
(追加)Module:ListRefOfID		 (20のコメントはここに記述)
21 Volatile:ListStructures 不要 (21のコメントはここに記述)
22 Volatile:ShowField 2023/01/30対応 ・他の修正に連動して完了 (22のコメントはここに記述)
23 Volatile:StructureSearch 2023/01/30対応
動作未確認		 ・volatileの表記を修正 (23のコメントはここに記述)
24 Volatile:VolatileTest 不要 (24のコメントはここに記述)
25 MediaWiki:AdvancedLBSSearch.js (25のコメントはここに記述)
26 MediaWiki:CalculateMass.js 未使用のため保留 (26のコメントはここに記述)
27 MediaWiki:Common.css 2023/01/25対応 ・volatileリンクの見た目のスタイルを追加 (27のコメントはここに記述)
28 MediaWiki:Common.js 2023/01/25対応 ・現在の構成で動作するよう修正 (28のコメントはここに記述)
29 MediaWiki:GlycosphingolipidMassCalculator.js 2023/01/25対応 ・クラス化して、現在の構成で動作するよう修正 (29のコメントはここに記述)
30 MediaWiki:GlyphEditor.js (30のコメントはここに記述)
31 MediaWiki:GoogleAPI.js 未使用のため保留 (31のコメントはここに記述)
32 MediaWiki:JBrowse.js (32のコメントはここに記述)
33 MediaWiki:LBSSearch.js 2023/01/25対応 ・クラス化して、現在の構成で動くよう修正 (33のコメントはここに記述)
34 MediaWiki:Lipoquality.js (34のコメントはここに記述)
35 MediaWiki:LipoqualityChart.js (35のコメントはここに記述)
36 MediaWiki:LipoqualityCommon.js (36のコメントはここに記述)
37 MediaWiki:LipoqualityGet.js (37のコメントはここに記述)
38 MediaWiki:LipoqualitySearch.js (38のコメントはここに記述)
39 MediaWiki:PathwayEditor.js (39のコメントはここに記述)
40 MediaWiki:PathwayEditorHandler.js (40のコメントはここに記述)
41 Template:MapLink 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Template:MapLinのコメントはここに記述)
42 Template:LBGA/GroupTable 2023/01/30対応 ・luaをModule:LBGAへ移動 (Template:LBGA/GroupTableのコメントはここに記述)
43 Template:Glycolipid/distribution 2023/01/30対応 ・defTempが使えないため、Template:GetIconを作成
(追加)Template:GetIcon		 (Template:Glycolipid/distributionのコメントはここに記述)
44 Template:FormatName 2023/01/30対応 ・luaをModule:Commonに移動 (Template:FormatNameのコメントはここに記述)
45 Template:ClassMatrix/CreateRow 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Template:ClassMatrix/CreateRowのコメントはここに記述)
46 Template:JournalTitle/TableRow3 2023/01/30対応 ・volatileの表記を修正 (Template:JournalTitle/TableRow3のコメントはここに記述)
47 Template:JAS/MutationStat 2023/01/31対応 ・luaをModule:JASへ移動 (Template:JAS/MutationStatのコメントはここに記述)
48 Template:JAS/AllMutation 2023/01/31対応 ・luaをModule:JASへ移動 (Template:JAS/AllMutationのコメントはここに記述)
49 Template:AuthorSummary 2023/01/31対応 ・volatileの表記を修正 (Template:AuthorSummaryのコメントはここに記述)
50 Index:LBGA (Index:LBGAのコメントはここに記述)
51 JAS:Home (JAS:Homeのコメントはここに記述)
52 Template:ClassMatrix (Template:ClassMatrixのコメントはここに記述)
53 Template:CountryTable (Template:CountryTableのコメントはここに記述)
54 Template:Glycolipid (Template:Glycolipidのコメントはここに記述)
55 Template:JAS/GeneList/LinkPage (Template:JAS/GeneList/LinkPageのコメントはここに記述)
56 Template:ListAllChains (Template:ListAllChainsのコメントはここに記述)
57 Template:ListPage (Template:ListPageのコメントはここに記述)
58 Template:Map/Glycerophospholipid (Template:Map/Glycerophospholipidのコメントはここに記述)
59 Template:Map/Glycerophospholipid/Expression (Template:Map/Glycerophospholipid/Expressionのコメントはここに記述)
60 Template:Map/Glycerophospholipid/GetValues (Template:Map/Glycerophospholipid/GetValuesのコメントはここに記述)
61 Template:Metabolite (Template:Metaboliteのコメントはここに記述)
62 Template:Reference/AuthorLink (Template:Reference/AuthorLinkのコメントはここに記述)
63 Template:RelationTable (Template:RelationTableのコメントはここに記述)
64 Template:TableRow3 (Template:TableRow3のコメントはここに記述)
65 Template:TableRow3/Country (Template:TableRow3/Countryのコメントはここに記述)
66 Template:TableRow6/author (Template:TableRow6/authorのコメントはここに記述)
67 Template:TableRow6/authorSub (Template:TableRow6/authorSubのコメントはここに記述)
68 Template:Taguchi/LinkItem (Template:Taguchi/LinkItemのコメントはここに記述)
69 Template:Taguchi/LinkItems (のコメントはここに記述)
70 Template:Toyama/Matrix (のコメントはここに記述)

開発用メモ

  • volatileは以下のように記述方法を変更

- リンク元での書き方 

[[volatile:volatileページ|引数群|リンク表示名}}
↓
{{#volatile:volatileページ|リンク表示名|引数1|引数2|...|引数N}}

e.g. {{#volatile:ListMol/LBS|Blood group A|Structure=GalNAca1-3\(Fuca1-2\)Galb1-3GlcNAcb1-3}}

- リンク先での書き方 

{{{1}}}
↓
{{#get:1}}
  • luaについて

- luaがmediawikiにバンドルされたので、すぐに使える状態になっている。

- スクリプトはModule名前空間に記述する

- Module名前空間のコンテンツモデルを「Scribunto」に変更する必要がある。

- 基本構文は以下の通り(一番目の引数を返すだけの関数) 

local getArgs = require('Module:Arguments').getArgs; -- 引数を受け取るための機能呼び出し
local defArgs = require('Module:Arguments').defaultArgs; -- 引数のnil確認からデフォルト引数の処理を行う
local lbs = {}; -- lbsとしているが、この名前は何でも良い。

function lbs.FormatSugar( frame ) -- 関数を定義
 local args = defArgs(getArgs(frame), 1, ""); -- 引数を取得(defArgs(getArgs(frame), 必要な引数の個数, 引数1のデフォルト値, 引数2のデフォルト値, ...,  引数Nのデフォルト値)

  return args[1] -- 出力したい文字列を返す
end

return lbs; -- 関数定義したモジュールを返す

- 呼び出し方は以下の通り 

{{#invoke:Module名前空間のページ|関数名|引数1|引数2|...|引数3}}

e.g. {{#invoke:LBS|FormatSugar|GalNAca1-3(Fuca1-2)Galb1-3GlcNAcb1-3-R}}

要対応

  1. Template:LBS/AbbrevTable/Row(LBS/FormatSugarを呼び出してる)
  2. Template:LBS/FormatSugar -> Module:FormatSugarを呼び出せば良い？
  1. Template:ListRefOfID -> Module:ListReOfIDと一緒？
  1. Template:FL digit56 -> Module:FL_digit
  2. Template:FL digit56with78
  3. Template:FL digit78
  1. Template:LBFA digit910Table/Row
  2. Template:LBF digit910Table
  3. Template:LBF digit910Table/Row
  1. Template:Glycolipid/OldLBLink -> httpをhttpsに変更
  2. Template:JCBL/Header
  1. Template:GlyphEditor -> GlyphEditor.jsと一緒に

要確認

  1. Template:Index/author
  2. Template:Index/formula
  3. Template:Index/mass
  4. Template:Index/name
  5. Template:Index/persist
  6. Template:Percent2Color
  7. Template:Search/Checkbox

未使用

  1. Template:EditButton
  2. Template:EditButton/CheckList
  3. Template:LambdaTest

修正の必要はないが、エラーで表示できない

  1. Template:List Description/Body
  2. Template:List Description/SetAnchor
  3. Template:List Image/Body
  4. Template:List Image/NameList
  5. Template:List Links
  6. Template:Metabolite/NameList
  7. Template:Metabolite/SpeciesLink
  8. Template:Reference/RefAbbrev
  9. Template:RelationTable/GetNames
  10. Template:TreeClass/ListSpecies

要チェック

  1. Lipoquality名前空間
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